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Yorodumi- PDB-3mje: Structure of A-type Ketoreductases from Modular Polyketide Synthase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mje | ||||||
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Title | Structure of A-type Ketoreductases from Modular Polyketide Synthase | ||||||
Components | AmphB | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information macrolide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces nodosus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.36 Å | ||||||
Authors | Zheng, J. / Taylor, C.A. / Piasecki, S.K. / Keatinge-Clay, A.T. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2010 Title: Structural and Functional Analysis of A-Type Ketoreductases from the Amphotericin Modular Polyketide Synthase. Authors: Zheng, J. / Taylor, C.A. / Piasecki, S.K. / Keatinge-Clay, A.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mje.cif.gz | 356.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3mje.ent.gz | 288.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mje.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/3mje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/3mje | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3mjcSC 3mjsC 3mjtC 3mjvC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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-Components
#1: Protein | Mass: 51424.699 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: ketoreductase domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces nodosus (bacteria) / Gene: amphB / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: Q93NW7, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 6.75 Details: 3.1 M ammonium sulfate, 200 mM NaCl, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.116 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 25, 2009 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.116 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.36→62.76 Å / Num. obs: 191224 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 28.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.36→1.38 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 90.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3MJC Resolution: 1.36→62.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 1.823 / SU ML: 0.035 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.064 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.86 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.36→62.76 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.36→1.4 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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