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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hle
タイトルStructural basis of backwards motion in kinesin-14: minus-end directed nKn664 in the ADP state
要素Protein claret segregational,Minus-end kinesin-1/kinesin-14,Protein claret segregational
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / kinesin (キネシン) / kinesin-14 (キネシン) / microtubule (微小管) / ATPase (ATPアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


minus-end directed microtubule sliding / distributive segregation / regulation of mitotic spindle elongation / meiotic spindle assembly / mitotic spindle elongation / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / spindle assembly involved in female meiosis / minus-end-directed microtubule motor activity / regulation of mitotic spindle assembly ...minus-end directed microtubule sliding / distributive segregation / regulation of mitotic spindle elongation / meiotic spindle assembly / mitotic spindle elongation / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / spindle assembly involved in female meiosis / minus-end-directed microtubule motor activity / regulation of mitotic spindle assembly / microtubule bundle formation / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / spindle organization / mitotic spindle assembly / mRNA transport / mitotic spindle organization / chromosome segregation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / spindle / microtubule binding / hydrolase activity / 細胞分裂 / 中心体 / protein homodimerization activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Kinesin motor domain / キネシン / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily ...Kinesin motor domain / キネシン / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein claret segregational
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Nitta, R.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Backwards motion in kinesin-14 requires neck-mimic to control a neck-helix swing.
著者: Yamagishi, M. / Shigematsu, H. / Yokoyama, T. / Kikkawa, M. / Sugawa, M. / Aoki, M. / Shirouzu, M. / Yajima, J. / Nitta, R.
履歴
登録2016年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein claret segregational,Minus-end kinesin-1/kinesin-14,Protein claret segregational
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0723
ポリマ－41,6201
非ポリマー4522
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.858, 112.858, 72.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Protein claret segregational,Minus-end kinesin-1/kinesin-14,Protein claret segregational


分子量: 41620.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20480
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, Ammonium sulfate, HEPES Benzamidine-HCl, ADP

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 12353 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 18.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BG2

1bg2


解像度: 2.9→19.548 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2872 1171 10.04 %
Rwork0.2109 --
obs0.2185 11668 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.548 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 28 3 2400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5733293
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.766914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9004-3.0320.36621440.28451282X-RAY DIFFRACTION100
3.032-3.19120.36451440.26761320X-RAY DIFFRACTION100
3.1912-3.39010.32311440.2431302X-RAY DIFFRACTION100
3.3901-3.65030.30381510.21381313X-RAY DIFFRACTION100
3.6503-4.01480.2751430.20041307X-RAY DIFFRACTION100
4.0148-4.58920.27851440.17781309X-RAY DIFFRACTION100
4.5892-5.75730.25131480.20091323X-RAY DIFFRACTION100
5.7573-19.5480.26221530.20051341X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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