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- PDB-1gks: ECTOTHIORHODOSPIRA HALOPHILA CYTOCHROME C551 (REDUCED), NMR, 37 S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gks
タイトルECTOTHIORHODOSPIRA HALOPHILA CYTOCHROME C551 (REDUCED), NMR, 37 STRUCTURES
要素CYTOCHROME C551
キーワードELECTRON TRANSPORT / BACTERIAL CYTOCHROME C / HALOPHILIC PURPLE PHOTOTROPHIC BACTERIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IE / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c-551
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法溶液NMR
データ登録者Bersch, B. / Blackledge, M.J. / Meyer, T.E. / Marion, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Ectothiorhodospira halophila ferrocytochrome c551: solution structure and comparison with bacterial cytochromes c.
著者: Bersch, B. / Blackledge, M.J. / Meyer, T.E. / Marion, D.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: 1H and 13C NMR Assignments and Structural Aspects of a Ferrocytochrome C-551 from the Purple Phototrophic Bacterium Ectothiorhodospira Halophila
著者: Bersch, B. / Brutscher, B. / Meyer, T.E. / Marion, D.
#2: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 1993
タイトル: Amino Acid Sequences of Cytochromes C-551 from the Halophilic Purple Phototrophic Bacteria, Ectothiorhodospira Halophila and E. Halochloris
著者: Ambler, R.P. / Meyer, T.E. / Kamen, M.D.
#3: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1985
タイトル: Isolation and Characterization of Soluble Cytochromes, Ferredoxins and Other Chromophoric Proteins from the Halophilic Phototrophic Bacterium Ectothiorhodospira Halophila
著者: Meyer, T.E.
履歴
登録1996年7月16日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C551
A: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8822
ポリマ－8,2651
非ポリマー6161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)37 / 40PHYSICAL AND EXPERIMENTAL ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C551


分子量: 8265.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
細胞内の位置: PERIPLASM / 株: BN9626 / 参照: UniProt: P00122
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 5.8 / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX 600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: Discover / 開発者: BIOSYM / 分類: 精密化
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: PHYSICAL AND EXPERIMENTAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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