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- PDB-3hil: SAM Domain of Human Ephrin Type-A Receptor 1 (EphA1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hil
タイトルSAM Domain of Human Ephrin Type-A Receptor 1 (EphA1)
要素Ephrin type-A receptor 1
キーワードTRANSFERASE / ATP-BINDING / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / RECEPTOR / TYROSINE-PROTEIN KINASE / STERILE ALPHA MOTIF / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / transmembrane-ephrin receptor activity / EPH-Ephrin signaling / positive regulation of cell-matrix adhesion / EPHA-mediated growth cone collapse / fibronectin binding / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / positive regulation of stress fiber assembly / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading ...POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / transmembrane-ephrin receptor activity / EPH-Ephrin signaling / positive regulation of cell-matrix adhesion / EPHA-mediated growth cone collapse / fibronectin binding / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / positive regulation of stress fiber assembly / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / negative regulation of cell migration / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of angiogenesis / angiogenesis / receptor complex / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / protein kinase binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ephrin type-A receptor 1, ligand binding domain / Transcription Factor, Ets-1 / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain ...Ephrin type-A receptor 1, ligand binding domain / Transcription Factor, Ets-1 / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 2. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Ephrin type-A receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Walker, J.R. / Yermekbayeva, L. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: SAM Domain of Human Ephrin Type-A Receptor 1 (EphA1).
著者: Walker, J.R. / Yermekbayeva, L. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2009年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ephrin type-A receptor 1
B: Ephrin type-A receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2174
ポリマ－19,1202
非ポリマー972
水64936
1
A: Ephrin type-A receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6573
ポリマ－9,5601
非ポリマー972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ephrin type-A receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5601
ポリマ－9,5601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.286, 52.286, 81.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Ephrin type-A receptor 1 / Tyrosine-protein kinase receptor EPH


分子量: 9559.910 Da / 分子数: 2 / 断片: SAM domain, UNP residues 911-974 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPH, EPHA1, EPHT, EPHT1, MGC163163 / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21709, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293.1 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 22% PEG 3350, 0.3 M MG(NO4)2. PRIOR TO SETTING UP CRYSTALLIZATION PLATES, CHYMOTRYPSIN WAS ADDED TO THE PROTEIN SAMPLE AT A FINAL CONCENTRATION OF 0.57 MICROMOLAR., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 22% PEG 3350, 0.3 M MG(NO4)2. PRIOR TO SETTING UP CRYSTALLIZATION PLATES, CHYMOTRYPSIN WAS ADDED TO THE PROTEIN SAMPLE AT A FINAL CONCENTRATION OF 0.57 MICROMOLAR., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.1K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.917 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月3日
放射モノクロメーター: Horizontal bent Si(111), asymmetrically cut with water cooled Cu Block
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 9138 / Num. obs: 9138 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 43
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.64 / Num. unique all: 447 / Rsym value: 0.84 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QKQ

