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- PDB-5of4: The cryo-EM structure of human TFIIH -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5of4
タイトルThe cryo-EM structure of human TFIIH
記述子MAT1
Unassigned secondary structure elements.
(TFIIH basal transcription factor complex helicase ...) x 2
(General transcription factor IIH subunit ...) x 4
(Unassigned secondary structure elements ...) x 2
キーワードTRANSCRIPTION / transcription initiation / DNA repair / multiprotein complex / kinase / helicase
試料の由来Homo sapiens / ヒト
手法電子顕微鏡 (4.4 Å 分解能 / Particle / 単粒子解析)
データ登録者Greber, B.J. / Nguyen, T.H.D. / Fang, J. / Afonine, P.V. / Adams, P.D. / Nogales, E.
引用Nature, 2017, 549, 414-417

Nature, 2017, 549, 414-417 万見文献
The cryo-electron microscopy structure of human transcription factor IIH.
Basil J Greber / Thi Hoang Duong Nguyen / Jie Fang / Pavel V Afonine / Paul D Adams / Eva Nogales

構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年7月10日 / 公開: 2017年9月13日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年9月13日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年9月27日Structure modelDatabase referencescitation_citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
1.22017年10月4日Structure modelDatabase referencescitation_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-3802
  • UCSF CHIMERAによる作画
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集合体

登録構造単位
A: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit,XPB,TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit
B: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
D: General transcription factor IIH subunit 4,p52,General transcription factor IIH subunit 4
E: General transcription factor IIH subunit 2
F: General transcription factor IIH subunit 3
G: General transcription factor IIH subunit 5
H: MAT1
Z: Unassigned secondary structure elements.
Y: Unassigned secondary structure elements (p52 region)
X: Unassigned secondary structure elements (XPB NTE region)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)306,61811
ポリマ-306,26710
非ポリマ-3521
0
#1


タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area (Å2)18220
ΔGint (kcal/M)-129
Surface area (Å2)127880
手法PISA

-
構成要素

-
TFIIH basal transcription factor complex helicase ... , 2種, 2分子 AB

#1: L型ポリペプチドTFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit,XPB,TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit / Basic transcription factor 2 89 kDa subunit / BTF2 p89 / DNA excision repair protein ERCC-3 / DNA repair protein complementing XP-B cells / TFIIH basal transcription factor complex 89 kDa subunit / TFIIH p89 / Xeroderma pigmentosum group B-complementing protein


分子量: 62426.047 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: P19447, EC: 3.6.4.12

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#2: L型ポリペプチドTFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit / Basic transcription factor 2 80 kDa subunit / BTF2 p80 / CXPD / DNA excision repair protein ERCC-2 / DNA repair protein complementing XP-D cells / TFIIH basal transcription factor complex 80 kDa subunit / TFIIH p80 / Xeroderma pigmentosum group D-complementing protein


分子量: 87021.078 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: P18074, EC: 3.6.4.12

細胞要素

分子機能

生物学的過程

-
General transcription factor IIH subunit ... , 4種, 4分子 DEFG

#3: L型ポリペプチドGeneral transcription factor IIH subunit 4,p52,General transcription factor IIH subunit 4 / Basic transcription factor 2 52 kDa subunit / BTF2 p52 / General transcription factor IIH polypeptide 4 / TFIIH basal transcription factor complex p52 subunit


分子量: 9875.401 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q92759

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • 7-methylguanosine mRNA capping (GO: 0006370)
  • DNA repair (GO: 0006281)
  • global genome nucleotide-excision repair (GO: 0070911)
  • nucleotide-excision repair (GO: 0006289)
  • nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding (GO: 0000717)
  • nucleotide-excision repair, DNA incision (GO: 0033683)
  • nucleotide-excision repair, DNA incision, 3'-to lesion (GO: 0006295)
  • nucleotide-excision repair, DNA incision, 5'-to lesion (GO: 0006296)
  • nucleotide-excision repair, preincision complex assembly (GO: 0006294)
  • nucleotide-excision repair, preincision complex stabilization (GO: 0006293)
  • phosphorylation of RNA polymerase II C-terminal domain (GO: 0070816)
  • termination of RNA polymerase I transcription (GO: 0006363)
  • transcription elongation from RNA polymerase I promoter (GO: 0006362)
  • transcription elongation from RNA polymerase II promoter (GO: 0006368)
  • transcription from RNA polymerase II promoter (GO: 0006366)
  • transcription initiation from RNA polymerase I promoter (GO: 0006361)
  • transcription initiation from RNA polymerase II promoter (GO: 0006367)
  • transcription-coupled nucleotide-excision repair (GO: 0006283)
#4: L型ポリペプチドGeneral transcription factor IIH subunit 2 / Basic transcription factor 2 44 kDa subunit / BTF2 p44 / General transcription factor IIH polypeptide 2 / TFIIH basal transcription factor complex p44 subunit


