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万見
- PDB-5a5u: Structure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a5u
タイトルStructure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiation complex
要素
  • EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 3EIF3
  • EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT BEIF3
  • EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT IEIF3
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / EIF3 (EIF3) / EIF3 OCTAMER CORE / MAMMALIAN PREINITIATION 34S COMPLEX / EIF3G/I/B / EIF3D
機能・相同性
機能・相同性情報


viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / cytoplasmic translational initiation / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex ...viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / cytoplasmic translational initiation / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation initiation factor binding / translational initiation / translation initiation factor activity / cytoplasmic stress granule / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
類似検索 - 構成要素
生物種ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å
データ登録者des-Georges, A. / Dhote, V. / Kuhn, L. / Hellen, C.U.T. / Pestova, T.V. / Frank, J. / Hashem, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiation complex.
著者: Amedee des Georges / Vidya Dhote / Lauriane Kuhn / Christopher U T Hellen / Tatyana V Pestova / Joachim Frank / Yaser Hashem /
要旨: During eukaryotic translation initiation, 43S complexes, comprising a 40S ribosomal subunit, initiator transfer RNA and initiation factors (eIF) 2, 3, 1 and 1A, attach to the 5'-terminal region of ...During eukaryotic translation initiation, 43S complexes, comprising a 40S ribosomal subunit, initiator transfer RNA and initiation factors (eIF) 2, 3, 1 and 1A, attach to the 5'-terminal region of messenger RNA and scan along it to the initiation codon. Scanning on structured mRNAs also requires the DExH-box protein DHX29. Mammalian eIF3 contains 13 subunits and participates in nearly all steps of translation initiation. Eight subunits having PCI (proteasome, COP9 signalosome, eIF3) or MPN (Mpr1, Pad1, amino-terminal) domains constitute the structural core of eIF3, to which five peripheral subunits are flexibly linked. Here we present a cryo-electron microscopy structure of eIF3 in the context of the DHX29-bound 43S complex, showing the PCI/MPN core at ∼6 Å resolution. It reveals the organization of the individual subunits and their interactions with components of the 43S complex. We were able to build near-complete polyalanine-level models of the eIF3 PCI/MPN core and of two peripheral subunits. The implications for understanding mRNA ribosomal attachment and scanning are discussed.
履歴
登録2015年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年9月30日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans
改定 1.42018年10月3日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / em_software
Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3057
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3057
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 3
B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT B
I: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,8193
ポリマ－167,8193
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 3 / EIF3


分子量: 4613.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / Cell: RETICULCYTES / 組織: BLOOD血液
#2: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT B / EIF3 / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 3


分子量: 124402.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / Cell: RETICULCYTES / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: G1SZ03
#3: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT I / EIF3 / EIF3I / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 39 KDA SUBUNIT / EIF-3 39 KDA SUBUNIT / EIF3 P39 ...EIF3I / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 39 KDA SUBUNIT / EIF-3 39 KDA SUBUNIT / EIF3 P39 / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 3


分子量: 38803.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / Cell: RETICULCYTES / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P40217
配列の詳細THE SAMPLE OF CHAIN B CONTAINS FULL LENGTH EIF3B.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MAMMALIAN 43S PREINITIATION COMPLEX BOUND TO DHX29 / タイプ: RIBOSOME
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV,

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/HE / 日付: 2013年11月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 30120 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 100 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: TEMPLATE MATCHING / 解像度: 9 Å / 粒子像の数: 54410
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3057.
対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8124 0 0 0 8124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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