[日本語] English
万見
- PDB-5n35: Gadolinium phased PBP2 (SSO6202) at 2.2 Ang -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n35
タイトルGadolinium phased PBP2 (SSO6202) at 2.2 Ang
要素PolB1 Binding Protein 2 (PBP2)
キーワードPOLYMERASE BINDING PROTEIN / PolB1 binding protein 2 / Archaeal DNA Polymerase Holoenzyme / Protein binding (タンパク質)
機能・相同性GADOLINIUM ATOM / 硝酸塩 / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Yan, J. / Beattie, T.R. / Rojas, A.L. / Schermerhorn, K. / Gristwood, T. / Trinidad, J.C. / Albers, S.V. / Roversi, P. / Gardner, A.F. / Abrescia, N.G.A. / Bell, S.D.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
MINECOBFU2015-64541-R スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Identification and characterization of a heterotrimeric archaeal DNA polymerase holoenzyme.
著者: Jiangyu Yan / Thomas R Beattie / Adriana L Rojas / Kelly Schermerhorn / Tamzin Gristwood / Jonathan C Trinidad / Sonja V Albers / Pietro Roversi / Andrew F Gardner / Nicola G A Abrescia / Stephen D Bell /
要旨: Since their initial characterization over 30 years ago, it has been believed that the archaeal B-family DNA polymerases are single-subunit enzymes. This contrasts with the multi-subunit B-family ...Since their initial characterization over 30 years ago, it has been believed that the archaeal B-family DNA polymerases are single-subunit enzymes. This contrasts with the multi-subunit B-family replicative polymerases of eukaryotes. Here we reveal that the highly studied PolB1 from Sulfolobus solfataricus exists as a heterotrimeric complex in cell extracts. Two small subunits, PBP1 and PBP2, associate with distinct surfaces of the larger catalytic subunit and influence the enzymatic properties of the DNA polymerase. Thus, multi-subunit replicative DNA polymerase holoenzymes are present in all three domains of life. We reveal the architecture of the assembly by a combination of cross-linking coupled with mass spectrometry, X-ray crystallography and single-particle electron microscopy. The small subunits stabilize the holoenzyme assembly and the acidic tail of one small subunit mitigates the ability of the enzyme to perform strand-displacement synthesis, with important implications for lagging strand DNA synthesis.
履歴
登録2017年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PolB1 Binding Protein 2 (PBP2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3417
ポリマ－8,6881
非ポリマー6536
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area3940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.150, 62.150, 35.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 PolB1 Binding Protein 2 (PBP2)


分子量: 8688.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: SSOP1_0579, SULA_1676, SULB_1677, SULC_1675 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A0E3GTJ4
#2: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム


分子量: 157.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
Preparation: FOR ANALYSIS, PLEASE, USE THE NATIVE HIGH-RESOLUTION 1.35 Ang STRUCTURE: PDB 5N41
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 42.7 mg/ml in 20 mM Hepes pH 7.5, 0.3 M NaCl, 1mM MgCl2 and 1mM b-ME. Crystallization buffer: 0.2 M NaNO3, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2911.71076
シンクロトロンESRF ID2921.71145
シンクロトロンESRF ID2931.70371
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2012年11月22日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2012年11月22日
DECTRIS PILATUS 6M3PIXEL2016年11月22日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2MADMx-ray2
3MADMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.710761
21.711451
31.703711
反射解像度: 2.2→31.1 Å / Num. obs: 3963 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 17 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 31.6
反射 シェル最高解像度: 2.2 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.24→31.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9153 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8809 / SU R Cruickshank DPI: 0.304 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.317 / SU Rfree Blow DPI: 0.24 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.235
詳細: The refinement was carried out with the data from remote 1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2748 171 4.57 %RANDOM
Rwork0.2271 ---
obs0.2294 3740 93.62 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6342 Å20 Å20 Å2
2---1.6342 Å20 Å2
3---3.2683 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.401 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→31.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数468 0 24 30 522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01521HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.29710HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d195SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes15HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes68HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it521HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.55
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion67SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact674SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.5 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3961 42 4.81 %
Rwork0.3766 832 -
all0.3776 874 -
obs--93.62 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る