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- PDB-6zdm: Crystal structure of human heparanase in complex with a N',6O'-bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zdm
タイトルCrystal structure of human heparanase in complex with a N',6O'-bis-sulfated 4-methylumbelliferyl heparan sulfate disaccharide
要素(Heparanase) x 2
キーワードHYDROLASE / heparanase / substrate / fluorogenic / heparan sulfate / poised / 4-methylumbelliferyl
機能・相同性
機能・相同性情報


heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / positive regulation of hair follicle development / HS-GAG degradation / beta-glucuronidase activity / syndecan binding / proteoglycan metabolic process ...heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / positive regulation of hair follicle development / HS-GAG degradation / beta-glucuronidase activity / syndecan binding / proteoglycan metabolic process / vascular wound healing / protein transmembrane transport / establishment of endothelial barrier / angiogenesis involved in wound healing / positive regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of blood coagulation / extracellular matrix / lysosomal lumen / cell-matrix adhesion / specific granule lumen / lysosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / membrane raft / lysosomal membrane / response to antibiotic / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 79 / Glycosyl hydrolase family 79, N-terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QG2 / Heparanase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.714 Å
データ登録者Wu, L. / Davies, G.J.
資金援助 英国, オーストラリア, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2012-AdG-322942 英国
Australian Research Council (ARC)DP170104431 オーストラリア
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020
タイトル: Structural insights into heparanase activity using a fluorogenic heparan sulfate disaccharide.
著者: Wu, L. / Wimmer, N. / Davies, G.J. / Ferro, V.
履歴
登録2020年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Heparanase
BBB: Heparanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,71310
ポリマ－52,2762
非ポリマー1,4378
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, both chains elute as one peak by gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9590 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.974, 70.856, 78.455
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.128, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Heparanase / Endo-glucoronidase / Heparanase-1 / Hpa1


分子量: 43733.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DPGKKFKNSTYSRSSVDVLYTFANCSGLDLIFGLNALLRTADLQWNSSNAQLLLDYCSSKGYNISWELGNEPNSFLKKAD IFINGSQLGEDFIQLHKLLRKSTFKNAKLYGPDVGQPRRKTAKMLKSFLKAGGEVIDSVTWHHYYLNGRTATREDFLNPD ...詳細: DPGKKFKNSTYSRSSVDVLYTFANCSGLDLIFGLNALLRTADLQWNSSNAQLLLDYCSSKGYNISWELGNEPNSFLKKAD IFINGSQLGEDFIQLHKLLRKSTFKNAKLYGPDVGQPRRKTAKMLKSFLKAGGEVIDSVTWHHYYLNGRTATREDFLNPD VLDIFISSVQKVFQVVESTRPGKKVWLGETSSAYGGGAPLLSDTFAAGFMWLDKLGLSARMGIEVVMRQVFFGAGNYHLV DENFDPLPDYWLSLLFKKLVGTKVLMASVQGSKRRKLRVYLHCTNTDNPRYKEGDLTLYAINLHNVTKYLRLPYPFSNKQ VDKYLLRPLGPHGLLSKSVQLNGLTLKMVDDQTLPPLMEKPLRPGSSLGLPAFSYSFFVIRNAKVAACI
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251, heparanase
#2: タンパク質 Heparanase / Endo-glucoronidase / Heparanase-1 / Hpa1


分子量: 8542.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251, heparanase

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糖 , 1種, 1分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 198分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-QG2 / (2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-4,5-bis(oxidanyl)-3-(sulfoamino)-6-(sulfooxymethyl)oxan-2-yl]oxy-6-(4-methyl-2-oxidanylidene-chromen-7-yl)oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid


分子量: 673.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27NO19S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.5, 0.1 M MgCl2, 17% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→52.4 Å / Num. obs: 24849 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.68→1.951 Å / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1243 / CC1/2: 0.692 / Rpim(I) all: 0.371 / % possible all: 65.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
STARANISOデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5e8m

5e8m


解像度: 1.714→52.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.36 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.22 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 1206 4.857 %
Rwork0.1788 23624 -
all0.182 --
obs-24830 47.266 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 39.659 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20.282 Å2
2---0.527 Å2-0 Å2
3---0.267 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.714→52.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3628 0 87 191 3906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133828
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5741.6645201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2051.598312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5795460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82821.868182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.99915647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2271522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02816
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2793
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1850.23399
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.21825
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.21727
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0320.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2960.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2530.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2970.214
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1950.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1074.0271840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1074.0241839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7186.0152300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7176.0192301
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2754.3921988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1744.3711965
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0856.4262901
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9796.4042870
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.57347.2824256
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.41647.2274227
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc work% reflection obs (%)WRfactor RworkFsc free
1.714-1.7590.33910.202620.20438790.8941.62410.194
1.759-1.8070.319100.2181670.22437520.8434.71750.220.852
1.807-1.8590.232150.2392940.23837160.8258.31540.2390.774
1.859-1.9170.271150.233760.23235160.84711.12060.2310.799
1.917-1.9790.336210.2255140.22934600.84515.46240.2120.771
1.979-2.0490.254400.2256850.22733400.84321.70660.2170.832
2.049-2.1260.275350.2199280.22132180.85729.92540.2010.837
2.126-2.2130.282660.2112720.21331010.87443.14740.1870.836
2.213-2.3110.289790.21914660.22229810.8751.82820.1990.859
2.311-2.4240.285910.21916240.22228240.87360.72950.1980.816
2.424-2.5550.2951070.21317830.21827160.87669.58760.1890.863
2.555-2.710.2621110.21419640.21725920.88980.0540.1950.878
2.71-2.8960.281080.20520380.20924000.89389.41670.1880.846
2.896-3.1280.2681060.19220960.19622400.91498.30360.1810.889
3.128-3.4260.26910.18719820.1920800.9399.66350.1880.905
3.426-3.830.243860.16818070.17118950.94999.89450.1780.924
3.83-4.420.188820.1515820.15216680.95799.76020.170.956
4.42-5.4090.176590.13913330.14113950.96399.78490.1710.959
5.409-7.6320.26500.17310560.17711130.94399.37110.2160.918
7.632-77.8490.215330.155950.1536300.96599.68250.2430.944

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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