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- PDB-5epj: Crystal Structure of chromodomain of CBX7 in complex with inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5epj
タイトルCrystal Structure of chromodomain of CBX7 in complex with inhibitor UNC3866
要素
  • Chromobox protein homolog 7
  • peptide-like inhibitor UNC3866
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / structural genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PRC1 complex / PcG protein complex / chromatin organization / クロマチン / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Chromobox protein homolog 7 / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...Chromobox protein homolog 7 / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UNC3866 / Chromobox protein homolog 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Liu, Y. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Stuckey, J.I. / Dickson, B.M. / James, L.I. / Frye, S.V. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Liu, Y. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Stuckey, J.I. / Dickson, B.M. / James, L.I. / Frye, S.V. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of chromodomain of CBX7 in complex with inhibitor UNC3866
著者: Liu, Y. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Stuckey, J.I. / Dickson, B.M. / James, L.I. / Frye, S.V. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J.
履歴
登録2015年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Refinement description
改定 2.02019年11月27日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 7
B: peptide-like inhibitor UNC3866


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,61215
ポリマ－7,6122
非ポリマー013
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.286, 40.286, 82.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Chromobox protein homolog 7


分子量: 6816.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX7 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O95931
#2: タンパク質・ペプチド peptide-like inhibitor UNC3866


タイプ: Oligopeptideオリゴペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 795.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UNC3866
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 13 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→36.17 Å / Num. obs: 9487 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 51.8 / Num. measured all: 117543 / Scaling rejects: 327
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.6-1.6312.30.18713.854954480.9790.0560.19698.2
8.77-36.178.60.02386.37558810.0080.02599.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.8データスケーリング
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.6→36.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 1.008 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The structure was initially solved with same diffraction data but space group setting P41. ARP/WARP was used for density improvement and automated model building. PHENIX.ELBOW/MOGUL was used ...詳細: The structure was initially solved with same diffraction data but space group setting P41. ARP/WARP was used for density improvement and automated model building. PHENIX.ELBOW/MOGUL was used to generate geometry restraints for inhibitor building blocks. LIGAND was used for preparation of link restraints. Link restraints were manually modified, for example to establish planar geometry of the inhibitor's methyl ester terminus. COOT was used for interactive model building. Model geometry was evaluated with MOLPROBITY. Due to lack of clear electron density for the ligand's C-terminal serine methyl ester, uncertainty remains about the orientation of the ester's carbonyl plane and the rotameric state of the hydroxymethyl side chain
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 671 7.1 %
Rwork0.2366 --
obs0.2382 8760 99.7 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 41.32 Å2 / Biso mean: 12.164 Å2 / Biso min: 5.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→36.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数470 0 34 48 552
Biso mean--18.61 18.96 -
残基数----56
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.019529
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.966718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90731210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.958558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.53221.90521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3151592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.592154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.211.12237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.181.1234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9451.659294
LS精密化 シェル解像度: 1.602→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 63 -
Rwork0.128 602 -
all-665 -
obs--98.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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