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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zhq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Tubulin-Stathmin-TTL-MMAE Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/INHIBITOR (構造) / STRUCTURAL PROTEIN-INHIBITOR Complex (構造) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins ...tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / MHC class II antigen presentation / COPI-mediated anterograde transport / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / 成長円錐 / 微小管 / neuron projection / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Gallus gallus (ニワトリ) Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y. / Zhang, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2016 タイトル: Structural Insights into the Pharmacophore of Vinca Domain Inhibitors of Microtubules 著者: Wang, Y. / Benz, F.W. / Wu, Y. / Wang, Q. / Chen, Y. / Chen, X. / Li, H. / Zhang, Y. / Zhang, R. / Yang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zhq.cif.gz | 464.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zhq.ent.gz | 368.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zhq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/4zhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/4zhq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: BRAIN脳 / 参照: UniProt: Q2XVP4 #2: タンパク質 | 分子量: 49907.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: BRAIN脳 / 参照: UniProt: P02554 #3: タンパク質 | | 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 49-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043 #4: タンパク質 | | 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43 |
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-非ポリマー , 9種, 320分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-4Q5 / | タイプ: peptide-likeペプチド, Peptide-likeペプチド クラス: 阻害剤 / 分子量: 717.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H67N5O7 参照: N-methyl-L-valyl-N-[(3R,4S,5S)-1-{(2S)-2-[(1R,2R)-3-{[(1S,2R)-1-hydroxy-1-phenylpropan-2-yl]amino}-1-methoxy-2-methyl-3-oxopropyl]pyrrolidin-1-yl}-3-methoxy-5-methyl-1-oxoheptan-4-yl]-N-methyl-L-valinamide コメント: 抗腫瘍剤*YM #12: 化合物 | ChemComp-ACP / | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 6% PEG, 5% glycerol, 0.1M MES, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→39.34 Å / Num. obs: 98202 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 13.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4TV8 解像度: 2.55→39.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 0.002 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→39.34 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.62 Å / Total num. of bins used: 20
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