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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fu4 | |||||||||
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タイトル | The complexity of the Ruminococcus flavefaciens cellulosome reflects an expansion in glycan recognition | |||||||||
要素 | CBM74-RFGH5 | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / CELLULOSOME / CARBOHYDRATE BINDING MODULE / RUMINOCCOCUS FLAVEFACIENS / ENDOGLUCANASE CEL5A | |||||||||
機能・相同性 | Cbm74-rfgh5 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | RUMINOCOCCUS FLAVEFACIENS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Basle, A. / Luis, A.S. / Venditto, I. / Gilbert, H.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016 タイトル: Complexity of the Ruminococcus flavefaciens cellulosome reflects an expansion in glycan recognition. 著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M. / Coutinho, P.M. / Henrissat, ...著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M. / Coutinho, P.M. / Henrissat, B. / Knox, J.P. / Basle, A. / Najmudin, S. / Gilbert, H.J. / Willats, W.G. / Fontes, C.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fu4.cif.gz | 85.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fu4.ent.gz | 64.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fu4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/5fu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/5fu4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4d3lC 4v17C 4v18C 4v1bC 4v1iC 4v1kC 4v1lC 5aosC 5aotSC 5fu2C 5fu3C 5fu5C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11719.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RUMINOCOCCUS FLAVEFACIENS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1A9TA80*PLUS #2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose | #3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | W490A MUTANT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 25% W/V PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97959 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97959 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40.32 Å / Num. obs: 13038 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5AOT 解像度: 2→40.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 11.802 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. W490A MUTANT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.427 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40.32 Å
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拘束条件 |
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