2qkq


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 10.648 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27942 437 4.8 %RANDOM
Rwork0.20829 ---
all0.21163 ---
obs0.21163 8696 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.149 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20.09 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1026 0 5 38 1069
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.9651429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2815131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98822.79143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.21515191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.019157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021785
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6941.5647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26421047
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2713407
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4774.5382
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 37 -
Rwork0.271 620 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0242-1.3026-0.061910.04433.0719.2382-0.09640.22960.3417-0.67760.3496-0.1936-0.65290.4857-0.25320.2304-0.03880.01230.1450.09250.1765-12.95444.9099-1.9297
26.50383.75230.88139.57911.56419.0960.08260.4150.4863-0.43710.01950.1116-0.3108-0.0661-0.10210.18440.03630.00690.11760.01360.1599-18.10483.2680.5654
35.46880.0809-0.73716.17046.74029.61530.13750.05240.3277-0.2099-0.18710.3029-0.2558-0.60340.04960.16930.05770.0230.11610.03710.1366-22.67691.064.6947
47.10991.30842.45681.39961.77322.36240.3303-0.25060.5558-0.3201-0.2354-0.1039-0.3473-0.2689-0.0950.33230.05120.12470.1024-0.05830.3259-18.74976.623110.9442
59.9491.8558-4.20829.1692-3.03752.3580.4894-0.34731.6124-0.03670.10760.0529-0.19870.0939-0.5970.4573-0.00430.03690.1568-0.11470.4123-12.584811.229710.0817
69.128-1.86662.19789.106-0.21676.1530.18880.28110.7043-0.18560.0142-0.3637-0.75310.7717-0.2030.1807-0.09230.03510.1435-0.00470.2727-6.54065.18344.494
73.7882-1.5109-4.66114.12251.25829.79650.4608-0.73050.30560.4125-0.1673-0.2197-0.73850.8123-0.29340.2754-0.1059-0.04940.3062-0.11880.1994-11.28220.447115.7318
87.0454.3809-1.81467.7715-2.25745.27010.0402-0.45860.11430.1471-0.2148-0.03040.122-0.11530.17460.1210.0480.05510.1511-0.02910.1206-19.5815-4.050114.5827
91.5225-1.43981.04531.50950.14069.4188-0.0241-0.1441-0.09330.05390.12120.09390.1664-0.1598-0.0970.15270.01140.01840.1291-0.00850.1327-15.661-5.57948.8
103.4418-3.4266-2.21544.9268-0.41066.1620.1771-0.10030.3363-0.06840.0767-0.3023-0.31480.3168-0.25380.1667-0.02120.01190.1935-0.00620.1326-9.6427-3.98121.5876
117.31291.2185-3.8445.93653.92278.635-0.02890.7640.6585-0.4275-0.78771.4007-0.1949-0.81470.81650.06880.0769-0.11120.2602-0.11440.3865-26.4161-6.9659-4.8031
129.5268-0.92021.38298.91882.56054.5952-0.23780.32860.6272-0.35490.2370.3688-0.3906-0.61580.00080.16710.0507-0.0570.2010.02860.1813-21.5421-5.9205-7.4634
130.97930.5493-2.42165.13752.92659.79350.05870.05730.1438-0.3858-0.0320.4392-0.4844-0.2109-0.02670.20870.0299-0.03180.17150.02210.1768-17.1846-3.9584-8.7948
141.62280.84533.87636.07833.03569.8093-0.39140.27540.2186-0.7246-0.13430.1992-0.98420.21480.52580.3071-0.0507-0.1250.49560.05830.1598-16.8978-10.7287-15.5239
157.79414.11052.24327.65651.10447.0129-0.05690.45190.3076-0.13990.04180.5133-0.1421-0.41050.0150.13690.0038-0.05180.1774-0.00340.164-23.1721-17.3572-13.2058
1610.127-2.70861.61296.3650.88697.3647-0.0059-0.18420.04550.2221-0.07350.535-0.0641-0.4990.07940.1345-0.02440.00920.1963-0.03360.2212-25.2796-16.4415-3.6606
178.8705-2.1807-3.85448.37894.843110.1888-0.22530.0127-0.30750.18480.040.12020.2079-0.12930.18530.1428-0.0152-0.03610.13030.02020.137-13.6677-21.74-4.7721
189.59546.86627.42386.69187.33518.045-0.07720.0872-0.70290.07340.3565-0.2770.08090.3919-0.27930.1590.0079-0.00030.1815-0.02030.1662-12.3397-21.6177-10.9445
199.00725.64563.26736.55593.32943.9882-0.40060.3821-0.1322-0.55010.4731-0.1615-0.36690.3015-0.07250.1565-0.01130.00970.1448-0.01040.0686-8.9988-14.6118-11.6833
207.45970.8606-2.64322.06872.07788.4969-0.10620.31610.1503-0.27220.21770.0311-0.13530.0693-0.11150.12680.0021-0.01920.11550.00340.0805-10.8131-10.7241-4.8353
217.93912.1156-2.18974.85120.239310.59940.062-0.1642-0.080.2195-0.05240.12580.284-0.0495-0.00960.08150.0189-0.0050.09220.01180.1133-17.8724-11.43171.7002
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A902 - 909
2X-RAY DIFFRACTION2A910 - 914
3X-RAY DIFFRACTION3A915 - 919
4X-RAY DIFFRACTION4A920 - 924
5X-RAY DIFFRACTION5A925 - 930
6X-RAY DIFFRACTION6A931 - 937
7X-RAY DIFFRACTION7A938 - 947
8X-RAY DIFFRACTION8A948 - 953
9X-RAY DIFFRACTION9A954 - 958
10X-RAY DIFFRACTION10A959 - 964
11X-RAY DIFFRACTION11B903 - 909
12X-RAY DIFFRACTION12B910 - 913
13X-RAY DIFFRACTION13B914 - 918
14X-RAY DIFFRACTION14B919 - 923
15X-RAY DIFFRACTION15B924 - 930
16X-RAY DIFFRACTION16B931 - 936
17X-RAY DIFFRACTION17B937 - 941
18X-RAY DIFFRACTION18B942 - 945
19X-RAY DIFFRACTION19B946 - 952
20X-RAY DIFFRACTION20B953 - 959
21X-RAY DIFFRACTION21B960 - 964

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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