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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ea1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of SMARCA4 bromodomain in complex with MPD | ||||||
要素 | Transcription activator BRG1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / four helical bundle | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of glucose mediated signaling pathway / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / neural retina development / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / Tat protein binding ...positive regulation of glucose mediated signaling pathway / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / neural retina development / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / Tat protein binding / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / nucleosome disassembly / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / positive regulation by host of viral transcription / SWI/SNF complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear androgen receptor binding / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of myoblast differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / Chromatin modifying enzymes / DNA polymerase binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Interleukin-7 signaling / helicase activity / transcription coregulator binding / positive regulation of cell differentiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / lysine-acetylated histone binding / negative regulation of cell growth / 動原体 / 核小体 / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / positive regulation of miRNA transcription / transcription corepressor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / p53 binding / nervous system development / positive regulation of cold-induced thermogenesis / transcription coactivator activity / hydrolase activity / クロマチンリモデリング / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / クロマチン / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / RNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lolli, G. / Caflisch, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016 タイトル: High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography. 著者: Lolli, G. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ea1.cif.gz | 90.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ea1.ent.gz | 69 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ea1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/5ea1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/5ea1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15494.565 Da / 分子数: 3 / 断片: Bromodomain, UNP residues 1451-1580 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: First two residues SM derive from the expression tag 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA4, BAF190A, BRG1, SNF2B, SNF2L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P51532, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG1000 (12.5%), PEG3350 (12.5%), MPD (12.5%) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月5日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→43.39 Å / Num. obs: 28198 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 102791 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4IR5 解像度: 2→43.391 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.63 Å2 / Biso mean: 31.6186 Å2 / Biso min: 16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→43.391 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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