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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kcp | ||||||
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タイトル | horse liver S48T alcohol dehydrogenase complexed with NAD and pentafluorobenzyl alcohol | ||||||
要素 | Alcohol dehydrogenase E chain | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Ser48 to Thr-48 substitution / Horse Liver Alcohol Dehydrogenase / NAD-pentafluorobenzyl alcohol | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å | ||||||
データ登録者 | Plapp, B.V. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chem. Biol. Interact. / 年: 2017 タイトル: Inversion of substrate stereoselectivity of horse liver alcohol dehydrogenase by substitutions of Ser-48 and Phe-93. 著者: Kim, K. / Plapp, B.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kcp.cif.gz | 347.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kcp.ent.gz | 281.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kcp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/5kcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/5kcp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5kczC 4dwvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/662 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39867.301 Da / 分子数: 2 / 変異: S48T / 由来タイプ: 組換発現 詳細: horse liver alcohol dehydrogenase E isoenzyme with S48T substitution 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 器官: Liver肝臓 / プラスミド: pBPP/EqADH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue 参照: UniProt: P00327, アルコールデヒドロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 1057分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PFB / #5: 化合物 | ChemComp-MRD / ( #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: block |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: microdialysis / pH: 7 詳細: 50 mM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYMETHYL) METHYL]-2-AMINOETHANE SULFONATE, PH 6.7 (AT 25 C), 0.25 mM EDTA, 10 mg/mL PROTEIN, 1 mM NAD+, 100 mM 2,3,4,5,6-PENTAFLUOROBENZYL ALCOHOL, 12 TO 25 % 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月16日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUS K-B PAIR SIPLUS PT, RH COATINGS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYOCOOLED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→19.4 Å / Num. obs: 270420 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 5.52 % / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 56.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4DWV 解像度: 1.1→19.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.701 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.86 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→19.4 Å
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拘束条件 |
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