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- PDB-4wz5: Crystal structure of P. aeruginosa OXA10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wz5
タイトルCrystal structure of P. aeruginosa OXA10
要素(Beta-lactamase OXA- ...) x 2
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / beta lactamase / inhibtor / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3VU / 二酸化炭素 / Beta-lactamase OXA-10
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ferguson, A.D.
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2015
タイトル: 4,5-Disubstituted 6-Aryloxy-1,3-dihydrobenzo[c][1,2]oxaboroles Are Broad-Spectrum Serine beta-Lactamase Inhibitors.
著者: McKinney, D.C. / Zhou, F. / Eyermann, C.J. / Ferguson, A.D. / Prince, D.B. / Breen, J. / Giacobbe, R.A. / Lahiri, S. / Verheijen, J.C.
履歴
登録2014年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase OXA-10
B: Beta-lactamase OXA-10
C: Beta-lactamase OXA-10
D: Beta-lactamase OXA-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,94321
ポリマ－110,9364
非ポリマー2,00717
水9,062503
1
A: Beta-lactamase OXA-10
C: Beta-lactamase OXA-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,42410
ポリマ－55,4682
非ポリマー9568
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
2
B: Beta-lactamase OXA-10
D: Beta-lactamase OXA-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,52011
ポリマ－55,4682
非ポリマー1,0529
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.740, 82.350, 102.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Beta-lactamase OXA- ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Beta-lactamase OXA-10 / Beta-lactamase PSE-2


分子量: 27755.541 Da / 分子数: 2 / 変異: K53KCX / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bla, oxa10, pse2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14489, Β-ラクタマーゼ
#2: タンパク質 Beta-lactamase OXA-10 / Beta-lactamase PSE-2


分子量: 27712.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bla, oxa10, pse2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14489, Β-ラクタマーゼ

-
非ポリマー , 4種, 520分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-3VU / {(3R)-6-[(3-amino-1,2,4-thiadiazol-5-yl)oxy]-1-hydroxy-4,5-dimethyl-1,3-dihydro-2,1-benzoxaborol-3-yl}acetic acid


分子量: 335.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14BN3O5S
#5: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素 / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→47 Å / Num. obs: 139523 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→23.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9539 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9431 / SU R Cruickshank DPI: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.086 / SU Rfree Blow DPI: 0.082 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.082
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 6957 5.01 %RANDOM
Rwork0.1899 ---
obs0.1908 138980 97.03 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2382 Å20 Å21.2793 Å2
2---0.2293 Å20 Å2
3---0.4675 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.246 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→23.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7736 0 117 503 8356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018039HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0110885HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2803SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes215HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1168HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8039HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.32
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1023SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9688SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3214 519 5.21 %
Rwork0.2984 9451 -
all0.2996 9970 -
obs--97.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1727-0.11290.58230.5705-0.12111.295-0.02770.0144-0.02130.00390.0105-0.0986-0.13910.13210.0172-0.0435-0.0515-0.0075-0.0232-0.0217-0.038718.9228-3.549941.5633
21.404-0.4549-0.07440.8817-0.19840.61720.0192-0.095-0.1044-0.10710.07190.17780.0989-0.0933-0.0912-0.0642-0.048-0.0463-0.0220.0475-0.0161-21.11133.4251-13.1155
31.30120.0257-0.25640.6380.08230.8085-0.027-0.120.09940.02020.0530.0162-0.08050.0019-0.0260.01280.0155-0.0207-0.062-0.0112-0.0585-9.20919.414952.3332
41.253-0.06610.22870.654-0.1070.8113-0.0015-0.1016-0.0374-0.01490.05750.0128-0.00240.0081-0.056-0.04360.0005-0.0017-0.01610.0063-0.03125.106-8.93352.1455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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