PDB-5gie: Crystal structure of VDR in complex with DLAM-4P (P21 form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gie

タイトル

Crystal structure of VDR in complex with DLAM-4P (P21 form)

要素

SRC1
Vitamin D3 receptor

キーワード

TRANSCRIPTION / nuclear receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway ...negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / G0 to G1 transition / mammary gland branching involved in thelarche / thyroid hormone receptor signaling pathway / response to bile acid / dense fibrillar component / positive regulation of parathyroid hormone secretion / core mediator complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / cellular response to vitamin D / vitamin D binding / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear retinoic acid receptor binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / phosphate ion transmembrane transport / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / mediator complex / positive regulation of keratinocyte differentiation / thyroid hormone generation / Generic Transcription Pathway / peroxisome proliferator activated receptor binding / embryonic heart tube development / cellular response to thyroid hormone stimulus / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of hepatocyte proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / embryonic hindlimb morphogenesis / intestinal absorption / nuclear thyroid hormone receptor binding / negative regulation of ossification / lens development in camera-type eye / embryonic hemopoiesis / megakaryocyte development / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / cellular response to steroid hormone stimulus / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / histone acetyltransferase binding / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / LBD domain binding / response to aldosterone / RSV-host interactions / fat cell differentiation / mammary gland branching involved in pregnancy / monocyte differentiation / regulation of calcium ion transport / decidualization / general transcription initiation factor binding / negative regulation of neuron differentiation / hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / negative regulation of keratinocyte proliferation / ubiquitin ligase complex / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / embryonic placenta development / animal organ regeneration / erythrocyte development / nuclear retinoid X receptor binding / heterochromatin / retinoic acid receptor signaling pathway / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / keratinocyte differentiation / intracellular receptor signaling pathway / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / T-tubule / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / positive regulation of erythrocyte differentiation / liver development / animal organ morphogenesis / nuclear receptor binding / skeletal system development / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / apoptotic signaling pathway / promoter-specific chromatin binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / euchromatin / PPARA activates gene expression
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.387 Å

データ登録者

Asano, L. / Shimizu, T.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2016
タイトル: Regulation of the vitamin D receptor by vitamin D lactam derivatives.
著者: Asano, L. / Waku, T. / Abe, R. / Kuwabara, N. / Ito, I. / Yanagisawa, J. / Nagasawa, K. / Shimizu, T.

履歴

登録	2016年6月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gie.cif.gz	212.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gie.ent.gz	171.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gie.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5gie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5gie	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5gicC 5gidC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hcd-1 4znk-d 3kdt-3 3jvs-d 3bli-d 2d7c-1 2gdo-d 3a4u-d 2f93-d 2q2a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (4) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (4) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Vitamin D3 receptor

C: SRC1

D: Vitamin D3 receptor

E: SRC1

ヘテロ分子

61.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Vitamin D3 receptor

C: SRC1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
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2

D: Vitamin D3 receptor

E: SRC1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.364, 42.077, 96.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.55, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1 分子量: 29085.422 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 117-164,UNP RESIDUES 212-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vdr, Nr1i1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13053
#2: タンパク質・ペプチド	SRC1 分子量: 1212.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15648*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-VDP / (3R,5S)-5-[(2R)-2-[(1R,3aS,4E,7aR)-7a-methyl-4-[(2Z)-2-[(3S,5R)-2-methylidene-3,5-bis(oxidanyl)cyclohexylidene]ethylidene]-2,3,3a,5,6,7-hexahydro-1H-inden-1-yl]propyl]-3-methyl-3-oxidanyl-1-(4-phenylbutyl)pyrrolidin-2-one 分子量: 575.821 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃₇H₅₃NO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.24 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, PEG 8000, NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→39 Å / Num. obs: 19510 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 8.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.387→38.57 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.99 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2342	3811	9.47 %
R_work	0.2068	-	-
obs	0.2094	19510	98.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.387→38.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3883	0	84	119	4086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4060
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.016	5526
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.553	2496
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	645
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	701

