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万見
- PDB-2hki: Crystal structure of photosynthetic glyceraldehyde-3-phosphate de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hki
タイトルCrystal structure of photosynthetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A4 isoform
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplast
キーワードOXIDOREDUCTASE / rossmann fold / apo-form
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity / reductive pentose-phosphate cycle / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / chloroplast / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Camara-Artigas, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization and structural analysis of GADPH from Spinacia oleracea in a new form.
著者: Camara-Artigas, A. / Hirasawa, M. / Knaff, D.B. / Wang, M. / Allen, J.P.
履歴
登録2006年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE UNP ENTRY G3PA_SPIOL DESCRIBES A GLN TO GLN-ALA CONFLICT IN THE FEATURES SECTION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplast
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6415
ポリマ－36,2561
非ポリマー3844
水00
1
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplast
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplast
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplast
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplast
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,56320
ポリマ－145,0264
非ポリマー1,53716
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area17540 Å2
ΔGint-320 kcal/mol
Surface area45790 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.805, 120.805, 159.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplast / NADP-dependent glyceraldehydephosphate dehydrogenase subunit A


分子量: 36256.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: P19866, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2-5 % PEG 10,000, 0.4-0.6 M lithium sulphate or 0.8-1 M sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月3日
詳細: 58 CM LONG, PT-COATED,FUSED SILICA, VERTICAL FOCUSMIRROR
放射モノクロメーター: CYCLINDRICALLY BENT TRIANGULAR SI(111)ASYMMETRIC CUT,HORIZONTAL FOCUS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→15 Å / Num. all: 12157 / Num. obs: 12035 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 80.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1729 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RM4

1rm4


解像度: 3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 36.468 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.888 / ESU R Free: 0.382 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26644 576 4.8 %RANDOM
Rwork0.20974 ---
all0.212 11522 --
obs0.21236 11522 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å20 Å2
2---0.82 Å20 Å2
3---1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2529 0 20 0 2549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.9643516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.115334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.01624.51102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.85515439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.591515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.21762
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4681.51685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86722680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0743999
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6984.5836
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 32 -
Rwork0.262 822 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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