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- PDB-5gid: Crystal structure of VDR in complex with DLAM-4 (C2 form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gid
タイトルCrystal structure of VDR in complex with DLAM-4 (C2 form)
要素
  • SRC1
  • Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / SUMOylation of intracellular receptors / retinal pigment epithelium development / Nuclear Receptor transcription pathway ...negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / SUMOylation of intracellular receptors / retinal pigment epithelium development / Nuclear Receptor transcription pathway / G0 to G1 transition / thyroid hormone receptor signaling pathway / response to bile acid / mammary gland branching involved in thelarche / dense fibrillar component / core mediator complex / positive regulation of parathyroid hormone secretion / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / vitamin D binding / calcitriol binding / cellular response to vitamin D / lithocholic acid binding / nuclear retinoic acid receptor binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / positive regulation of hepatocyte proliferation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / mediator complex / positive regulation of keratinocyte differentiation / thyroid hormone generation / Generic Transcription Pathway / response to aldosterone / peroxisome proliferator activated receptor binding / phosphate ion transmembrane transport / embryonic heart tube development / cellular response to thyroid hormone stimulus / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / embryonic hindlimb morphogenesis / negative regulation of ossification / nuclear thyroid hormone receptor binding / lens development in camera-type eye / intestinal absorption / embryonic hemopoiesis / megakaryocyte development / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / cellular response to steroid hormone stimulus / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of neuron differentiation / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / histone acetyltransferase binding / erythrocyte development / LBD domain binding / RSV-host interactions / fat cell differentiation / mammary gland branching involved in pregnancy / decidualization / nuclear steroid receptor activity / regulation of calcium ion transport / monocyte differentiation / general transcription initiation factor binding / animal organ regeneration / hematopoietic stem cell differentiation / ubiquitin ligase complex / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / embryonic placenta development / nuclear retinoid X receptor binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / heterochromatin / retinoic acid receptor signaling pathway / keratinocyte differentiation / intracellular receptor signaling pathway / lactation / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / T-tubule / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / positive regulation of erythrocyte differentiation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / animal organ morphogenesis / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / skeletal system development / transcription coregulator activity / apoptotic signaling pathway / promoter-specific chromatin binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / liver development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / euchromatin / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression
類似検索 - 分子機能
: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VDP / Vitamin D3 receptor / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.151 Å
データ登録者Asano, L. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2016
タイトル: Regulation of the vitamin D receptor by vitamin D lactam derivatives.
著者: Asano, L. / Waku, T. / Abe, R. / Kuwabara, N. / Ito, I. / Yanagisawa, J. / Nagasawa, K. / Shimizu, T.
履歴
登録2016年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
C: SRC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9173
ポリマ－29,3412
非ポリマー5761
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.510, 42.345, 42.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 28257.436 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 124-164,UNP RESIDUES 212-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vdr, Nr1i1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13053
#2: タンパク質・ペプチド SRC1


分子量: 1083.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15648*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-VDP / (3R,5S)-5-[(2R)-2-[(1R,3aS,4E,7aR)-7a-methyl-4-[(2Z)-2-[(3S,5R)-2-methylidene-3,5-bis(oxidanyl)cyclohexylidene]ethylidene]-2,3,3a,5,6,7-hexahydro-1H-inden-1-yl]propyl]-3-methyl-3-oxidanyl-1-(4-phenylbutyl)pyrrolidin-2-one


分子量: 575.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H53NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, PEG 8000, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→41 Å / Num. obs: 14860 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 13.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.151→40.821 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.55
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2333 2817 10.03 %
Rwork0.1986 --
obs0.202 14860 97.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.151→40.821 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1951 0 0 36 1987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8792716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3511222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1512-2.18830.40651320.36931174X-RAY DIFFRACTION93
2.1883-2.22810.3551550.33751340X-RAY DIFFRACTION99
2.2281-2.27090.2981330.32061236X-RAY DIFFRACTION98
2.2709-2.31730.36931420.30711286X-RAY DIFFRACTION99
2.3173-2.36770.33161430.28851298X-RAY DIFFRACTION98
2.3677-2.42270.33021390.28691277X-RAY DIFFRACTION99
2.4227-2.48330.28211440.26521312X-RAY DIFFRACTION99
2.4833-2.55050.20891380.25151263X-RAY DIFFRACTION99
2.5505-2.62550.27791530.23551324X-RAY DIFFRACTION99
2.6255-2.71020.31691400.23341257X-RAY DIFFRACTION99
2.7102-2.80710.26831430.2431286X-RAY DIFFRACTION99
2.8071-2.91940.30141400.22171251X-RAY DIFFRACTION98
2.9194-3.05230.29911490.22781314X-RAY DIFFRACTION98
3.0523-3.21310.27671360.23681258X-RAY DIFFRACTION98
3.2131-3.41430.25491400.21691245X-RAY DIFFRACTION97
3.4143-3.67780.22091400.17931259X-RAY DIFFRACTION97
3.6778-4.04760.18951380.16271244X-RAY DIFFRACTION95
4.0476-4.63260.17091430.12981242X-RAY DIFFRACTION95
4.6326-5.83390.18331330.14771247X-RAY DIFFRACTION95
5.8339-40.82820.1721360.16211169X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.96440.1247-0.49511.7373-0.49852.8914-0.0405-1.20530.64330.54560.0098-0.1198-0.6184-0.437-0.04660.41690.0745-0.02560.4381-0.09530.3487-23.00196.516513.6059
27.1116-0.77630.5113.3192-0.3262.91780.3521.52731.5942-0.4657-0.3636-0.3039-0.37020.76990.12770.5896-0.04950.06910.72350.24210.8475-5.112710.9202-8.3285
37.6202-0.12260.02571.7913-0.16653.40830.014-0.0723-0.32050.0188-0.01770.013-0.0831-0.00840.03530.32960.0311-0.01480.3229-0.04190.2977-17.78230.94473.6163
44.8192-0.7982-0.31880.675-0.85621.53110.16481.33330.6475-0.61780.6819-0.9784-1.11340.80850.04050.7022-0.07830.02930.70790.06830.829-13.560911.4953-9.8189
56.1987-0.35570.09481.9458-1.25483.7345-0.05510.36980.2987-0.19190.03360.1127-0.3144-0.2068-0.03750.42570.0521-0.01780.38340.01210.3809-27.63644.188-1.8685
66.4593-0.77460.42741.69260.35023.09630.09690.132-0.98010.0117-0.03030.27160.1093-0.32040.02340.30360.0138-0.02910.3766-0.0340.4554-29.4728-4.88082.0374
77.9879-0.3618-0.83222.8524-0.18795.3087-0.02640.978-0.538-0.5359-0.3051-0.20940.64040.8940.20260.42840.0362-0.02010.65790.02850.4815-3.8542-3.6921-4.3385
88.16450.80340.87733.4134-0.19934.28530.2458-0.3046-2.5948-0.1181-0.7151-0.05540.59480.58960.13440.57470.06980.00520.84050.1460.8481-7.6102-9.24149.8947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 124 through 152 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 153 through 222 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 223 through 283 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 284 through 301 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 302 through 334 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 335 through 402 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 403 through 419 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 626 through 634 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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