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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5onw
タイトルX-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer and the two H2A/H2B dimers crosslinked via H2A N38C
要素
  • (DNA (147-MER)) x 2
  • Histone H2A
  • Histone H2B 1.1
  • Histone H3.2
  • Histone H4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Nucleosome Core Particle / Histones / Disulfide / Convertible Nucleotide / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold ...Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Histone H4 / Histone H3.2 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Frouws, T.D. / Barth, P.D. / Richmond, T.J.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Louis Jeantet Prize スイス
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Site-Specific Disulfide Crosslinked Nucleosomes with Enhanced Stability.
著者: Frouws, T.D. / Barth, P.D. / Richmond, T.J.
履歴
登録2017年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: DNA (147-MER)
J: DNA (147-MER)
A: Histone H3.2
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B 1.1
E: Histone H3.2
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B 1.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,30034
ポリマ－199,06010
非ポリマー1,24124
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60820 Å2
ΔGint-536 kcal/mol
Surface area71630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.560, 183.830, 109.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#1: DNA鎖 DNA (147-MER)


分子量: 45430.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pUC57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B
#2: DNA鎖 DNA (147-MER)


分子量: 45421.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pUC57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#3: タンパク質 Histone H3.2


分子量: 15217.812 Da / 分子数: 2 / Mutation: C110A, R40C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P84233
#4: タンパク質 Histone H4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P62799
#5: タンパク質 Histone H2A


分子量: 13967.281 Da / 分子数: 2 / Mutation: N38C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: hist1h2aj, LOC494591 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS
#6: タンパク質 Histone H2B 1.1 / H2B1.1


分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P02281

-
非ポリマー , 3種, 86分子

#7: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 160-210 mM MnCl2, 140-200 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.505 Å / Num. obs: 52834 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2447: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1kx5

