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- PDB-5umd: Structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5umd
タイトルStructure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the antimalarial drug mefloquine
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 39
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • 28S ribosomal RNA28SリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / protein synthesis (タンパク質生合成) / antimalarial
機能・相同性
機能・相同性情報


Translesion synthesis by REV1 / Translesion Synthesis by POLH / : / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / : / Metalloprotease DUBs / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / ER Quality Control Compartment (ERQC) ...Translesion synthesis by REV1 / Translesion Synthesis by POLH / : / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / : / Metalloprotease DUBs / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Iron uptake and transport / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Aggrephagy / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / : / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit assembly / protein tag activity / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L34e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain ...Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L34e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L14e domain / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L32e, conserved site / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L35Ae / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L30e signature 2. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L21e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L32e superfamily / Ribosomal_L32e / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
メフロキン / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L39 ...メフロキン / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L39 / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L18-2, putative / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L27a, putative / 60S ribosomal protein L41 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L26, putative / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL42 / 60S ribosomal protein L7, putative / 60S ribosomal protein L32 / 60S ribosomal protein L2 / 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L31 / 60S ribosomal protein L36 / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L11a, putative / 60S ribosomal protein L34 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / 60S ribosomal protein L17, putative / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L6-2, putative / 60S ribosomal protein L23, putative / 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L6, putative / 60S ribosomal protein L24, putative / 60S ribosomal protein L35ae, putative / 60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L38 / 60S ribosomal protein L35, putative / 60S ribosomal protein L3 / 60S ribosomal protein L30e, putative / 60S ribosomal protein L13, putative / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L14, putative / 60S ribosomal protein L21 / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L10, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wong, W. / Bai, X.-C. / Brown, A. / Scheres, S. / Baum, J.
資金援助 オーストラリア, 英国, 8件
組織認可番号国
NHMRCAPP1024678 オーストラリア
NHMRCAPP1053801 オーストラリア
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_A025_1013 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184332 英国
Wellcome TrustWT096570 英国
Wellcome Trust100993/Z/13/Z 英国
Human Frontier Science ProgramRGY0071/2011 英国
Department of Industry, Innovation, Science, Research and Tertiary Education, Australian Government|Australian Research CouncilFT100100112 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Mefloquine targets the Plasmodium falciparum 80S ribosome to inhibit protein synthesis.
著者: Wilson Wong / Xiao-Chen Bai / Brad E Sleebs / Tony Triglia / Alan Brown / Jennifer K Thompson / Katherine E Jackson / Eric Hanssen / Danushka S Marapana / Israel S Fernandez / Stuart A Ralph ...著者: Wilson Wong / Xiao-Chen Bai / Brad E Sleebs / Tony Triglia / Alan Brown / Jennifer K Thompson / Katherine E Jackson / Eric Hanssen / Danushka S Marapana / Israel S Fernandez / Stuart A Ralph / Alan F Cowman / Sjors H W Scheres / Jake Baum /
要旨: Malaria control is heavily dependent on chemotherapeutic agents for disease prevention and drug treatment. Defining the mechanism of action for licensed drugs, for which no target is characterized, ...Malaria control is heavily dependent on chemotherapeutic agents for disease prevention and drug treatment. Defining the mechanism of action for licensed drugs, for which no target is characterized, is critical to the development of their second-generation derivatives to improve drug potency towards inhibition of their molecular targets. Mefloquine is a widely used antimalarial without a known mode of action. Here, we demonstrate that mefloquine is a protein synthesis inhibitor. We solved a 3.2 Å cryo-electron microscopy structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome with the (+)-mefloquine enantiomer bound to the ribosome GTPase-associated centre. Mutagenesis of mefloquine-binding residues generates parasites with increased resistance, confirming the parasite-killing mechanism. Furthermore, structure-guided derivatives with an altered piperidine group, predicted to improve binding, show enhanced parasiticidal effect. These data reveal one possible mode of action for mefloquine and demonstrate the vast potential of cryo-electron microscopy to guide the development of mefloquine derivatives to inhibit parasite protein synthesis.
履歴
登録2017年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年10月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
改定 1.42019年12月11日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_sites / pdbx_validate_close_contact ...atom_sites / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8576
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 28S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
C: 5.8S ribosomal RNA
D: 60S ribosomal protein L2
E: 60S ribosomal protein L3
F: 60S ribosomal protein L4
G: 60S ribosomal protein L11a, putative
H: 60S ribosomal protein L6, putative
I: 60S ribosomal protein L6-2, putative
J: 60S ribosomal protein L7-3, putative
K: 60S ribosomal protein L13, putative
L: 60S ribosomal protein L13
M: 60S ribosomal protein L23, putative
N: 60S ribosomal protein L14, putative
O: 60S ribosomal protein L27a, putative
P: Ribosomal protein L15
Q: 60S ribosomal protein L10, putative
R: 60S ribosomal protein L5, putative
S: 60S ribosomal protein L18-2, putative
T: 60S ribosomal protein L19
U: 60S ribosomal protein L18a
V: 60S ribosomal protein L21
W: 60S ribosomal protein L17, putative
X: 60S ribosomal protein L22, putative
Y: 60S ribosomal protein L23
Z: 60S ribosomal protein L26, putative
0: 60S ribosomal protein L24, putative
1: 60S ribosomal protein L27
2: 60S ribosomal protein L28
3: 60S ribosomal protein L35, putative
4: 60S ribosomal protein L29, putative
5: 60S ribosomal protein L7, putative
6: 60S ribosomal protein L30e, putative
7: 60S ribosomal protein L31
8: 60S ribosomal protein L32
9: 60S ribosomal protein L35Ae, putative
a: 60S ribosomal protein L34
b: 60S ribosomal protein L36
c: Ribosomal protein L37
d: 60S ribosomal protein L38
e: 60S ribosomal protein L39
f: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
g: 60S ribosomal protein L41
h: 60S ribosomal protein L37a
i: 60S ribosomal protein L44
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,136,616216
ポリマ－2,131,54645
非ポリマー5,070171
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area406610 Å2
ΔGint-4819 kcal/mol
Surface area581500 Å2
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA / 28SリボソームRNA


