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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5.0E+98 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human heparanase in complex with HepMer M04S02a | ||||||||||||
要素 | (Heparanase) x 2 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / glycoside hydrolase / heparan / protein / sugar | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin metabolic process / proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / beta-glucuronidase activity / positive regulation of hair follicle development / HS-GAG degradation / syndecan binding ...heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin metabolic process / proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / beta-glucuronidase activity / positive regulation of hair follicle development / HS-GAG degradation / syndecan binding / protein transmembrane transport / vascular wound healing / angiogenesis involved in wound healing / establishment of endothelial barrier / positive regulation of osteoblast proliferation / : / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of blood coagulation / lysosomal lumen / extracellular matrix / cell-matrix adhesion / specific granule lumen / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lysosome / membrane raft / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wu, L. / Davies, G.J. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015 タイトル: Structural characterization of human heparanase reveals insights into substrate recognition. 著者: Wu, L. / Viola, C.M. / Brzozowski, A.M. / Davies, G.J. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e98.cif.gz | 207.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e98.ent.gz | 159.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e98.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5e98_validation.pdf.gz | 866.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5e98_full_validation.pdf.gz | 872.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5e98_validation.xml.gz | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5e98_validation.cif.gz | 31.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e98 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 43733.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251, heparanase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8542.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251, heparanase |
-糖 , 2種, 4分子
#3: 多糖 | beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid |
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#5: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 246分子
#4: 化合物 | ChemComp-IMD / |
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#6: 化合物 | ChemComp-CL / |
#7: 化合物 | ChemComp-NPO / |
#8: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M MES [5.5] 0.1 M MgCl2 17% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→38.45 Å / Num. obs: 61989 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.077 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4543 / CC1/2: 0.465 / Rpim(I) all: 0.625 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5e8m 解像度: 1.63→38.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.222 / WRfactor Rwork: 0.179 / SU B: 2.135 / SU ML: 0.07 / Average fsc free: 0.906 / Average fsc work: 0.9146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.312 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→38.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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