[日本語] English
万見
- PDB-5v8y: Mutant Structures of Streptococcus Agalactiae GBS Glyceraldehyde-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v8y
タイトルMutant Structures of Streptococcus Agalactiae GBS Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (GAPDH)
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenaseGlyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NAD / GAPDH / GLYCOLYSIS (解糖系)
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Schormann, N. / Ulett, G.C. / Chattopadhyay, D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Res CouncilFT110101048 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mutant Structures of Streptococcus Agalactiae GBS Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (GAPDH)
著者: Schormann, N. / Ulett, G.C. / Chattopadhyay, D.
履歴
登録2017年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1643
ポリマ－76,1392
非ポリマー241
水8,161453
1
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,3276
ポリマ－152,2794
非ポリマー492
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area14900 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area45410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.081, 147.081, 72.283
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

-
要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase


分子量: 38069.664 Da / 分子数: 2 / 変異: K298I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: gap, AX245_09885, DX05_09270, EN72_09590, RDF_1710, TH70_1537
プラスミド: pET15b / 細胞株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ALW2, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1 M Mes pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月13日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 52755 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 25.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 2.31 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.822 / CC1/2: 0.655 / Rpim(I) all: 0.492 / Rrim(I) all: 0.964 / Χ2: 1.212 / % possible all: 76.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1-2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JYF

5jyf


解像度: 1.95→34.667 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2193 2738 5.22 %
Rwork0.1923 --
obs0.1937 52495 90.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.47 Å2 / Biso mean: 34.4409 Å2 / Biso min: 12.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→34.667 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4998 0 1 453 5452
Biso mean--36.92 38.28 -
残基数----665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6496916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051812
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.9283604
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9498-1.98340.32711200.26862059217976
1.9834-2.01950.29761200.25752118223878
2.0195-2.05830.28921130.24642131224479
2.0583-2.10030.2461060.23062224233081
2.1003-2.1460.27111270.2282205233282
2.146-2.19590.2451330.21982284241784
2.1959-2.25080.2681250.21472319244486
2.2508-2.31170.25741300.21512366249687
2.3117-2.37970.24861360.20372422255889
2.3797-2.45650.25441480.21172458260690
2.4565-2.54420.24391470.21322559270694
2.5442-2.64610.22771500.20642582273295
2.6461-2.76650.25531490.20372630277996
2.7665-2.91220.21591420.20052685282797
2.9122-3.09460.21551360.18962717285398
3.0946-3.33340.19371680.17942674284297
3.3334-3.66850.18231560.17842734289099
3.6685-4.19850.20231390.16472793293299
4.1985-5.28670.19791410.15722827296899
5.2867-34.67280.19141520.1952970312299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.3972 Å / Origin y: -42.063 Å / Origin z: 21.0677 Å
111213212223313233
T0.1757 Å20.0214 Å20.0089 Å2-0.1889 Å20.0087 Å2--0.1014 Å2
L0.9949 °2-0.6891 °2-0.0271 °2-1.0375 °20.1403 °2--0.2953 °2
S0.1457 Å °0.2205 Å °-0.038 Å °-0.2337 Å °-0.1246 Å °0.0063 Å °-0.0415 Å °-0.0561 Å °-0.0154 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 334
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 335
3X-RAY DIFFRACTION1allC401
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 453

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る