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- PDB-5ndu: ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-[ProM-2]-[ProM-12]-OMe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ndu
タイトルENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-[ProM-2]-[ProM-12]-OMe
要素Protein enabled homolog
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / proline-rich motif / Ena/VASP inhibitor / actin (アクチン) / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用)
機能・相同性
機能・相同性情報


actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / WW domain binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / Generation of second messenger molecules / filopodium / 軸索誘導 / SH3 domain binding / 細胞結合 ...actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / WW domain binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / Generation of second messenger molecules / filopodium / 軸索誘導 / SH3 domain binding / 細胞結合 / lamellipodium / actin binding / 細胞骨格 / focal adhesion / シナプス / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily ...VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
メチル基 / 硝酸塩 / Protein enabled homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Barone, M. / Roske, Y.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Designed nanomolar small-molecule inhibitors of Ena/VASP EVH1 interaction impair invasion and extravasation of breast cancer cells.
著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, ...著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, Y. / Schmieder, P. / Volkmer, R. / Nazare, M. / Heinemann, U. / Oschkinat, H. / Ten Dijke, P. / Schmalz, H.G. / Kuhne, R.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2015
タイトル: A modular toolkit to inhibit proline-rich motif-mediated protein-protein interactions.
著者: Opitz, R. / Mueller, M. / Reuter, C. / Barone, M. / Soicke, A. / Roske, Y. / Piotukh, K. / Huy, P. / Beerbaum, M. / Wiesner, B. / Beyermann, M. / Schmieder, P. / Freund, C. / Volkmer, R. / ...著者: Opitz, R. / Mueller, M. / Reuter, C. / Barone, M. / Soicke, A. / Roske, Y. / Piotukh, K. / Huy, P. / Beerbaum, M. / Wiesner, B. / Beyermann, M. / Schmieder, P. / Freund, C. / Volkmer, R. / Oschkinat, H. / Schmalz, H.G. / Kuehne, R.
履歴
登録2017年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.22020年11月25日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.country ..._chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein enabled homolog
B: Protein enabled homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,83011
ポリマ－25,2572
非ポリマー2,5739
水2,864159
1
A: Protein enabled homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5715
ポリマ－12,6281
非ポリマー9424
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein enabled homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2596
ポリマ－12,6281
非ポリマー1,6315
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.150, 34.570, 44.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein enabled homolog


分子量: 12628.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENAH, MENA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold pLysS AG / 参照: UniProt: Q8N8S7

-
非ポリマー , 5種, 168分子

#2: 化合物 ChemComp-8V2 / methyl (3~{S},7~{R},10~{R},13~{R})-4-[(3~{S},6~{R},8~{a}~{S})-1'-[(2~{S})-2-acetamido-3-(2-chlorophenyl)propanoyl]-5-oxidanylid ene-spiro[1,2,3,8~{a}-tetrahydroindolizine-6,2'-pyrrolidine]-3-yl]carbonyl-2-oxidanylidene-1,4-diazatricyclo[8.3.0.0^{3, 7}]tridec-8-ene-13-carboxylate / Ac-[2-Cl-F]-[ProM-2]-[ProM-12]-OMe / メチル基


分子量: 692.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H42ClN5O7
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.5 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 220mM ammonium nitrate / Temp details: plate hotel

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→43.9378 Å / Num. obs: 38981 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 11.36
反射 シェル解像度: 1.42→1.5 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 5881 / CC1/2: 0.593 / Rrim(I) all: 1.714 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NCG

5ncg


解像度: 1.42→43.917 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 1947 5 %
Rwork0.1714 --
obs0.1729 38952 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→43.917 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1746 0 164 159 2069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172121
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.742907
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.9611031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102300
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4199-1.45540.40231380.39982613X-RAY DIFFRACTION100
1.4554-1.49480.36961380.32532624X-RAY DIFFRACTION100
1.4948-1.53880.27861380.26812619X-RAY DIFFRACTION100
1.5388-1.58840.29011380.24152629X-RAY DIFFRACTION100
1.5884-1.64520.26621380.2282638X-RAY DIFFRACTION100
1.6452-1.71110.26451390.21682626X-RAY DIFFRACTION100
1.7111-1.7890.21111370.17982604X-RAY DIFFRACTION100
1.789-1.88330.18861370.16532615X-RAY DIFFRACTION100
1.8833-2.00130.20051410.15452673X-RAY DIFFRACTION100
2.0013-2.15580.18361390.14372634X-RAY DIFFRACTION100
2.1558-2.37270.1631390.14362639X-RAY DIFFRACTION100
2.3727-2.7160.21251390.15012657X-RAY DIFFRACTION100
2.716-3.42170.17081420.14762691X-RAY DIFFRACTION100
3.4217-43.93780.16451440.15552743X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

T23: -0.0035 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.251-0.0467-0.68342.38960.30922.13720.00820.05630.0235-0.1188-0.01470.1914-0.0571-0.060.00760.13560.0021-0.00060.09040.0972-16.743-28.6646-2.5892
21.0418-0.00260.65822.55190.3543.28120.0092-0.0195-0.0252-0.1454-0.01080.1649-0.1136-0.0990.00890.21320.00910.02860.11190.1178-19.0315-10.931620.4394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid 0 through 111)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 3 through 111)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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