PDB-3mtl: Crystal structure of the PCTAIRE1 kinase in complex with Indirubi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mtl

タイトル

Crystal structure of the PCTAIRE1 kinase in complex with Indirubin E804

要素

Cell division protein kinase 16

キーワード

TRANSFERASE / PCTAIRE1 / kinase / Indirubin / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

growth hormone secretion / regulation of cell cycle phase transition / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / exocytosis / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / positive regulation of autophagy / cytoplasmic side of plasma membrane / neuron projection development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Krojer, T. / Sharpe, T.D. / Roos, A. / Savitsky, P. / Amos, A. / Ayinampudi, V. / Berridge, G. / Fedorov, O. / Keates, T. / Phillips, C. ...

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2017
タイトル: Structure and inhibitor specificity of the PCTAIRE-family kinase CDK16.
著者: Dixon-Clarke, S.E. / Shehata, S.N. / Krojer, T. / Sharpe, T.D. / von Delft, F. / Sakamoto, K. / Bullock, A.N.

履歴

登録	2010年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年8月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mtl.cif.gz	136.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mtl.ent.gz	106 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mtl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mtl_validation.pdf.gz	738.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mtl_full_validation.pdf.gz	741.1 KB	表示
XML形式データ	3mtl_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	3mtl_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mtl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5g6vC 1unlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qje-3 6zgy-2 5g6v-2 6q91-2 5ddy-4 6h46-d 6zgw-2 6zgx-2 6q90-1 6q91-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cell division protein kinase 16

ヘテロ分子

37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Cell division protein kinase 16

ヘテロ分子

A: Cell division protein kinase 16

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
75.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.390, 47.390, 341.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Cell division protein kinase 16 / Serine/threonine-protein kinase PCTAIRE-1 / PCTAIRE-motif protein kinase 1 分子量: 37308.789 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 163-478 / 変異: S319D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00536, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物	ChemComp-FEF / (2Z,3E)-2,3'-BIINDOLE-2',3(1H,1'H)-DIONE 3-{O-[(3R)-3,4-DIHYDROXYBUTYL]OXIME} 分子量: 365.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉N₃O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 2.1M Na-formate, 0.1M Bis-Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.4→20.09 Å / Num. all: 16459 / Num. obs: 16459 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 51.99 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / R_sym value: 0.102 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2304 / R_sym value: 0.684 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHASER		位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UNL

1unl

解像度: 2.4→20.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9433 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9214 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2633	1020	6.24 %	RANDOM
R_work	0.1938	-	-	-
all	0.1979	16358	-	-
obs	0.1979	16358	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 180.09 Å² / B_iso mean: 72.49 Å² / B_iso min: 27.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.7231 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.7231 Å²	0 Å²
3-	-	-	15.4463 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.415 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2277	0	27	101	2405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	783	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	55	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	341	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2337	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	317	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	2582	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2367	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3222	2	1.21
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion			2.64
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion			22.38

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.57 Å / Total num. of bins used: 8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2796	186	6.52 %
R_work	0.2147	2668	-
all	0.2187	2854	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6566	2.9104	0.245	3.5671	-1.7372	6.9017	0.0219	0.2134	-0.3763	-0.0388	0.2336	0.1498	0.4771	-0.1096	-0.2555	0.304	-0.152	-0.0273	0.0513	-0.152	-0.304	-12.0931	-32.0158	8.2038
2	2.9095	-2.9015	2.8726	3.9921	-1.5473	8.1358	-0.0555	0.0583	-0.0148	0.3347	-0.0747	0.2109	0.0342	0.0798	0.1301	0.0109	-0.152	0.0873	0.304	0.0048	-0.304	-21.2214	-17.7255	5.6834
3	3.7586	1.0601	2.3196	1.6525	0.6712	6.4171	-0.0678	0.4088	-0.2375	-0.0355	0.2599	-0.1724	0.5196	0.5442	-0.1921	0.1204	-0.087	0.0879	0.2634	-0.1343	-0.2893	-4.0764	-21.1537	15.1762
4	6.9444	-0.1399	0.465	1.1425	-1.0729	8.3155	-0.119	0.466	0.1301	0.0488	0.3211	-0.025	0.0212	-0.0816	-0.2021	0.2072	-0.152	0.0288	0.2427	-0.084	-0.304	-7.9367	-14.0486	15.246
5	1.4464	1.0356	-2.0787	1.6569	0.2729	7.6942	-0.0197	-0.1952	0.3366	0.0277	0.3202	0.2146	-0.5432	-0.2268	-0.3006	0.0388	-0.0693	0.0648	0.1337	-0.0207	-0.304	-12.256	-8.873	31.9515
6	0.2054	-0.4386	-0.2371	0	0.2532	1.2381	-0.0028	-0.021	0.0265	-0.0189	-0.0192	0.0036	-0.0896	0.0821	0.022	0.2023	0.0014	0.152	-0.136	-0.1505	-0.0834	-12.182	3.6438	40.0803
7	2.4082	-2.404	-2.7802	4.4037	1.8389	5.4666	-0.0117	-0.0414	0.3261	0.0457	0.0341	0.0267	-0.2026	-0.0288	-0.0224	0.2981	0.0099	0.1247	0.0727	-0.0759	-0.304	-17.8655	2.2243	40.7454
8	0.3777	0.0465	2.7983	3.8689	-0.4203	2.7222	-0.0075	0.0213	0.0822	0.0306	0.0792	0.0658	-0.0661	0.0143	-0.0717	0.1405	-0.152	-0.018	0.293	-0.1148	-0.304	4.0582	-8.3381	37.2782
9	0	2.6696	0.2791	2.7022	-1.6968	4.1436	-0.0707	0.1239	0.4509	0.1899	0.2524	0.0602	-0.5102	0.5434	-0.1817	0.2098	-0.152	0.0441	0.1618	-0.0676	-0.304	0.2489	-1.5207	25.0601
10	4.3784	-0.0785	-2.9104	1.6203	-2.5981	8.1972	-0.0933	0.2444	0.2126	-0.0113	0.0179	-0.2879	-0.0808	0.2106	0.0754	-0.1313	-0.152	0.061	0.304	-0.0975	-0.304	9.8598	-12.6298	12.3446

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A 162 A 194
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A 195 A 218
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A 219 A 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A 272 A 324
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A 325 A 377
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A 378 A 383
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A 384 A 405
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A 406 A 417
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A 418 A 450
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A 451 A 473

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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