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万見
- PDB-2ke7: NMR structure of the first SAM domain from AIDA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ke7
タイトルNMR structure of the first SAM domain from AIDA1
要素Ankyrin repeat and sterile alpha motif domain-containing protein 1B
キーワードPROTEIN BINDING / SAM domain / Alternative splicing / ANK repeat / Cell junction / Cell membrane / Cell projection / Cytoplasm / Membrane / Nucleus / Phosphoprotein / Postsynaptic cell membrane / Synapse
機能・相同性
機能・相同性情報


ephrin receptor signaling pathway / Cajal body / ephrin receptor binding / dendritic spine / postsynaptic density / centrosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 1, SAM repeat 1 / Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 1, SAM repeat 2 / : / Transcription Factor, Ets-1 / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. ...Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 1, SAM repeat 1 / Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 1, SAM repeat 2 / : / Transcription Factor, Ets-1 / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ankyrin repeat and sterile alpha motif domain-containing protein 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Donaldson, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of the first SAM domain from AIDA1
著者: Donaldson, L.
履歴
登録2009年1月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ankyrin repeat and sterile alpha motif domain-containing protein 1B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5021
ポリマ－11,5021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 25structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ankyrin repeat and sterile alpha motif domain-containing protein 1B


分子量: 11502.014 Da / 分子数: 1 / 断片: first SAM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: This vector is from the NIH structural genomics consortium. It contains a His6 tag, Maltose Binding Protein tag and a TEV protease cleavage site
遺伝子: ANKS1B / プラスミド: pDEST586 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q7Z6G8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D H(CCO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using NOE restraints and dihedral angle restraints predicted from chemical shifts

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試料調製

詳細内容: 0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] AIDA1 SAM1-1, 10 % D2O-2, 90 % H2O-3, 150 mM sodium chloride-4, 20 mM sodium phosphate-5, 0.05 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMAIDA1 SAM1-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
10 %D2O-21
90 %H2O-31
150 mMsodium chloride-41
20 mMsodium phosphate-51
0.05 %sodium azide-61
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 7.8 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian NMRS / 製造業者: Varian / モデル: NMRS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.21Schwieters, C.D. et al.精密化
NMRView5Johnson, B. et al.peak picking
CYANA2.1Guntert, P. et al.構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 5000 steps using CYANA standard torsion angle dynamics, water-refinement using XPLOR-NIH and cartesian dynamics. Specifics: 2000 hot steps at 500 K, 500 cool steps to 100 K final in 100 K increments
NMR constraintsNOE constraints total: 661 / NOE intraresidue total count: 351 / NOE long range total count: 86 / NOE medium range total count: 66 / NOE sequential total count: 158
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 0.5 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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