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万見
- PDB-5b6q: Crystal structure of monomeric cytochrome c5 from Shewanella violacea -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b6q
タイトルCrystal structure of monomeric cytochrome c5 from Shewanella violacea
要素Soluble cytochrome cA
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cytochrome c5 / Protein stability / Shewanella
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IE / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / IMIDAZOLE / Soluble cytochrome cA / Soluble cytochrome cA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella violacea (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Masanari, M. / Fujii, S. / Kawahara, K. / Oki, H. / Tsujino, H. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Ohkubo, T. / Nishiyama, M. / Harada, Y. ...Masanari, M. / Fujii, S. / Kawahara, K. / Oki, H. / Tsujino, H. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Ohkubo, T. / Nishiyama, M. / Harada, Y. / Wakai, S. / Sambongi, Y.
引用ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2016
タイトル: Comparative study on stabilization mechanism of monomeric cytochrome c5 from deep-sea piezophilic Shewanella violacea
著者: Masanari, M. / Fujii, S. / Kawahara, K. / Oki, H. / Tsujino, H. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Ohkubo, T. / Wakai, S. / Sambongi, Y.
履歴
登録2016年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年10月2日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome cA
B: Soluble cytochrome cA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3325
ポリマ－16,0262
非ポリマー1,3063
水2,918162
1
A: Soluble cytochrome cA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6322
ポリマ－8,0131
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area4170 Å2
手法PISA
2
B: Soluble cytochrome cA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7013
ポリマ－8,0131
非ポリマー6882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area4310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.588, 50.075, 97.609
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome cA / cytochrome c5


分子量: 8013.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella violacea (バクテリア)
遺伝子: cytcA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Jcb387 / 参照: UniProt: Q9RHJ6, UniProt: D4ZE39*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.4 M NaH2PO4, 1.8 M K2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→34.951 Å / Num. obs: 12711 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.12 % / Net I/σ(I): 16.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
CrystalClearデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→34.951 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 1268 10.01 %
Rwork0.214 --
obs0.2164 12662 96.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 47.17 Å2 / Biso mean: 26.7906 Å2 / Biso min: 15.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→34.951 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1108 0 91 162 1361
Biso mean--23.72 31.15 -
残基数----152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6931693
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.338456
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7801-1.85140.30151270.31021149127691
1.8514-1.93560.37091380.32531226136496
1.9356-2.03770.23761400.22261262140297
2.0377-2.16530.26681360.21891242137897
2.1653-2.33250.31781400.27241241138196
2.3325-2.56710.25651390.22571254139396
2.5671-2.93840.24361450.21631301144698
2.9384-3.70150.20131470.19811317146499
3.7015-34.95720.19761560.1721402155899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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