分子量: 44481.996 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q13888

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • 7-methylguanosine mRNA capping (GO: 0006370)
  • G-protein coupled receptor internalization (GO: 0002031)
  • global genome nucleotide-excision repair (GO: 0070911)
  • nucleotide-excision repair (GO: 0006289)
  • nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding (GO: 0000717)
  • nucleotide-excision repair, DNA incision (GO: 0033683)
  • nucleotide-excision repair, DNA incision, 3'-to lesion (GO: 0006295)
  • nucleotide-excision repair, DNA incision, 5'-to lesion (GO: 0006296)
  • nucleotide-excision repair, preincision complex assembly (GO: 0006294)
  • nucleotide-excision repair, preincision complex stabilization (GO: 0006293)
  • protein phosphorylation (GO: 0006468)
  • regulation of transcription from RNA polymerase II promoter (GO: 0006357)
  • response to UV (GO: 0009411)
  • termination of RNA polymerase I transcription (GO: 0006363)
  • transcription elongation from RNA polymerase I promoter (GO: 0006362)
  • transcription elongation from RNA polymerase II promoter (GO: 0006368)
  • transcription from RNA polymerase II promoter (GO: 0006366)
  • transcription initiation from RNA polymerase I promoter (GO: 0006361)
  • transcription initiation from RNA polymerase II promoter (GO: 0006367)
  • transcription-coupled nucleotide-excision repair (GO: 0006283)
#5: L型ポリペプチドGeneral transcription factor IIH subunit 3 / Basic transcription factor 2 34 kDa subunit / BTF2 p34 / General transcription factor IIH polypeptide 3 / TFIIH basal transcription factor complex p34 subunit


分子量: 34416.008 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q13889

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • 7-methylguanosine mRNA capping (GO: 0006370)
  • DNA repair (GO: 0006281)
  • global genome nucleotide-excision repair (GO: 0070911)
  • nucleotide-excision repair (GO: 0006289)
  • nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding (GO: 0000717)
  • nucleotide-excision repair, DNA incision (GO: 0033683)
  • nucleotide-excision repair, DNA incision, 3'-to lesion (GO: 0006295)
  • nucleotide-excision repair, DNA incision, 5'-to lesion (GO: 0006296)
  • nucleotide-excision repair, preincision complex assembly (GO: 0006294)
  • nucleotide-excision repair, preincision complex stabilization (GO: 0006293)
  • phosphorylation of RNA polymerase II C-terminal domain (GO: 0070816)
  • termination of RNA polymerase I transcription (GO: 0006363)
  • transcription elongation from RNA polymerase I promoter (GO: 0006362)
  • transcription elongation from RNA polymerase II promoter (GO: 0006368)
  • transcription from RNA polymerase II promoter (GO: 0006366)
  • transcription initiation from RNA polymerase I promoter (GO: 0006361)
  • transcription initiation from RNA polymerase II promoter (GO: 0006367)
  • transcription-coupled nucleotide-excision repair (GO: 0006283)
#6: L型ポリペプチドGeneral transcription factor IIH subunit 5 / General transcription factor IIH polypeptide 5 / TFB5 ortholog / TFIIH basal transcription factor complex TTD-A subunit


分子量: 8060.362 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q6ZYL4

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • 7-methylguanosine mRNA capping (GO: 0006370)
  • cellular response to gamma radiation (GO: 0071480)
  • global genome nucleotide-excision repair (GO: 0070911)
  • nucleotide-excision repair (GO: 0006289)
  • nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding (GO: 0000717)
  • nucleotide-excision repair, DNA incision (GO: 0033683)
  • nucleotide-excision repair, DNA incision, 3'-to lesion (GO: 0006295)
  • nucleotide-excision repair, DNA incision, 5'-to lesion (GO: 0006296)
  • nucleotide-excision repair, preincision complex assembly (GO: 0006294)
  • nucleotide-excision repair, preincision complex stabilization (GO: 0006293)
  • regulation of transcription, DNA-templated (GO: 0006355)
  • rRNA processing (GO: 0006364)
  • termination of RNA polymerase I transcription (GO: 0006363)
  • transcription elongation from RNA polymerase I promoter (GO: 0006362)
  • transcription elongation from RNA polymerase II promoter (GO: 0006368)
  • transcription from RNA polymerase II promoter (GO: 0006366)
  • transcription initiation from RNA polymerase I promoter (GO: 0006361)
  • transcription initiation from RNA polymerase II promoter (GO: 0006367)
  • transcription-coupled nucleotide-excision repair (GO: 0006283)

-
L型ポリペプチド , 2種, 2分子 HZ

#7: L型ポリペプチドMAT1


分子量: 10571.022 Da / 分子数: 1 / 詳細: Sequence register unassigned. / 由来: (天然) Homo sapiens
#8: L型ポリペプチドUnassigned secondary structure elements.