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3875-2.4177	0.3531	144	0.3296	1357	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4177-2.4495	0.3065	131	0.3238	1327	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4495-2.4831	0.3656	130	0.32	1379	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4831-2.5185	0.3935	137	0.3121	1340	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5185-2.5561	0.3343	156	0.2939	1293	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5561-2.596	0.3279	162	0.2905	1391	X-RAY DIFFRACTION	99
2.596-2.6386	0.3025	139	0.286	1362	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6386-2.6841	0.3035	127	0.279	1364	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6841-2.7329	0.2645	141	0.2613	1363	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7329-2.7854	0.2872	159	0.2542	1356	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7854-2.8423	0.2986	133	0.2392	1354	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8423-2.904	0.2746	118	0.2406	1361	X-RAY DIFFRACTION	99
2.904-2.9716	0.2781	163	0.245	1363	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9716-3.0459	0.31	145	0.2448	1356	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0459-3.1282	0.2851	149	0.2291	1352	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1282-3.2202	0.2689	136	0.2205	1387	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2202-3.3241	0.2365	148	0.2124	1284	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3241-3.4428	0.1921	137	0.1974	1374	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4428-3.5805	0.2122	140	0.1803	1348	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5805-3.7434	0.1916	140	0.1769	1354	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7434-3.9405	0.2074	135	0.1708	1345	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9405-4.1872	0.1921	148	0.1651	1354	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1872-4.51	0.1841	135	0.1449	1296	X-RAY DIFFRACTION	96
4.51-4.963	0.1643	133	0.1493	1360	X-RAY DIFFRACTION	98
4.963-5.6792	0.2315	147	0.1843	1330	X-RAY DIFFRACTION	98
5.6792-7.1478	0.2372	147	0.2124	1373	X-RAY DIFFRACTION	99
7.1478-38.5748	0.1734	131	0.17	1319	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4515	-0.2191	0.2545	1.261	-0.3296	2.4996	0.1003	0.2223	-0.0639	-0.1116	-0.1301	-0.0984	0.2325	0.2891	-0.0644	0.2687	-0.0339	0.0225	0.1989	-0.0308	0.2534	-14.0504	-4.1984	2.9608
2	0.7259	0.47	0.139	2.0461	-1.2087	1.0152	-0.4827	-0.2817	-0.2744	1.1264	-0.3256	0.6092	0.426	0.2882	-0.1231	0.6241	0.002	0.1998	0.5482	0.0403	0.5388	-15.1554	-12.2429	32.8737
3	0.7616	-0.4166	0.5416	0.9168	0.5706	1.4983	-0.142	-0.0732	0.1193	-0.3398	-0.0603	-0.2755	0.2775	0.3175	0.118	0.2448	-0.0658	0.016	0.2222	0.0403	0.2652	-9.1814	3.777	8.5836
4	2.2966	-0.1863	0.1933	1.7977	-0.4686	2.0647	-0.0015	-0.1279	-0.1759	0.2659	0.0478	0.1961	0.193	-0.3461	-0.0209	0.276	-0.0771	0.0307	0.2719	-0.0017	0.277	-20.9266	-3.1714	14.8054
5	1.9133	0.4533	0.2851	2.1722	0.585	1.7977	-0.0045	0.2739	0.1206	-0.4026	-0.0565	0.3992	-0.1698	-0.0006	0.0832	0.3262	-0.0234	-0.0511	0.2416	0.0084	0.3307	-23.6786	6.1037	-2.4508
6	3.1681	-0.5703	1.4179	0.8661	0.1759	2.5747	-0.1884	-0.9096	0.3987	0.2111	0.0067	0.067	-0.1998	-0.9021	0.0783	0.2955	-0.0142	0.0123	0.2765	-0.0128	0.2798	-18.6739	6.3683	19.1779
7	5.0748	-0.4665	1.1921	3.1754	1.4559	5.2812	-0.4432	0.284	0.6244	0.1721	-0.3279	-0.6336	-1.6157	-0.1057	-0.0288	0.5478	-0.1259	-0.0916	0.4039	0.0707	0.44	-2.6692	12.1916	11.8927
8	2.1762	0.1315	1.802	1.3516	0.3725	3.4606	0.2051	-0.3509	-0.1712	0.203	0.0737	-0.0926	0.3284	-0.1927	-0.0339	0.3745	-0.0355	0.0654	0.3839	0.051	0.3428	8.1139	-8.1174	41.4415
9	1.7207	0.4786	1.0082	1.956	-0.3977	2.5058	-0.0526	-0.3868	0.2514	0.3596	0.0689	0.0042	0.2051	0.1909	0.0738	0.2629	0.0217	0.0127	0.4424	-0.0224	0.2716	7.647	2.2233	39.2155
10	3.5912	-0.0493	0.5424	2.162	-0.0018	3.893	-0.1238	0.3633	-0.614	-0.4165	0.2643	-0.2842	0.5777	0.5739	-0.0662	0.5569	0.1526	0.0771	0.5224	-0.0795	0.5952	15.9061	-12.1979	26.4467
11	1.9367	0.3218	-0.4242	1.9429	0.2193	2.9261	0.0853	-0.403	0.0106	0.2733	-0.2015	-0.3257	0.1736	0.3763	0.0468	0.3513	0.0291	-0.02	0.5552	-0.0098	0.4292	21.019	-0.3547	45.5353
12	2.2764	0.3944	0.7009	1.3203	-0.1121	2.1293	-0.0821	0.5036	0.0696	-0.2103	-0.298	-0.1224	0.1023	1.3655	0.1302	0.34	-0.056	0.0055	0.6861	0.0377	0.3712	20.8186	4.9547	33.9259
13	4.0668	0.3843	0.571	3.3457	-0.2042	4.939	-0.4994	0.5122	0.9194	-0.1196	0.2333	-0.3358	-0.1993	0.8954	0.052	0.2451	-0.0288	-0.103	0.3925	0.027	0.3938	3.4174	6.1981	23.6682
14	4.0767	-0.2953	2.667	4.7805	0.3534	2.3195	0.219	-0.4215	0.3136	0.2722	0.1664	-0.6207	-0.7017	-0.1467	0.0068	0.4354	0.0495	-0.0469	0.7014	-0.0756	0.5134	-2.4605	9.3606	38.5814

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 117 through 162 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 212 through 222 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 223 through 251 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 252 through 319 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 320 through 374 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 375 through 419 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 626 through 635 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 124 through 222 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 223 through 273 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 274 through 302 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 303 through 374 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 375 through 402 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 403 through 419 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 626 through 635 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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