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- PDB-5wb1: Ligand-free US28 with stabilizing intracellular nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wb1
タイトルLigand-free US28 with stabilizing intracellular nanobody
要素Envelope protein US28, nanobody 7 fusion protein封筒
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / chemokine receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / chemokine receptor activity / virus-mediated perturbation of host defense response / 走化性 / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Chemokine receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
G-protein coupled receptor homolog US28 / Envelope protein US28
類似検索 - 構成要素
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.508 Å
データ登録者Jude, K.M. / Burg, J.S. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097015 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Viral GPCR US28 can signal in response to chemokine agonists of nearly unlimited structural degeneracy.
著者: Miles, T.F. / Spiess, K. / Jude, K.M. / Tsutsumi, N. / Burg, J.S. / Ingram, J.R. / Waghray, D. / Hjorto, G.M. / Larsen, O. / Ploegh, H.L. / Rosenkilde, M.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2017年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein US28, nanobody 7 fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8281
ポリマ－51,8281
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.600, 38.300, 99.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Envelope protein US28, nanobody 7 fusion protein / 封筒 / US28 protein


分子量: 51827.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス), (組換発現) Lama glama (ラマ)
遺伝子: US28 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q80KM9, UniProt: P69333*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 37-41% PEG300, 100 mM MES, pH 6.2-6.6, 100 mM ammonium tartrate in monoolein:cholesterol (9:1)
PH範囲: 6.2-6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.49→50 Å / Num. obs: 7426 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 84.9 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.0221 / Rpim(I) all: 0.0241 / Net I/σ(I): 6.85
反射 シェル解像度: 3.49→3.58 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.392 / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 491 / CC1/2: 0.606 / Rrim(I) all: 1.583 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSMarch 1, 2015データ削減
XSCALEMarch 1, 2015データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4XT1

4xt1


解像度: 3.508→29.844 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.58
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2889 711 9.97 %Random selection
Rwork0.2423 ---
obs0.2471 7129 97.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.508→29.844 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3291 0 0 0 3291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023379
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54611
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.811965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038541
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5083-3.77870.35581300.33271134X-RAY DIFFRACTION88
3.7787-4.1580.38161420.28621304X-RAY DIFFRACTION100
4.158-4.75760.27081420.23961306X-RAY DIFFRACTION100
4.7576-5.98620.3291480.25511305X-RAY DIFFRACTION100
5.9862-29.8450.22651490.19541369X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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