分子量: 22996.232 Da / 分子数: 1 / 詳細: Sequence unassigned. / 由来: (天然) Homo sapiens

-
Unassigned secondary structure elements ... , 2種, 2分子 YX

#9: L型ポリペプチドUnassigned secondary structure elements (p52 region)


分子量: 19762.281 Da / 分子数: 1 / 詳細: Sequence unassigned / 由来: (天然) Homo sapiens
#10: L型ポリペプチドUnassigned secondary structure elements (XPB NTE region)


分子量: 6656.196 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens

-
非ポリマー , 1種, 1分子

#11: 化合物ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / : Fe4S4

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実験情報

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実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: SINGLE PARTICLE

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent ID由来
1TFIIHCOMPLEX1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 100NATURAL
2TFIIH core complexCOMPLEX1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 101NATURAL
3TFIIH CDK-activating kinase (CAK) subcomplexCOMPLEX71NATURAL
分子量
ID単位構成単位・集合体のID実験値
10.49MEGADALTONS1NO
21NO
31NO
13
由来(天然)
ID構成単位・集合体のIDNcbi tax ID生物種細胞内の位置
219606Homo sapiens
329606Homo sapiensNucleus
439606Homo sapiensNucleus
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度単位名称Buffer ID
120mMHEPES-KOH1
2150mMpotassium chlorideKCl1
35mMmagnesium chlorideMgCl21
40.5mMDTT1
52%trehalose1
61.5%glycerol1
70.015%NP-40 substitute1
試料濃度: 0.0049 mg/ml
詳細: Natively purified complex at approx. 10 nM concentration
包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 / グリッドのタイプ: C-flat-4/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278.15 kelvins / 詳細: 3-4 minute incubation, 2 second blot

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後の値): 37879 / 最大 デフォーカス(公称値): 4500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り系: 50 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダのモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影平均照射時間: 8.7 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
詳細: 8300 micrographs collected in four session with identical acquisition settings. Sessions lasted 4, 2, 4, and 4 days and yielded 1200, 1700, 2800, and 2600 micrographs.
検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 8300
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 microns / Dimension width: 3840 / Dimension height: 3710 / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: refinement
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImaging ID詳細Image processing IDFitting ID
2LeginonIMAGE ACQUISITION1
4CTFFIND4CTF CORRECTIONrun from within RELION1
7UCSF ChimeraMODEL FITTING1
8OMODEL FITTING1
9CootMODEL FITTING1
11RELION1.4INITIAL EULER ASSIGNMENT1
12RELION1.4FINAL EULER ASSIGNMENT1
13RELION1.4CLASSIFICATION1
14RELION1.4RECONSTRUCTION1
15PHENIXdevelopment versionsMODEL REFINEMENTreal space refinement1
16REFMAC5.9MODEL REFINEMENTreciprocal space refinement1
画像処理詳細: Micrographs were inspected for quality of Thon rings and ice contamination. Poor micrographs were rejected.
CTF補正詳細: Correction in RELION based on values determined in CTFFIND4.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択詳細: Initial rounds of particle selection using DogPicker within APPION to generate templates for subsequent RELION autopicking.
選択した粒子像数: 1500000
対称性点対称性: C1
3次元再構成分解能: 4.4 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122900 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: RELION 3D auto-refinement (gold standard). / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: Initial model assembled from high-resolution structures and homology models. Subsequently rebuilt in O and COOT, refined into the cryo-EM map using PHENIX and REFMAC, and fully validated.
精密化のプロトコル: RIGID BODY FIT / 精密化に使用した空間: REAL
精密化
Refine IDB iso meanAniso B11Aniso B12Aniso B13Aniso B22Aniso B23Aniso B33Correlation coeff Fo to Fc詳細R factor R workR factor obs最高分解能最低分解能Number reflection obsPercent reflection obsOverall SU BOverall SU MLOverall ESU RSolvent ion probe radiiSolvent shrinkage radiiSolvent vdw probe radiiStereochemistry target valuesSolvent model details
1193.578-4.69-0.800.57-3.42-2.548.110.939HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS0.335280.335284.40166.3282085100.0054.8490.6681.6790.800.801.20MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASESMASK
ELECTRON MICROSCOPY
置いた原子数 #1合計: 17200
精密化中の拘束条件
Refine IDタイプDev idealDev ideal target
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0210.01917421
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0030.02016607
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg2.1401.94023691
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.2293.00037892
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg9.7835.0002411
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg26.45223.678609
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.55515.0002393
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg14.40615.00099
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1120.2002879
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.02020092
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.0203515
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it36.53018.9359800
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other36.52918.9369799
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it58.66528.18312159
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other58.66328.18112160
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it39.26720.9657621
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other39.26520.9637622
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other64.30430.37511521
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined89.08269008
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other89.08269009
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS shell最高分解能: 4.4 Å / R factor R work: 0.459 / 最低分解能: 4.514 Å / Number reflection R free: 0 / Number reflection R work: 6100 / Total number of bins used: 20 / Percent reflection obs: 1

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万見について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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