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- PDB-5j9g: Structure of Lactobacillus acidophilus glyceraldehyde-3-phosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j9g
タイトルStructure of Lactobacillus acidophilus glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase at 2.21 angstrom resolution
要素Glyceraldehyde-3-p dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GAPDH / Lactobacillus acidophilus
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Patel, D. / Pappachan, A. / Singh, D.D.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Lactobacillus acidophilus glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase at 2.21 angstrom resolution.
著者: Patel, D. / Pappachan, A. / Singh, D.D.
履歴
登録2016年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-p dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-p dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0692
ポリマ－73,0692
非ポリマー00
水1,60389
1
A: Glyceraldehyde-3-p dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-p dehydrogenase

A: Glyceraldehyde-3-p dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-p dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,1384
ポリマ－146,1384
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area14620 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area45670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.990, 114.990, 113.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 338 / Label seq-ID: 1 - 338

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-p dehydrogenase


分子量: 36534.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NDRI, Karnal, India
由来: (組換発現) Lactobacillus acidophilus (strain ATCC 700396 / NCK56 / N2 / NCFM) (乳酸菌)
株: ATCC 700396 / NCK56 / N2 / NCFM / 遺伝子: LBA0698 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta (DE3)
参照: UniProt: Q5FL51, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.4 / 詳細: 10% w/v PEG 1000, 10% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年3月25日 / 詳細: VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→38.33 Å / Num. obs: 38437 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.2 % / Biso Wilson estimate: 40.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/av σ(I): 3.55 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル% possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
iMOSFLM1.0.7データ削減
Aimless0.2.1データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QX6

4qx6


解像度: 2.21→38.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 10.697 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.196 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2262 1708 4.6 %RANDOM
Rwork0.20325 ---
obs0.20427 35675 97.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å2-0 Å2
2---0.59 Å2-0 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.21→38.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5126 0 0 89 5215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.9577084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2311588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7565674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.27924.906212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.56915884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.081524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8642.8852702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8652.8852701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4874.3243374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4874.3243375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8772.9822512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8772.9822513
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4494.4193711
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.82422.3835439
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.79822.3525430
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 41688 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.214→2.271 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 143 -
Rwork0.234 2633 -
obs--99.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.94430.1236-0.14491.19740.2050.96390.059-0.2061-0.02260.2165-0.01550.2375-0.0039-0.1813-0.04350.0687-0.03110.03730.12770.04280.09358.927.8514.734
21.5249-0.11630.07210.9384-0.02510.86990.03380.22450.2649-0.19040.00230.0099-0.2683-0.0065-0.03610.1967-0.04950.04970.08260.0160.080227.54151.198-10.808
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 338
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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