PDB-5csd: Ligand binding domain 2 of Penicillium marneffei MP1 protein in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5csd

タイトル

Ligand binding domain 2 of Penicillium marneffei MP1 protein in complex with arachidonic acids

要素

Envelope glycoprotein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN /

arachidonic acid (アラキドン酸) /

Ligand binding domain (リガンド)

機能・相同性

Cell wall mannoprotein 1 / Hydrophobic surface binding protein A /

アラキドン酸 / Envelope glycoprotein

機能・相同性情報

生物種

Talaromyces marneffei PM1 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Lam, W.H. / Zhang, H. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2017
タイトル: Talaromyces marneffei Mp1p Is a Virulence Factor that Binds and Sequesters a Key Proinflammatory Lipid to Dampen Host Innate Immune Response
著者: Sze, K.H. / Lam, W.H. / Zhang, H. / Ke, Y.H. / Tse, M.K. / Woo, P.C. / Lau, S.K. / Lau, C.C. / Cai, J.P. / Tung, E.T. / Lo, R.K. / Xu, S. / Kao, R.Y. / Hao, Q. / Yuen, K.Y.

履歴

登録	2015年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月8日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5csd.cif.gz	259.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5csd.ent.gz	210.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5csd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/5csd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/5csd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fb7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bsb-d 6s09-2 6s09-8 6js9-1 4ggn-1 6r7e-d 2nm3-d 6s09-7 6fpa-2 5hdw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Envelope glycoprotein

B: Envelope glycoprotein

C: Envelope glycoprotein

D: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

69.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.502, 100.052, 99.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.010, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-410- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	A	A	2 - 159	1 - 158
2	1	PRO	PRO	B	B	2 - 159	1 - 158
1	2	PRO	PRO	A	A	2 - 159	1 - 158
2	2	PRO	PRO	C	C	2 - 159	1 - 158
1	3	GLY	GLY	A	A	2 - 158	1 - 157
2	3	GLY	GLY	D	D	2 - 158	1 - 157
1	4	PRO	PRO	B	B	2 - 159	1 - 158
2	4	PRO	PRO	C	C	2 - 159	1 - 158
1	5	GLY	GLY	B	B	2 - 158	1 - 157
2	5	GLY	GLY	D	D	2 - 158	1 - 157
1	6	GLY	GLY	C	C	2 - 158	1 - 157
2	6	GLY	GLY	D	D	2 - 158	1 - 157

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Envelope glycoprotein 分子量: 16926.221 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 187-345 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces marneffei PM1 (菌類) / 遺伝子: GQ26_0022220 / プラスミド: His-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A093VKV7
#2: 化合物	ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸 / アラキドン酸分子量: 304.467 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 657 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER KFX52825 IS FOR THIS SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: PEG 4000, Sodium Acetate, Ammonium Acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 100087 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Χ²: 1.076 / Net I/av σ(I): 15.889 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 393148

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.45-1.5	3.1	0.303	9574	0.827	95.8
1.5-1.56	3.8	0.251	9990	0.881	99.3
1.56-1.63	3.9	0.204	9988	0.96	99.6
1.63-1.72	3.9	0.159	10101	1.064	99.7
1.72-1.83	4	0.127	10044	1.122	99.8
1.83-1.97	4.1	0.099	10018	1.1	99.8
1.97-2.17	4.1	0.082	10114	0.994	99.9
2.17-2.48	4.2	0.079	10071	1.147	100
2.48-3.12	4.1	0.094	10116	1.301	100
3.12-50	4	0.074	10071	1.244	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
DENZO		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.2.1	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→44.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.2173 / WR_factor R_work: 0.1921 / FOM work R set: 0.8634 / SU B: 2.539 / SU ML: 0.049 / SU R Cruickshank DPI: 0.0747 / SU R_free: 0.0734 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2039	4995	5 %	RANDOM
R_work	0.1812	-	-	-
obs	0.1823	95019	98.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.51 Å² / B_iso mean: 18.396 Å² / B_iso min: 8.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	-0 Å²	0.02 Å²
2-	-	0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.45→44.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4741	0	144	657	5542
B_iso mean	-	-	33.26	29.21	-
残基数	-	-	-	-	633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	5036
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.02	5153
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.673	2.005	6793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.964	3	11911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.503	5	673
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.813	27.033	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.754	15	914
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.742	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.639	1.042	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.636	1.042	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.031	1.556	3219

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19200	0.07
1	2	B	19200	0.07
2	1	A	17310	0.16
2	2	C	17310	0.16
3	1	A	17324	0.16
3	2	D	17324	0.16
4	1	B	17250	0.16
4	2	C	17250	0.16
5	1	B	17284	0.16
5	2	D	17284	0.16
6	1	C	18928	0.07
6	2	D	18928	0.07

LS精密化シェル

解像度: 1.448→1.486 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	335	-
R_work	0.235	6516	-
all	-	6851	-
obs	-	-	91.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5225	-0.0049	-0.0632	1.4455	0.8025	0.4544	0.0281	0.0085	0.1	0.0739	-0.0765	0.1082	0.0475	-0.0425	0.0484	0.0551	-0.0002	0.0134	0.0125	-0.0197	0.058	-26.321	-16.125	12.216
2	0.518	-0.014	0.0395	1.3895	0.7867	0.4516	0.0326	-0.0094	-0.1044	-0.076	-0.0858	0.1075	-0.0499	-0.0493	0.0532	0.056	0.0028	-0.0213	0.0142	-0.0197	0.0579	-26.316	-27.019	37.304
3	0.3025	0.3892	-0.3223	1.6011	-0.9781	0.6332	0.0181	0.0164	-0.0021	0.0601	-0.0362	-0.0501	-0.0339	0.009	0.0181	0.0355	-0.0134	-0.0146	0.0094	0.0136	0.0564	-3.463	-36.934	37.529
4	0.3198	-0.3789	0.3203	1.6058	-0.968	0.6215	0.0237	-0.0116	-0.0013	-0.0531	-0.0385	-0.0435	0.0319	0.012	0.0148	0.0351	0.0125	0.0075	0.0085	0.0123	0.0534	-3.554	-6.126	11.996

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	60 - 118
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	119 - 139
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	140 - 159
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 11
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	12 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	60 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	121 - 137
10	X-RAY DIFFRACTION	2	B	138 - 159
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 8
12	X-RAY DIFFRACTION	3	C	9 - 25
13	X-RAY DIFFRACTION	3	C	26 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	3	C	58 - 75
15	X-RAY DIFFRACTION	3	C	76 - 112
16	X-RAY DIFFRACTION	3	C	113 - 135
17	X-RAY DIFFRACTION	3	C	136 - 159
18	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 8
19	X-RAY DIFFRACTION	4	D	9 - 25
20	X-RAY DIFFRACTION	4	D	26 - 58
21	X-RAY DIFFRACTION	4	D	59 - 75
22	X-RAY DIFFRACTION	4	D	76 - 112
23	X-RAY DIFFRACTION	4	D	113 - 136
24	X-RAY DIFFRACTION	4	D	137 - 160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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