1kx5


解像度: 2.8→29.505 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.98
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2544 2661 5.04 %random
Rwork0.2076 ---
obs0.21 52757 98.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5956 6027 24 62 12069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512798
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71318544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.8925264
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.051472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7996-2.85050.34841260.29972317X-RAY DIFFRACTION89
2.8505-2.90520.35321260.26942531X-RAY DIFFRACTION95
2.9052-2.96450.27731380.24952536X-RAY DIFFRACTION95
2.9645-3.02890.30611100.25862635X-RAY DIFFRACTION99
3.0289-3.09930.31281590.262584X-RAY DIFFRACTION99
3.0993-3.17670.35631420.2712649X-RAY DIFFRACTION99
3.1767-3.26250.30551470.25572617X-RAY DIFFRACTION99
3.2625-3.35840.29911310.24372656X-RAY DIFFRACTION99
3.3584-3.46660.26491510.23192644X-RAY DIFFRACTION99
3.4666-3.59030.26171440.22352585X-RAY DIFFRACTION98
3.5903-3.73380.25471370.21642663X-RAY DIFFRACTION99
3.7338-3.90330.26891550.21622626X-RAY DIFFRACTION99
3.9033-4.10860.26881350.2062683X-RAY DIFFRACTION100
4.1086-4.36530.26741360.1912700X-RAY DIFFRACTION100
4.3653-4.70110.23211390.18432681X-RAY DIFFRACTION100
4.7011-5.17190.22561540.18722685X-RAY DIFFRACTION100
5.1719-5.9150.26891330.20152732X-RAY DIFFRACTION100
5.915-7.43260.2571590.21192723X-RAY DIFFRACTION99
7.4326-29.50660.17531390.16022849X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0143-0.0074-0.02750.00830.0496-0.10770.5603-0.46690.15290.3117-0.150.1572-0.2076-0.3084-01.07050.1630.27251.0495-0.10971.07049.9577112.173720.4317
20.1313-0.4156-0.11710.2597-0.3970.3583-0.0807-0.18740.22520.5253-0.1174-0.10661.06620.2634-00.55940.0858-0.0770.63880.08710.987954.595770.327721.1079
30.4336-0.4452-0.07080.24910.441.18160.09260.08880.0233-0.1027-0.07130.1074-0.0143-0.2305-00.2953-0.06980.03160.15510.05360.465235.911496.0163-0.9578
40.1256-0.0016-0.079-0.0325-0.11330.0670.5948-0.08940.1736-0.1342-0.6033-0.21060.0720.514300.87470.12560.39321.06290.02031.503282.444192.751-9.1031
50.0294-0.0081-0.0441-0.0029-0.01720.03080.26480.05180.1488-0.178-0.6263-0.09360.2890.1951-00.7324-0.04620.21250.9090.15021.108485.1844103.2454-11.6455
60.4786-0.2185-0.08770.35910.16961.13410.06390.0987-0.041-0.1905-0.08140.08360.0287-0.2036-00.2661-0.0657-0.02090.2288-0.00990.477335.891688.9798-3.2722
70.07140.10420.1284-0.0723-0.2881-0.23870.5232-0.59010.56320.16880.2545-0.21950.03730.91160-1.688-0.2967-0.41941.24670.3031.714883.3037100.346414.4734
80.2019-0.0137-0.34730.18310.0820.85960.0224-0.0125-0.06170.26020.08420.12920.1674-0.2884-00.7099-0.08290.08570.53840.15140.837627.12883.068221.114
9-0.01680.005-0.0203-0.0122-0.0115-0.0270.04650.0314-0.11310.14950.1301-0.2295-0.09230.10980-0.8953-0.9121.20460.12730.56560.404672.4775110.1211-1.3117
100.0123-0.0140.01610.0103-0.00070.0042-0.0819-0.17960.02290.3253-0.18750.04550.128-0.1101-0-0.54940.028-0.17051.15150.18360.444269.872494.173520.8588
11-0.0681-0.04940.05770.0065-0.0022-0.0682-0.231-0.5970.29770.04450.5968-0.47470.51941.06330-0.0598-0.34440.04520.01140.0820.531761.6406100.00849.913
120.0062-0.01-0.0047-0.0029-0.0013-0.0033-0.0481-0.093-0.00450.07-0.13680.04810.0132-0.0970-0.3854-0.41640.25530.40980.02220.39250.2289106.969710.691
130.0034-0.04350.0108-0.0141-0.0250.02420.1834-0.26630.09140.52670.4045-0.30420.3270.31560-0.9211-0.4533-0.16130.2436-0.07250.459963.2372101.645513.949
140.03110.03810.01520.0173-0.01550.0009-0.19170.1682-0.19010.08930.00930.03160.0782-0.1428-00.27250.09780.00310.38160.04920.387860.428583.143712.2483
15-0.0026-0.0023-0.00350.0023-0.0024-0.0007-0.02090.00110.0373-0.0068-0.04440.00650.01570.011100.8109-0.01610.1870.54450.18690.623232.005466.384531.8156
16-0.005-0.00840.0020.0035-0.00410.014-0.1687-0.088-0.3177-0.02180.1631-0.0946-0.0246-0.2288-00.6553-0.16420.13390.16570.12030.279133.839570.781922.6252
17-0.00020.00180.0005-0.00450.01310.0046-0.13290.0391-0.2309-0.0546-0.2283-0.0256-0.0254-0.017600.967-0.04910.05720.54880.02460.418943.643966.660114.4326
180.02240.02480.00080.00230.00570.0553-0.0663-0.1753-0.0830.11980.05130.0880.031-0.3234-00.2729-0.03040.02290.3189-0.00240.196933.400985.530727.0478
190.0059-0-0.00110.00010.0018-0.0022-0.0698-0.0680.1356-0.013-0.051-0.00090.0119-0.0239-00.1672-0.11350.01020.37080.01590.238118.571496.963524.3115
20-0.00170.00840.00090.01320.01580.001-0.0430.0016-0.03650.0059-0.0446-0.0719-0.1113-0.0669-00.21990.0321-0.0120.29010.03230.147329.537897.798819.5922
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500.0002-0.00150.00150.001-0.00590.00060.04890.046-0.0263-0.06930.04440.0208-0.0264-0.0186-00.7357-0.0173-0.04790.54910.01740.761135.919867.6859-1.0945
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'I' and (resid -73 through -54 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'I' and (resid -53 through -14 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'I' and (resid -13 through 46 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'I' and (resid 47 through 73 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'J' and (resid -73 through -54 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'J' and (resid -53 through 6 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'J' and (resid 7 through 26 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'J' and (resid 27 through 73 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 39 through 63 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 64 through 77 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 78 through 120 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 121 through 134 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 25 through 75 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 76 through 102 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 15 through 20 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 21 through 35 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 36 through 44 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 45 through 72 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 73 through 79 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 80 through 89 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 90 through 96 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 97 through 101 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 102 through 106 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 107 through 111 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 112 through 117 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 26 through 34 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 35 through 52 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 53 through 87 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 88 through 121 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 39 through 44 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 45 through 54 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 55 through 63 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 64 through 78 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 79 through 85 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 86 through 113 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 114 through 133 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 17 through 24 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 25 through 49 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 50 through 82 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 83 through 102 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 14 through 44 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 45 through 72 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'G' and (resid 73 through 79 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'G' and (resid 80 through 111 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'G' and (resid 112 through 118 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 30 through 34 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resid 35 through 45 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'H' and (resid 46 through 52 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'H' and (resid 53 through 80 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'H' and (resid 81 through 87 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'H' and (resid 88 through 100 )
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'H' and (resid 101 through 121 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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