PDB-6gfr: cyanobacterial GAPDH with NAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gfr

タイトル

cyanobacterial GAPDH with NAD

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Calvin Cycle / Regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.919 Å

データ登録者

McFarlane, C.R. / Murray, J.W.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Structural basis of light-induced redox regulation in the Calvin-Benson cycle in cyanobacteria.
著者: Ciaran R McFarlane / Nita R Shah / Burak V Kabasakal / Blanca Echeverria / Charles A R Cotton / Doryen Bubeck / James W Murray /

要旨: Plants, algae, and cyanobacteria fix carbon dioxide to organic carbon with the Calvin-Benson (CB) cycle. Phosphoribulokinase (PRK) and glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) are essential ...

履歴

登録	2018年5月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gfr.cif.gz	280.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gfr.ent.gz	227.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gfr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gfr_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gfr_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6gfr_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	6gfr_validation.cif.gz	42.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/6gfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/6gfr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	0071C 6gfoC 6gfpC 6gfqC 6gg7C 6ghlC 6ghrC 6gveC 4boyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4boy-1 3cmc-d 3zcx-1 2pkr-2 2d2i-1 1rm3-1 3b20-2 1jn0-1 1gd1-d 3k2b-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.865, 139.865, 80.501
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1276- HOH
2	1	B-1257- HOH

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 36792.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: tll1466 / プラスミド: pRSETA / 詳細 (発現宿主): thrombin cleavable his-tag / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌) 参照: UniProt: Q8DIW5, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 12% PEG3350 2% Tacsimate, 100 mM Hepes, pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.919→69.93 Å / Num. obs: 61333 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.85 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.2205 / R_rim(I) all: 0.2297 / Net I/σ(I): 7.94
反射シェル	解像度: 1.919→1.988 Å / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.9235 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / CC_1/2: 0.543 / R_rim(I) all: 0.9625 / % possible all: 99.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BOY

4boy

解像度: 1.919→69.93 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2063	3050	4.97 %
R_work	0.1648	-	-
obs	0.1669	61317	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.919→69.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5154	0	101	391	5646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5368
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.902	7312
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.75	3187
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	841
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	932

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9187-1.9487	0.3192	125	0.3056	2522	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9487-1.9807	0.3373	136	0.2852	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9807-2.0148	0.2913	130	0.2597	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0148-2.0515	0.2765	138	0.2459	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0515-2.0909	0.2654	151	0.2298	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0909-2.1336	0.2597	141	0.2109	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1336-2.18	0.2279	135	0.204	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.2307	0.2401	145	0.188	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2307-2.2865	0.2176	147	0.1843	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2865-2.3483	0.2474	144	0.1736	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3483-2.4175	0.2411	130	0.1673	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4175-2.4955	0.1991	132	0.1676	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4955-2.5847	0.21	118	0.1686	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5847-2.6882	0.2397	123	0.1664	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6882-2.8105	0.2131	130	0.1567	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8105-2.9587	0.198	138	0.166	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9587-3.1441	0.2052	154	0.165	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1441-3.3868	0.2079	139	0.1547	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3868-3.7276	0.1722	141	0.1374	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7276-4.267	0.1717	172	0.1269	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
4.267-5.3756	0.1651	148	0.1201	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3756-69.9791	0.1755	133	0.1547	2890	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.087	0.5705	-0.2229	2.6853	0.4043	1.314	-0.0714	0.2204	-0.1999	-0.2022	0.0955	-0.3126	0.106	0.1817	-0.0131	0.1798	0.0151	0.0497	0.1986	-0.0215	0.1536	-14.6073	-52.5033	-14.0164
2	0.9952	0.1688	-0.1711	0.9249	-0.0972	0.4685	-0.0164	0.0535	0.1126	-0.1464	0.0075	-0.212	-0.0587	0.1145	0.0072	0.1746	-0.0255	0.0163	0.1685	0.0307	0.2163	-18.7494	-29.5253	-8.5279
3	3.3746	-0.3484	1.6864	0.47	-1.0087	3.1921	0.053	0.5469	0.2078	-0.6674	-0.0762	-0.0257	-0.3211	0.2017	0.053	0.4961	0.044	-0.094	0.3398	0.0778	0.2224	-48.5775	-29.688	-25.5825
4	0.9358	-0.199	-0.1363	3.073	-0.8892	1.3898	0.0297	0.2849	0.1097	-0.286	-0.0472	0.6975	-0.272	-0.2632	0.0023	0.3168	0.098	-0.1853	0.3866	-0.0207	0.384	-64.8863	-36.5887	-20.7877
5	1.7345	1.7	0.8223	3.2188	2.321	1.8078	-0.0329	0.0443	-0.0192	-0.1831	-0.1077	0.3997	-0.0899	-0.1146	0.1718	0.1525	0.0263	-0.0416	0.1553	0.0084	0.2018	-56.197	-40.6686	-0.8215
6	3.9535	0.7144	2.3586	1.992	2.3212	4.382	-0.146	0.052	0.2563	-0.3271	-0.3366	0.5929	-0.2443	-0.458	0.4965	0.1921	0.037	-0.045	0.1961	-0.0025	0.2978	-62.6181	-47.3625	-5.9042
7	1.1552	0.4104	-0.1606	3.0806	-0.1143	1.2144	-0.0355	0.0745	-0.2186	-0.0847	-0.0946	0.3687	0.0476	-0.0932	0.1351	0.1194	0.0097	-0.026	0.1557	-0.0168	0.2325	-56.7705	-54.5869	-5.5852
8	1.2961	0.0058	-0.051	2.3634	-0.6105	1.7706	-0.0325	0.2964	-0.2016	-0.3482	-0.047	0.1557	0.0485	-0.0921	0.0414	0.1794	0.0125	-0.0555	0.2215	-0.0594	0.2152	-52.7621	-54.3462	-17.4374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 153 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 154 through 337 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 0 through 72 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 73 through 170 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 171 through 202 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 203 through 228 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 229 through 255 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 256 through 337 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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