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万見
- PDB-5ihk: Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain mutant N47A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ihk
タイトルCrystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain mutant N47A
要素Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SH3-like barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / cell junction / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain ...Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / SH3-like domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROLINE / Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Camara-Artigas, A.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain mutant N47A
著者: Camara-Artigas, A.
履歴
登録2016年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4564
ポリマ－7,1861
非ポリマー2703
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area3760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.550, 42.371, 49.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1 / Alpha-II spectrin / Fodrin alpha chain


分子量: 7186.218 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SH3 domain / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SPTAN1, SPTA2 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07751
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 % / Mosaicity: 0.12 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M Sodium Acetate, 1 M Ammonium sulphate, 1 M Proline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月24日
詳細: Pair of KB mirrors for adjustable focusing. Unfocused beam available tool
放射モノクロメーター: Channel-cut double crystal monochromator (CINEL), cryocooled, 6mm gap
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→19.93 Å / Num. obs: 15744 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 18.37 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.35-1.3710.60.827197.4
7.39-19.939.50.019195.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.1データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M0R

3m0r


解像度: 1.35→19.928 Å / SU ML: 0.09 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.57 / 位相誤差: 21.14
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1915 1477 5.04 %5
Rwork0.1589 ---
obs0.1604 15678 97.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 59.01 Å2 / Biso mean: 27.5182 Å2 / Biso min: 16.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→19.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数440 0 29 56 525
Biso mean--45.38 35.94 -
残基数----56
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.984631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08872
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.527163
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.35-1.39360.25841540.22822514266898
1.3936-1.44340.19671470.19312530267798
1.4434-1.50110.19791510.1542551270299
1.5011-1.56940.19841270.13972555268298
1.5694-1.65210.13391280.12132555268399
1.6521-1.75560.14491230.121426212744100
1.7556-1.8910.16241260.123525582684100
1.891-2.08120.18431080.13672306241488
2.0812-2.38190.15391430.14632484262797
2.3819-2.99930.18421430.183825802723100
2.9993-19.93050.22671270.16682562268999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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