[日本語] English
万見
- PDB-5fq9: Crystal structure of the OXA10 with 1C -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fq9
タイトルCrystal structure of the OXA10 with 1C
要素BETA-LACTAMASE OXA-10
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性)
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Chem-C6S / Beta-lactamase OXA-10
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Brem, J. / McDonough, M.A. / Cain, R. / Clifton, I. / Fishwick, C.W.G. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis of metallo-beta-lactamase, serine-beta-lactamase and penicillin-binding protein inhibition by cyclic boronates.
著者: Brem, J. / Cain, R. / Cahill, S. / McDonough, M.A. / Clifton, I.J. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Avison, M.B. / Spencer, J. / Fishwick, C.W. / Schofield, C.J.
履歴
登録2015年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE OXA-10
B: BETA-LACTAMASE OXA-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,63111
ポリマ－55,5112
非ポリマー1,1209
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-37.4 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.898, 103.109, 125.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8054, 0.591, 0.0452), (0.5907, -0.8066, 0.0216), (0.0492, 0.0093, -0.9987)
ベクター: -2.545, 6.5599, 15.9364)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE OXA-10


分子量: 27755.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1C BOUND TO THE ACTIVE SITE / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14489, Β-ラクタマーゼ

-
非ポリマー , 6種, 500分子

#2: 化合物 ChemComp-C6S / (3R)-3-(cyclohexylcarbonylamino)-2-oxidanyl-3,4-dihydro-1,2-benzoxaborinine-8-carboxylic acid


分子量: 317.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20BNO5
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.15 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 0.2M NACL, 0.1M NA ACETATE PH 5.0, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→15.44 Å / Num. obs: 253261 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K6R

1k6r


解像度: 1.5→15.424 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1806 5021 4.9 %
Rwork0.1569 --
obs0.158 102233 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.325 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→15.424 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3824 0 76 491 4391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3445579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3751527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094611
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01715
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5170.3481580.31063226X-RAY DIFFRACTION100
1.517-1.53480.29921610.30343197X-RAY DIFFRACTION100
1.5348-1.55350.29811690.28273177X-RAY DIFFRACTION100
1.5535-1.57320.25671620.27533224X-RAY DIFFRACTION100
1.5732-1.59390.26311580.25333185X-RAY DIFFRACTION100
1.5939-1.61570.24831450.25033236X-RAY DIFFRACTION100
1.6157-1.63870.2411890.23483203X-RAY DIFFRACTION100
1.6387-1.66320.24351720.21833197X-RAY DIFFRACTION100
1.6632-1.68910.20491740.20833201X-RAY DIFFRACTION100
1.6891-1.71680.22771630.19523179X-RAY DIFFRACTION100
1.7168-1.74630.21931740.19133258X-RAY DIFFRACTION100
1.7463-1.77810.20711740.18443159X-RAY DIFFRACTION100
1.7781-1.81220.19121620.17673254X-RAY DIFFRACTION100
1.8122-1.84910.20391650.16713200X-RAY DIFFRACTION100
1.8491-1.88930.17971780.15973210X-RAY DIFFRACTION100
1.8893-1.93310.19491520.16143237X-RAY DIFFRACTION100
1.9331-1.98140.17011620.14553229X-RAY DIFFRACTION100
1.9814-2.03490.18841830.14533228X-RAY DIFFRACTION100
2.0349-2.09460.17741610.14313200X-RAY DIFFRACTION100
2.0946-2.1620.14731750.13633235X-RAY DIFFRACTION100
2.162-2.23910.15371860.13313232X-RAY DIFFRACTION100
2.2391-2.32840.16861550.13733289X-RAY DIFFRACTION100
2.3284-2.4340.18061610.13643232X-RAY DIFFRACTION100
2.434-2.56180.16741590.13753252X-RAY DIFFRACTION100
2.5618-2.72150.17231820.143263X-RAY DIFFRACTION100
2.7215-2.93030.17681720.14443265X-RAY DIFFRACTION100
2.9303-3.22270.20021500.15053303X-RAY DIFFRACTION100
3.2227-3.68350.16751540.14413335X-RAY DIFFRACTION100
3.6835-4.62010.13181640.12393340X-RAY DIFFRACTION100
4.6201-15.42430.16672010.1473466X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る