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Yorodumi- PDB-3mtl: Crystal structure of the PCTAIRE1 kinase in complex with Indirubi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mtl | ||||||
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Title | Crystal structure of the PCTAIRE1 kinase in complex with Indirubin E804 | ||||||
Components | Cell division protein kinase 16 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / PCTAIRE1 / kinase / Indirubin / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information growth hormone secretion / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / exocytosis / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of autophagy / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cytoplasmic side of plasma membrane / microtubule cytoskeleton / neuron projection development ...growth hormone secretion / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / exocytosis / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of autophagy / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cytoplasmic side of plasma membrane / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / synaptic vesicle / spermatogenesis / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Krojer, T. / Sharpe, T.D. / Roos, A. / Savitsky, P. / Amos, A. / Ayinampudi, V. / Berridge, G. / Fedorov, O. / Keates, T. / Phillips, C. ...Krojer, T. / Sharpe, T.D. / Roos, A. / Savitsky, P. / Amos, A. / Ayinampudi, V. / Berridge, G. / Fedorov, O. / Keates, T. / Phillips, C. / Burgess-Brown, N. / Zhang, Y. / Pike, A.C.W. / Muniz, J. / Vollmar, M. / Thangaratnarajah, C. / Rellos, P. / Ugochukwu, E. / Filippakopoulos, P. / Yue, W. / Das, S. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Bullock, A. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2017 Title: Structure and inhibitor specificity of the PCTAIRE-family kinase CDK16. Authors: Dixon-Clarke, S.E. / Shehata, S.N. / Krojer, T. / Sharpe, T.D. / von Delft, F. / Sakamoto, K. / Bullock, A.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mtl.cif.gz | 136.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3mtl.ent.gz | 106 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mtl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3mtl_validation.pdf.gz | 738.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3mtl_full_validation.pdf.gz | 741.1 KB | Display | |
Data in XML | 3mtl_validation.xml.gz | 13.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3mtl_validation.cif.gz | 19.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mtl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5g6vC 1unlS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37308.789 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues in UNP 163-478 / Mutation: S319D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pNIC-CH / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q00536, cyclin-dependent kinase |
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#2: Chemical | ChemComp-FEF / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 Details: 2.1M Na-formate, 0.1M Bis-Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 17, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→20.09 Å / Num. all: 16459 / Num. obs: 16459 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 51.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 9.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.53 Å / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2304 / Rsym value: 0.684 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1UNL Resolution: 2.4→20.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9433 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9214 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso max: 180.09 Å2 / Biso mean: 72.49 Å2 / Biso min: 27.76 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.415 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→20.09 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.57 Å / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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