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- PDB-5g6v: Crystal structure of the PCTAIRE1 kinase in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g6v
タイトルCrystal structure of the PCTAIRE1 kinase in complex with inhibitor
要素CYCLIN-DEPENDENT KINASE 16
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


growth hormone secretion / regulation of cell cycle phase transition / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / exocytosis / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / positive regulation of autophagy / cytoplasmic side of plasma membrane / neuron projection development ...growth hormone secretion / regulation of cell cycle phase transition / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / exocytosis / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / positive regulation of autophagy / cytoplasmic side of plasma membrane / neuron projection development / synaptic vesicle / microtubule cytoskeleton / spermatogenesis / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-919 / Cyclin-dependent kinase 16
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dixon-Clarke, S.E. / Galan Bartual, S. / Elkins, J. / Savitsky, P. / Kopec, J. / Mackenzie, A. / Tallant, C. / Heroven, C. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. ...Dixon-Clarke, S.E. / Galan Bartual, S. / Elkins, J. / Savitsky, P. / Kopec, J. / Mackenzie, A. / Tallant, C. / Heroven, C. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2017
タイトル: Structure and inhibitor specificity of the PCTAIRE-family kinase CDK16.
著者: Dixon-Clarke, S.E. / Shehata, S.N. / Krojer, T. / Sharpe, T.D. / von Delft, F. / Sakamoto, K. / Bullock, A.N.
履歴
登録2016年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 16
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9738
ポリマ－74,6182
非ポリマー1,3556
水4,720262
1
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9874
ポリマ－37,3091
非ポリマー6783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9874
ポリマ－37,3091
非ポリマー6783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.190, 86.940, 146.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETAA162 - 3031 - 142
21METMETBB162 - 3031 - 142
12VALVALAA323 - 474162 - 313
22VALVALBB323 - 474162 - 313

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.748912, -0.61252, 0.252883), (-0.615601, 0.501814, -0.607633), (0.245287, -0.610739, -0.752883)127.13885, 76.45946, 60.71938

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 16 / CDK16 / CELL DIVISION PROTEIN KINASE 16 / PCTAIRE-MOTIF PROTEIN KINASE 1 / SERINE/THREONINE-PROTEIN ...CDK16 / CELL DIVISION PROTEIN KINASE 16 / PCTAIRE-MOTIF PROTEIN KINASE 1 / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PCTAIRE-1


分子量: 37308.789 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 163-478 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00536, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-919 / 4-[4-({[3-tert-butyl-1-(quinolin-6-yl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-3-fluorophenoxy]-N-methylpyridine-2-carboxamide / DCC-2036 / レバスチニブ


分子量: 553.587 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H28FN7O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ENGINEERED S319D PHOSPHO-MIMETIC MUTATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 25% PEG MEDIUM SMEAR (PEG 2000, PEG 3350, PEG 4000, PEG 5000MME) AND 0.1 M CITRATE PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.91742
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91742 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→28.98 Å / Num. obs: 37175 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.4

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0155 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→86.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 7.587 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2711 1816 4.9 %RANDOM
Rwork0.20785 ---
obs0.21098 35328 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.421 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.27 Å20 Å20 Å2
2--0.69 Å2-0 Å2
3----2.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→86.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4812 0 98 262 5172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195017
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3491.9666808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9222.98710915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4425606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.82924.099222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95615841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4641525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1934.0832436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1924.0812435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5726.1113038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1454.1962581
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4495 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.630.5
2Bmedium thermal5.822
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 117 -
Rwork0.276 2570 -
obs--97.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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