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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nyx | ||||||
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タイトル | human Fab fragment 5H2 against NHBA from Neisseria meningitidis | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Malito, E. / Maritan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018 タイトル: Structures of NHBA elucidate a broadly conserved epitope identified by a vaccine induced antibody. 著者: Maritan, M. / Veggi, D. / Cozzi, R. / Dello Iacono, L. / Bartolini, E. / Lo Surdo, P. / Maruggi, G. / Spraggon, G. / Bottomley, M.J. / Malito, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nyx.cif.gz | 274.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nyx.ent.gz | 220.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nyx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/5nyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/5nyx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 27962.980 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CHAIN H AND O ARE TWO SEPARATE POLYPEPTIDE CHAINS. fab heavy chains. The sequence provided contains the cleavable strep tag that has been removed prior to crystallisation 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 23094.561 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fab light chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.68 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-Cacodilate pH 6.5, 30 %w/v PEG 8K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97721 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97721 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→47.02 Å / Num. obs: 109382 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.831 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 10764 / CC1/2: 0.474 / Rpim(I) all: 0.563 / Rrim(I) all: 1.008 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3TNM and 3HI6 解像度: 1.88→47.017 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.22
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→47.017 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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