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- PDB-4u0y: Crystal structure of the DNA-binding domains of YvoA in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u0y
タイトルCrystal structure of the DNA-binding domains of YvoA in complex with palindromic operator DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*T)-3')
  • HTH-type transcriptional repressor YvoA
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Repressor (リプレッサー) / Bacterial transcription regulation / Transcription factor (転写因子) / GntR/HutC family / Winged helix-turn-helix motif / N-acetylglucosamine utilization / DNA-binding / Operator-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Universal Mobile Telecommunications System / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Universal Mobile Telecommunications System / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional repressor NagR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Fillenberg, S.B. / Muller, Y.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural insight into operator dre-sites recognition and effector binding in the GntR/HutC transcription regulator NagR.
著者: Fillenberg, S.B. / Grau, F.C. / Seidel, G. / Muller, Y.A.
履歴
登録2014年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Database references
改定 2.02023年12月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional repressor YvoA
B: HTH-type transcriptional repressor YvoA
C: HTH-type transcriptional repressor YvoA
D: HTH-type transcriptional repressor YvoA
E: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1028
ポリマ－45,0316
非ポリマー712
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8830 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area18350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.554, 48.554, 153.941
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional repressor YvoA


分子量: 8965.283 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-75 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Truncated form of YvoA; comprises only the DNA-binding domain (residues 1-75)
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: yvoA, BSU35030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34817
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*T)-3')


分子量: 4584.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: 15mer palindromic dsDNA construct; derived from the consensus sequence of the two native non-palindromic dre-site sequences upstream of nagAB-yvoA and nagP
由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM sodium cacodylate, 200 mM sodium citrate, 10 mM MgCl2, 5 % (v/v) isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月8日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→32.52 Å / Num. obs: 31230 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.61
反射 シェル解像度: 1.91→1.98 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DNA-binding domain of PDB entry 2wv0

2wv0


解像度: 1.91→32.52 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.8245 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 25.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2294 1558 5 %Random selection
Rwork0.1783 29632 --
obs0.1809 31190 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.38 Å2 / Biso mean: 29.8537 Å2 / Biso min: 13.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→32.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2420 614 2 287 3323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0874407
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046482
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6761303
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.914-1.97580.31291390.26712660279998
1.9758-2.04640.291430.233827162859100
2.0464-2.12830.25851400.219326742814100
2.1283-2.22520.28771430.205927122855100
2.2252-2.34250.28161410.205526952836100
2.3425-2.48920.23411420.19526842826100
2.4892-2.68130.23871440.197727402884100
2.6813-2.9510.25671400.191626572797100
2.951-3.37760.24881420.169827082850100
3.3776-4.25390.19511410.148226862827100
4.2539-32.52860.17881430.147627002843100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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