[日本語] English
万見
- PDB-3zcx: Structure of GAPDH from Thermosynechococcus elongatus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zcx
タイトルStructure of GAPDH from Thermosynechococcus elongatus
要素GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / CALVIN CYCLE / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Cotton, C.A.R. / Murray, J.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Gapdh
著者: Cotton, C.A.R. / Murray, J.W.
履歴
登録2012年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
B: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4824
ポリマ－77,1562
非ポリマー1,3272
水3,999222
1
A: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
B: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
B: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,9658
ポリマ－154,3114
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area19260 Å2
ΔGint-120.9 kcal/mol
Surface area43640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.930, 141.930, 76.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 335 / Label seq-ID: 17 - 352

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9316, 0.08015, -0.3547), (0.05577, -0.9324, -0.3572), (-0.3593, -0.3525, 0.8641)
ベクター: 87.41, -73.03, 2.785)

-
要素

#1: タンパク質 GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE / GAPDH


分子量: 38577.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX
参照: UniProt: Q8DIW5, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 60 MM SODIUM CITRATE PH 5.5, 12% W/V PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→76.06 Å / Num. obs: 40432 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.18 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 4.61
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 6.21 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B1J

3b1j


解像度: 2.19→70.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 9.107 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2084 2025 5 %RANDOM
Rwork0.16086 ---
obs0.16319 38354 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.466 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→70.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5148 0 88 222 5458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0195362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9331.9617307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.098311671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7175677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36924.196224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53415874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.631532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3152.5862708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3162.5862707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3493.8693385
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5543.0092654
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 20686 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.247 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 142 -
Rwork0.231 2793 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64480.07970.68661.9782-1.2431.92850.02380.10610.0181-0.159-0.0383-0.29210.06920.02930.01450.1480.01350.05940.18440.05260.190453.071-19.4653.103
24.3452-0.854-0.18322.8517-0.25840.04840.25750.40320.3343-0.4203-0.2938-0.16060.02560.040.03620.2580.030.09390.25430.09420.199355.977-17.4260.442
34.82852.51941.62841.82490.28221.2957-0.0817-0.22150.0882-0.2978-0.1175-0.01150.18470.07980.19920.2321-0.00380.05350.26120.04910.201555.857-31.6545.969
415.39653.28389.62095.65913.584618.97170.27230.4350.3608-0.2803-0.1772-0.06130.89130.1226-0.0950.18840.00860.07940.17450.07930.115962.364-27.407-0.781
51.9544-0.5150.33231.0074-0.1870.88730.0241-0.05230.39330.0476-0.051-0.1004-0.190.08050.02690.1486-0.02360.01340.0510.02870.14448.819-9.099.312
63.0807-1.59741.14111.3681-0.4530.7844-0.022100.24830.0886-0.0216-0.0725-0.00780.06310.04370.0986-0.03120.01610.09980.00490.096135.788-21.96721.589
71.5461-4.16991.987811.4194-6.01915.8907-0.31120.0110.32520.88330.0187-0.8492-0.46890.10650.29240.1176-0.0226-0.03670.1630.00160.162834.756-21.79622.091
81.5666-1.2286-0.18595.3853-0.18490.6085-0.0322-0.17940.2163-0.05550.104-0.0448-0.01660.094-0.07190.1246-0.0341-0.02420.0976-0.01070.129631.504-17.05715.71
94.6404-2.8139-1.78162.61861.27362.16070.23910.25290.1109-0.3249-0.070.2771-0.1275-0.3181-0.16910.1205-0.024-0.06230.10150.05340.171816.221-16.6635.983
101.03080.16170.16741.0407-0.33450.22020.02440.12210.042-0.2405-0.00910.05840.0287-0.0114-0.01530.1550.0061-0.01470.09230.01330.058131.482-21.0453.548
110.12540.2942-0.48952.0418-1.30351.9286-0.03270.0142-0.01350.2339-0.00950.0140.0651-0.04910.04220.0691-0.01380.00990.0380.02760.02950.2811-19.733415.1133
120.6867-0.0358-0.4721.88891.31621.2701-0.11160.10590.0002-0.18380.07790.15750.03310.04560.03370.30460.0206-0.02910.1931-0.04940.154634.909-53.775-6.348
137.3042-0.4546-6.830814.74953.525913.57360.05070.3573-0.0541-0.8619-0.1418-0.8304-0.24720.11610.0910.35650.0409-0.03380.4390.00860.227241.44-51.462-14.7
141.27680.5907-0.02611.50061.29831.6276-0.00970.16010.1198-0.257-0.12030.0976-0.1319-0.1060.130.30790.0203-0.02490.2379-0.01590.16529.302-47.081-3.149
152.2671.2652-0.93228.7824-1.08615.1702-0.02980.32560.092-0.7431-0.12310.2321-0.3162-0.10760.15280.18640.0022-0.03680.1964-0.09250.11325.474-51.168-8.44
164.744-0.49311.50130.77580.33981.07690.10670.076-0.4394-0.0764-0.0096-0.00870.26020.0313-0.09720.32290.01360.04090.1165-0.06580.198736.57-67.023-4.639
174.2969-0.58671.67890.6461-0.49351.4396-0.0030.1377-0.457-0.1297-0.0324-0.16740.22390.1840.03530.26190.08780.07060.1788-0.06210.243955.066-64.7453.293
183.9802-0.4626-1.59130.399-0.02990.8798-0.0920.0073-0.1054-0.04690.0333-0.00650.2155-0.01620.05870.19930.01890.01890.1379-0.00770.111638.874-54.69719.36
190.6896-1.0045-0.59154.05460.96571.41280.01480.1241-0.2666-0.1615-0.05140.22370.1197-0.05390.03660.2230.04410.0140.2025-0.02750.269850.396-61.82211.644
202.0031-1.03030.4071.76880.03540.914-0.02020.1575-0.0473-0.1243-0.062-0.23590.11910.18940.08220.14230.03120.09310.17360.02570.163162.684-52.8764.193
212.2810.12560.88170.80180.31621.1333-0.0210.0835-0.2079-0.18980.0012-0.14010.1190.10250.01980.19510.03960.07260.1245-0.01940.132753.716-55.8362.54
226.8292.17315.20722.06982.73594.81510.2731-0.47230.0092-0.047-0.1948-0.08060.1133-0.3791-0.07830.0549-0.02290.01790.0454-0.00760.01233.6308-57.14184.7366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2A23 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3A41 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4A57 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5A73 - 166
6X-RAY DIFFRACTION6A167 - 203
7X-RAY DIFFRACTION7A204 - 218
8X-RAY DIFFRACTION8A219 - 244
9X-RAY DIFFRACTION9A245 - 265
10X-RAY DIFFRACTION10A266 - 336
11X-RAY DIFFRACTION11A1000
12X-RAY DIFFRACTION12B0 - 20
13X-RAY DIFFRACTION13B21 - 29
14X-RAY DIFFRACTION14B30 - 55
15X-RAY DIFFRACTION15B57 - 85
16X-RAY DIFFRACTION16B86 - 144
17X-RAY DIFFRACTION17B145 - 175
18X-RAY DIFFRACTION18B176 - 208
19X-RAY DIFFRACTION19B209 - 244
20X-RAY DIFFRACTION20B245 - 292
21X-RAY DIFFRACTION21B293 - 336
22X-RAY DIFFRACTION22B1000

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る