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万見
- PDB-5cil: Crystal Structure of non-neutralizing version of 4E10 (WDWD) with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cil
タイトルCrystal Structure of non-neutralizing version of 4E10 (WDWD) with epitope bound
要素
  • FAB 4E10 HEAVY CHAIN
  • FAB 4E10 LIGHT CHAIN
  • Peptide from the MPER region of the ENV protein of HIV-1ペプチド
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY (中和抗体) / RECOMBINANT FAB / ENV-PEPTIDE / HIV-1 / EPITOPE (エピトープ)
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Rujas, E. / Nieva, J.L. / Tsumoto, K.
資金援助 米国, 日本, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI097051-01 米国
Japan Society for the Promotion of Science25249115 日本
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structural and Thermodynamic Basis of Epitope Binding by Neutralizing and Nonneutralizing Forms of the Anti-HIV-1 Antibody 4E10
著者: Rujas, E. / Gulzar, N. / Morante, K. / Tsumoto, K. / Scott, J.K. / Nieva, J.L. / Caaveiro, J.M.M.
履歴
登録2015年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB 4E10 HEAVY CHAIN
L: FAB 4E10 LIGHT CHAIN
P: Peptide from the MPER region of the ENV protein of HIV-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1998
ポリマ－48,8853
非ポリマー3145
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.300, 44.890, 86.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド Peptide from the MPER region of the ENV protein of HIV-1 / ペプチド


分子量: 2187.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 FAB 4E10 HEAVY CHAIN


分子量: 23590.473 Da / 分子数: 1 / 変異: W100D, W100(B)D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Shuffle
#2: 抗体 FAB 4E10 LIGHT CHAIN


分子量: 23106.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Shuffle

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非ポリマー , 4種, 414分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.03 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 100mM TRIS-HCl, 200mM Ammonium acetate, 34%PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→44.5 Å / Num. obs: 50189 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.81→1.91 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WY7

4wy7


解像度: 1.81→44.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.852 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18838 2007 4 %RANDOM
Rwork0.16306 ---
obs0.16408 48180 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.386 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å20 Å20.78 Å2
2---1.3 Å20 Å2
3---1.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.81→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3376 0 18 409 3803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.023593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6331.9514921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8063.0027686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1755.021484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.89824.138145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.72515569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5051518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3841.7041826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3791.7011824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1452.5412286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1452.5422287
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0491.9431767
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0491.9441768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2282.8132616
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.45415.2534181
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.31114.4964001
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.857 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 139 -
Rwork0.243 3505 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98660.02250.43851.02920.48841.58730.04610.0790.0541-0.0793-0.0557-0.0883-0.01280.02160.00960.01570.01590.02590.01790.0270.04818.78227.1445-4.7387
20.6846-0.2958-0.32240.85920.74082.02020.0415-0.0559-0.02580.0773-0.0137-0.0030.0766-0.0657-0.02790.0216-0.0130.00310.01940.02060.062919.5163-7.85275.2496
312.08412.2057-6.3040.7566-0.7310.6178-0.13830.834-0.3679-0.36120.103-0.15150.20510.00880.03530.37440.06170.05250.1888-0.02080.110320.7566-6.895-34.103
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H2 - 227
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3P671 - 683

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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