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Yorodumi- PDB-4nee: crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nee | ||||||
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Title | crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/PROTEIN TRANSPORT / clathrin Adaptor AP-2 / HIV-1 Nef / CD4 downregulation / VIRAL PROTEIN-PROTEIN TRANSPORT complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / perturbation by virus of host immune response / Late Phase of HIV Life Cycle / negative regulation of CD4 production / symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / Nef Mediated CD8 Down-regulation ...Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / perturbation by virus of host immune response / Late Phase of HIV Life Cycle / negative regulation of CD4 production / symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / Nef Mediated CD8 Down-regulation / protein trimerization / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class II antigen presentation / AP-2 adaptor complex / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / suppression by virus of host autophagy / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / membrane coat / clathrin-dependent endocytosis / protein serine/threonine kinase binding / thioesterase binding / CD4 receptor binding / Nef and signal transduction / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Neutrophil degranulation / Uncoating of the HIV Virion / host cell Golgi membrane / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / synaptic vesicle endocytosis / MHC class I protein binding / Binding and entry of HIV virion / regulation of calcium-mediated signaling / vesicle-mediated transport / viral life cycle / phosphatidylinositol binding / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / virion component / intracellular protein transport / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / SH3 domain binding / kinase binding / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / ATPase binding / cytoplasmic vesicle / postsynapse / protein domain specific binding / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / GTP binding / protein kinase binding / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8841 Å | ||||||
Authors | Hurley, J.H. / Bonifacino, J.S. / Ren, X. / Park, S.Y. | ||||||
Citation | Journal: Elife / Year: 2014 Title: How HIV-1 Nef hijacks the AP-2 clathrin adaptor to downregulate CD4. Authors: Ren, X. / Park, S.Y. / Bonifacino, J.S. / Hurley, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4nee.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4nee.ent.gz | 884.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4nee.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/4nee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/4nee | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3reaS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17038.688 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Ap2s1, Ap17, Claps2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P62744 #2: Protein | Mass: 44389.285 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Residues 1-396 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Ap17, Ap2a2, Ap2s1, Claps2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q66HM2, UniProt: P18484*PLUS #3: Protein | Mass: 17670.990 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: HIV-1 Nef, residues 54-203 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Gene: nef / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q90VU7, UniProt: P04601*PLUS Sequence details | THE N-TERMINAL SEQUENCE OF THE PROTEIN is GAMGSACAWLEAQE. DUE TO THE PRESENCE OF A FLEXIBLE LOOP ...THE N-TERMINAL SEQUENCE OF THE PROTEIN is GAMGSACAWL | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 Details: 70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 10, 2013 |
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.884→50 Å / Num. all: 83709 / Num. obs: 80188 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.184 |
Reflection shell | Resolution: 2.884→3 Å / % possible all: 80.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3REA Resolution: 2.8841→48.88 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.42 / Phase error: 25.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8841→48.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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