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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gm6 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the activated spliceosome (Bact complex) at 3.5 angstrom resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / spliceosome (スプライセオソーム) / RNA splicing / Bact / Catalytically activated / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of RNA location / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / RES complex / mRNA branch site recognition / snoRNA splicing / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) ...maintenance of RNA location / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / RES complex / mRNA branch site recognition / snoRNA splicing / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pICln-Sm protein complex / Prp19 complex / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / SMN-Sm protein complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / poly(U) RNA binding / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / Dual incision in TC-NER / DNA replication origin binding / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / protein K63-linked ubiquitination / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA 5'-splice site recognition / DNA replication initiation / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U6 snRNA binding / mRNA export from nucleus / protein peptidyl-prolyl isomerization / pre-mRNA intronic binding / positive regulation of cell cycle / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / nuclear periphery / positive regulation of RNA splicing / RNA splicing / プロリルイソメラーゼ / helicase activity / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / 転写後修飾 / ubiquitin-protein transferase activity / metallopeptidase activity / ubiquitin protein ligase activity / RNA helicase activity / nucleic acid binding / ヘリカーゼ / response to xenobiotic stimulus / 細胞周期 / DNA修復 / mRNA binding / GTPase activity / chromatin binding / クロマチン / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Yan, C. / Wan, R. / Bai, R. / Huang, G. / Shi, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2016 タイトル: Structure of a yeast activated spliceosome at 3.5 Å resolution. 著者: Chuangye Yan / Ruixue Wan / Rui Bai / Gaoxingyu Huang / Yigong Shi / 要旨: Pre-messenger RNA (pre-mRNA) splicing is carried out by the spliceosome, which undergoes an intricate assembly and activation process. Here, we report an atomic structure of an activated spliceosome ...Pre-messenger RNA (pre-mRNA) splicing is carried out by the spliceosome, which undergoes an intricate assembly and activation process. Here, we report an atomic structure of an activated spliceosome (known as the B(act) complex) from Saccharomyces cerevisiae, determined by cryo-electron microscopy at an average resolution of 3.52 angstroms. The final refined model contains U2 and U5 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs), U6 small nuclear RNA (snRNA), nineteen complex (NTC), NTC-related (NTR) protein, and a 71-nucleotide pre-mRNA molecule, which amount to 13,505 amino acids from 38 proteins and a combined molecular mass of about 1.6 megadaltons. The 5' exon is anchored by loop I of U5 snRNA, whereas the 5' splice site (5'SS) and the branch-point sequence (BPS) of the intron are specifically recognized by U6 and U2 snRNA, respectively. Except for coordination of the catalytic metal ions, the RNA elements at the catalytic cavity of Prp8 are mostly primed for catalysis. The catalytic latency is maintained by the SF3b complex, which encircles the BPS, and the splicing factors Cwc24 and Prp11, which shield the 5' exon-5'SS junction. This structure, together with those determined earlier, outlines a molecular framework for the pre-mRNA splicing reaction. | ||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 5gm6.cif.gz | 2.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gm6.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5gm6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/5gm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/5gm6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Pre-mRNA-splicing factor ... , 20種, 20分子 ACFIJOQRSTWYZacdXvft
#1: タンパク質 | 分子量: 265949.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33334 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36048 |
#6: タンパク質 | 分子量: 153956.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04693 |
#8: タンパク質 | 分子量: 29962.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07350 |
#9: タンパク質 | 分子量: 12283.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06835 |
#14: タンパク質 | 分子量: 50771.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12417 |
#16: タンパク質 | 分子量: 40988.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38241 |
#17: タンパク質 | 分子量: 38486.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12046 |
#18: タンパク質 | 分子量: 19975.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03772 |
#19: タンパク質 | 分子量: 18484.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25337 |
#22: タンパク質 | 分子量: 30529.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P46947 |
#23: タンパク質 | 分子量: 99947.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20095, ヘリカーゼ |
#24: タンパク質 | 分子量: 67386.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53333 |
#25: タンパク質 | 分子量: 29797.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53769 |
#27: タンパク質 | 分子量: 61057.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03654 |
#29: タンパク質 | 分子量: 68044.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12309 |
#30: タンパク質 | 分子量: 15793.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03375 |
#31: タンパク質 | 分子量: 78125.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04048 |
#33: タンパク質 | 分子量: 24850.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53277 |
#35: タンパク質 | 分子量: 20741.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06091 |
-タンパク質 , 8種, 8分子 BHKPUbek
#2: タンパク質 | 分子量: 246470.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32639, ヘリカーゼ |
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#7: タンパク質 | 分子量: 50339.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02554 |
#10: タンパク質 | 分子量: 10045.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C074 |
#15: タンパク質 | 分子量: 42548.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28004 |
#20: タンパク質 | 分子量: 24100.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07930 |
#26: タンパク質 | 分子量: 35080.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02770, プロリルイソメラーゼ |
#32: タンパク質 | 分子量: 24534.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99181 |
#37: タンパク質 | 分子量: 22426.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40018 |
-Saccharomyces cerevisiae strain ... , 2種, 2分子 DE
#4: RNA鎖 | 分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039023403 |
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#5: RNA鎖 | 分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039022925 |
-RNA鎖 , 3種, 3分子 LNM
#11: RNA鎖 | 分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
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#12: RNA鎖 | 分子量: 7864.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
#13: RNA鎖 | 分子量: 18915.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
-U2 snRNP component ... , 2種, 2分子 VG
#21: タンパク質 | 分子量: 17121.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40565 |
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#28: タンパク質 | 分子量: 110166.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49955 |
-Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 opqrn
#34: タンパク質 | 分子量: 56629.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P32523, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) #36: タンパク質 | | 分子量: 52128.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40968 |
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-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 ihjlmg
#38: タンパク質 | 分子量: 10385.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12330 |
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#39: タンパク質 | 分子量: 9669.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P54999 |
#40: タンパク質 | 分子量: 8490.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40204 |
#41: タンパク質 | 分子量: 11240.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43321 |
#42: タンパク質 | 分子量: 16296.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02260 |
#43: タンパク質 | 分子量: 11021.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06217 |
-非ポリマー , 4種, 20分子
#44: 化合物 | ChemComp-GTP / | ||||
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#45: 化合物 | ChemComp-MG / #46: 化合物 | ChemComp-ZN / #47: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
-詳細
配列の詳細 | EACH SEQUENCE OF THE c(LOWER-CASE)/d(LOWER-CASE)/v(LOWER-CASE) CHAINS CORRESPONDS TO EACH UNP ...EACH SEQUENCE OF THE c(LOWER-CASE)/d(LOWER-CASE)/v(LOWER-CASE) CHAINS CORRESPOND |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bact spliceosomal complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#43 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 2.0 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 8 詳細: CEB buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 1 mM Mg(OAc)2, 1 mM imidazole, 0.01% NP40, 1 mM TCEP, 0.5 mM EGTA) |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 4.7 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | Scanner model: OTHER |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77312 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
精密化 | 最高解像度: 3.5 Å |