分子量: 1216212.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: GenBank: 1013064538
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38410.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: GenBank: 1016052399
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 51206.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: GenBank: 1013064403

+
60S ribosomal protein ... , 39種, 39分子 DEFGHIJKLMNOQRSTUVWXYZ01234567...

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L2 /


分子量: 28064.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3T9
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / 60S ribosomal protein L3 / putative


分子量: 44318.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJC6
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4 /


分子量: 46311.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I431
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L11a, putative / リボソーム


分子量: 20268.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBQ6
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6, putative / リボソーム


分子量: 21638.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE85
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L6-2, putative / リボソーム


分子量: 25587.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDV1
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7-3, putative / リボソーム


分子量: 32760.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILL2
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L13, putative / リボソーム


分子量: 23805.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJZ7
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L13 /


分子量: 25454.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IAX6
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L23, putative / リボソーム


分子量: 15015.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE09
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L14, putative / リボソーム


分子量: 19340.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILE8
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L27a, putative / リボソーム


分子量: 16765.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6KT23
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L10, putative / リボソーム


分子量: 25265.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILV2
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L5, putative / リボソーム


分子量: 34067.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILL3
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L18-2, putative / リボソーム


分子量: 21508.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H5G3
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L19 /


分子量: 21641.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6KSY6
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L18a /


分子量: 21793.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDS6
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / / 60S ribosomal protein L21e / putative


分子量: 18840.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILK3
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L17, putative / リボソーム


分子量: 23469.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDI5
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L22, putative / リボソーム


分子量: 16422.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IB51
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L23 /


分子量: 22152.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE82
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L26, putative / リボソーム


分子量: 14855.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O77364
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L24, putative / リボソーム


分子量: 19295.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IEM3
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27 / / 60S ribosomal protein L27 / putative


分子量: 16785.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKM5
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / / 60S ribosomal protein L28 / putative


分子量: 14437.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IHU0
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L35, putative / リボソーム


分子量: 14787.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IIB4
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L29, putative / リボソーム / Ribosomal protein L29 / putative


分子量: 8041.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6S3J6
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L7, putative / リボソーム


分子量: 30593.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97250
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L30e, putative / リボソーム


分子量: 11794.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJK8
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L31 /


分子量: 14099.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I463
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L32 /


分子量: 15565.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3B0
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L35Ae, putative / リボソーム / 60S ribosomal protein L35ae / putative


分子量: 16306.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IHT9
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L34 /


分子量: 17406.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBY4
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L36 /


分子量: 12825.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I713
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / / 60S ribosomal protein L38e / putative


分子量: 10341.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8II62
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L39 /


分子量: 6540.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4H3
#43: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 / / 60S ribosomal protein L41 / putative


分子量: 5108.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6S3G4
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L37a /


分子量: 10826.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O96184
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L44 /


分子量: 12194.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97231

-
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 Pc

#16: タンパク質 Ribosomal protein L15 /


分子量: 24197.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4A6
#39: タンパク質 Ribosomal protein L37 /


分子量: 10571.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4L5

-
タンパク質 , 1種, 1分子 f

#42: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14645.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ID50

-
非ポリマー , 3種, 171分子

#46: 化合物 ChemComp-YMZ / Mefloquine / (+)-メフロキン / メフロキン


分子量: 378.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16F6N2O / コメント: 薬剤*YM
#47: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#48: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to mefloquine
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#45 / 由来: NATURAL
分子量値: 4.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
細胞内の位置: cytoplasm
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM Hepes pH 7.4, 40 mM KAc, 10 mM NH4Ac, 10 mM Mg(Ac)2 and 5 mM 2-mecaptoethanol
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Blot 2.5s before plunging / グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 90 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 78000 X / 倍率（補正後）: 104748 X / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3800 nm / Cs: 2 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 最高温度: 90 K / 最低温度: 80 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
画像スキャン動画フレーム数/画像: 17

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0068 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2RELION1.3画像取得
4CTFFIND3CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION1.3初期オイラー角割当
10RELION1.3最終オイラー角割当
11RELION1.3分類
12RELION1.3３次元再構成
13REFMAC5.8モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43184 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 129.3 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 3.2→257.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / SU B: 29.102 / SU ML: 0.428 / ESU R: 0.567
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.27921 --
obs0.27921 806977 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 129.307 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20.09 Å20.15 Å2
2--0.17 Å2-0.02 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 124503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0050.014136485
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg0.8751.526196987
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg24.1856.9827685
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg33.18621.8972119
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg17.8421510690
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg11.95715538
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.3390.21322289
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.0272478
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it1.34413.26824887
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it2.49619.89131002
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it1.1912.811111598
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined7.98518007
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.576 59775 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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