PDB-5x20: The ternary structure of D-mandelate dehydrogenase with NADH and ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x20

タイトル

The ternary structure of D-mandelate dehydrogenase with NADH and anilino(oxo)acetate

要素

2-dehydropantoate 2-reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / Dehydrogenase / NADH binding

機能・相同性

機能・相同性情報

2-dehydropantoate 2-reductase / 2-dehydropantoate 2-reductase activity / pantothenate biosynthetic process / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium DO (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Furukawa, N. / Miyanaga, A. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: The ternary complex structure of d-mandelate dehydrogenase with NADH and anilino(oxo)acetate.
著者: Furukawa, N. / Miyanaga, A. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

履歴

登録	2017年1月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb5x20.ent.gz	551.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x20.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5x20_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x20_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
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CIF形式データ	5x20_validation.cif.gz	88.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x20	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3wfiS 3wfj S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ayv-d 4yca-d 3wfj-2 6dq5-2 6dq6-2 3wfj-1 1vbu-d 6do1-2 3hwr-d 5l9a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-dehydropantoate 2-reductase

B: 2-dehydropantoate 2-reductase

C: 2-dehydropantoate 2-reductase

D: 2-dehydropantoate 2-reductase

E: 2-dehydropantoate 2-reductase

F: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

214 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-dehydropantoate 2-reductase

B: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 2-dehydropantoate 2-reductase

D: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: 2-dehydropantoate 2-reductase

F: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.300, 111.950, 108.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	1 - 312
2	1	B	1 - 312
1	2	A	1 - 311
2	2	C	1 - 311
1	3	A	1 - 312
2	3	D	1 - 312
1	4	A	50 - 310
2	4	E	7 - 310
1	5	A	102 - 311
2	5	F	102 - 311
1	6	B	1 - 311
2	6	C	1 - 311
1	7	B	1 - 312
2	7	D	1 - 312
1	8	B	50 - 310
2	8	E	7 - 310
1	9	B	102 - 311
2	9	F	102 - 311
1	10	C	1 - 310
2	10	D	1 - 310
1	11	C	50 - 310
2	11	E	7 - 310
1	12	C	102 - 310
2	12	F	102 - 310
1	13	D	50 - 310
2	13	E	7 - 310
1	14	D	102 - 311
2	14	F	102 - 311
1	15	E	102 - 310
2	15	F	102 - 310

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	2-dehydropantoate 2-reductase / Ketopantoate reductase 分子量: 34372.484 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium DO (バクテリア) 遺伝子: panE, HMPREF0351_10295 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q3Y316, 2-dehydropantoate 2-reductase

#1: タンパク質

2-dehydropantoate 2-reductase / Ketopantoate reductase

分子量: 34372.484 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus faecium DO (バクテリア)
遺伝子: panE, HMPREF0351_10295 / プラスミド: pET3a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q3Y316, 2-dehydropantoate 2-reductase

-
非ポリマー , 5種, 388分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-AOT / 2-oxidanylidene-2-phenylazanyl-ethanoic acid / オキサニル酸分子量: 165.146 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇NO₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M cacodylate-Na (pH 5.0), 0.17 M ammonium sulfate, 22.5% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月26日
放射	モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→43.98 Å / Num. obs: 89403 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 12887 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WFI

3wfi

解像度: 2.4→29.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 12.048 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21831	4479	5 %	RANDOM
R_work	0.18413	-	-	-
obs	0.18588	84874	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→29.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12866	0	478	342	13686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	13535
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	13005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.759	2	18262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.521	3.001	30030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.847	5	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.537	26.161	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.198	15	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.834	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	14920
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	2839
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.321	2.605	6670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.321	2.605	6669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.575	3.885	8310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.575	3.886	8311
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.136	2.971	6865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.136	2.971	6865
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.88	4.295	9952
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.498	20.444	15260
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.487	20.412	15159
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19749	0.08
1	2	B	19749	0.08
2	1	A	19322	0.09
2	2	C	19322	0.09
3	1	A	19236	0.1
3	2	D	19236	0.1
4	1	A	13458	0.11
4	2	E	13458	0.11
5	1	A	10177	0.12
5	2	F	10177	0.12
6	1	B	19424	0.09
6	2	C	19424	0.09
7	1	B	19220	0.1
7	2	D	19220	0.1
8	1	B	13416	0.11
8	2	E	13416	0.11
9	1	B	10117	0.12
9	2	F	10117	0.12
10	1	C	19036	0.1
10	2	D	19036	0.1
11	1	C	13420	0.11
11	2	E	13420	0.11
12	1	C	10047	0.13
12	2	F	10047	0.13
13	1	D	13366	0.11
13	2	E	13366	0.11
14	1	D	10072	0.12
14	2	F	10072	0.12
15	1	E	10104	0.12
15	2	F	10104	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	337	-
R_work	0.239	6122	-
obs	-	-	98.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7407	0.0363	0.3769	0.342	0.0527	0.2331	-0.0584	-0.0018	0.0355	0.0154	0.0096	0.0161	0.0081	0.0065	0.0488	0.0442	-0.0013	0.019	0.0519	-0.0066	0.0506	29.353	-26.019	24.817
2	0.418	-0.0958	-0.0369	0.1468	0.0183	0.4155	-0.0141	0.0968	-0.059	-0.005	-0.0525	0.0088	0.0195	-0.0653	0.0666	0.0617	-0.0094	0.0007	0.0651	-0.029	0.0479	72.86	-23.844	40.983
3	0.806	0.4279	-0.5333	0.677	-0.6316	0.6352	-0.0301	-0.1211	-0.1752	0.0187	-0.2052	-0.2322	-0.0192	0.1761	0.2353	0.026	0.0237	0.0094	0.1037	0.1007	0.1573	25.319	-0.059	46.302
4	0.2559	-0.286	0.0223	0.7804	0.1448	0.3772	0.0017	-0.0141	0.0109	0.0993	0.0579	-0.066	-0.0502	-0.0111	-0.0596	0.08	0.0083	0.0099	0.0292	0.0248	0.0577	6.698	16.44	10.446
5	0.8384	0.393	1.0844	0.3926	0.3702	1.4981	-0.3645	0.1794	0.294	-0.1807	-0.0111	0.1396	-0.4483	0.2964	0.3756	0.1606	-0.0915	-0.1325	0.1482	0.0991	0.1234	69.254	13.372	30.365
6	0.1317	-0.1306	0.306	0.1347	-0.354	1.2008	0.1672	-0.0015	-0.0379	-0.1465	0.0207	0.0493	0.2229	-0.1451	-0.1879	0.2616	0.0309	-0.0286	0.0607	0.0534	0.0596	55.2347	4.5164	-7.4754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 312
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 410
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401 - 409
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 312
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	411
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	401 - 413
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 311
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	401 - 405
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 312
11	X-RAY DIFFRACTION	5	E	401 - 407
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	102 - 312
13	X-RAY DIFFRACTION	6	F	401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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