[日本語] English
万見
- PDB-4lsq: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody V... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lsq
タイトルCrystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC-CH31 in complex with HIV-1 clade A/E gp120 93TH057 with LOOP D and Loop V5 from clade A strain 3415_v1_c1
要素
  • ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 WITH LOOP D AND V5 FROM STRAIN 3415_V1_C1
  • HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC-CH31
  • LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC-CH31 WITH N70D MUTATION
キーワードviral protein/immune system (ウイルス性) / Neutralizing antibody VRC-CH31 / viral protein-immune system complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / 抗体 ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / : / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Zhou, T. / Moquin, S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: Multidonor Analysis Reveals Structural Elements, Genetic Determinants, and Maturation Pathway for HIV-1 Neutralization by VRC01-Class Antibodies.
著者: Zhou, T. / Zhu, J. / Wu, X. / Moquin, S. / Zhang, B. / Acharya, P. / Georgiev, I.S. / Altae-Tran, H.R. / Chuang, G.Y. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / Luongo, T. / ...著者: Zhou, T. / Zhu, J. / Wu, X. / Moquin, S. / Zhang, B. / Acharya, P. / Georgiev, I.S. / Altae-Tran, H.R. / Chuang, G.Y. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / Luongo, T. / McKee, K. / Schramm, C.A. / Skinner, J. / Yang, Y. / Yang, Z. / Zhang, Z. / Zheng, A. / Bonsignori, M. / Haynes, B.F. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Simek, M. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Mullikin, J.C. / Connors, M. / Shapiro, L. / Nabel, G.J. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22013年9月25日Group: Database references
改定 1.32014年5月7日Group: Other
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 WITH LOOP D AND V5 FROM STRAIN 3415_V1_C1
H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC-CH31
L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC-CH31 WITH N70D MUTATION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,45025
ポリマ－87,6083
非ポリマー2,84122
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10230 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area34930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.514, 67.621, 221.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC-CH31


分子量: 25571.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC-CH31 WITH N70D MUTATION


分子量: 22854.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 G

#1: タンパク質 ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 WITH LOOP D AND V5 FROM STRAIN 3415_V1_C1


分子量: 39182.434 Da / 分子数: 1 / 変異: N70D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: 93TH057 / 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ED31*PLUS
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 395分子

#5: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris, 8.25% PEG 8000, 0.02 M CdCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月18日
放射モノクロメーター: APS 22ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 47596 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 39.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / % possible all: 87.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→49.38 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 2409 5.07 %
Rwork0.192 --
obs0.194 47511 98.4 %
all-48269 -
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.72 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.7107 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.5523 Å2-0 Å2
3----4.1584 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→49.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5983 0 144 382 6509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8638557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2692299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052973
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2505-2.29650.3111110.26052282X-RAY DIFFRACTION86
2.2965-2.34640.28551390.24742472X-RAY DIFFRACTION94
2.3464-2.4010.30941610.24132580X-RAY DIFFRACTION98
2.401-2.4610.3161290.25192613X-RAY DIFFRACTION98
2.461-2.52750.28631550.22912626X-RAY DIFFRACTION99
2.5275-2.60190.29811470.22612663X-RAY DIFFRACTION100
2.6019-2.68590.29471420.22322644X-RAY DIFFRACTION100
2.6859-2.78190.26651480.21072679X-RAY DIFFRACTION100
2.7819-2.89330.23851160.21082692X-RAY DIFFRACTION100
2.8933-3.02490.25321420.20042667X-RAY DIFFRACTION100
3.0249-3.18440.2691470.20112676X-RAY DIFFRACTION100
3.1844-3.38380.24531510.19882703X-RAY DIFFRACTION100
3.3838-3.6450.19941490.19232681X-RAY DIFFRACTION100
3.645-4.01170.20641350.16282706X-RAY DIFFRACTION100
4.0117-4.59180.17551370.14832742X-RAY DIFFRACTION100
4.5918-5.78380.17941430.16262782X-RAY DIFFRACTION100
5.7838-49.38880.21121570.20132894X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.37320.1771-0.68561.6835-0.00911.9767-0.02520.0727-0.133-0.1064-0.0845-0.15050.08730.07740.07720.12970.0093-0.04840.22890.02620.324413.6309-1.279148.099
21.8104-0.4155-0.58011.5139-0.21082.4410.0629-0.00330.20780.0187-0.0964-0.4247-0.3390.3227-0.04760.1593-0.0341-0.03540.21180.02630.356115.902621.447450.4728
32.0381-1.43070.80132.3341-0.80691.97780.10830.16130.0076-0.7149-0.21250.0655-0.0235-0.17720.06940.40190.0516-0.04480.2291-0.03070.1975-1.254927.234328.3522
43.31020.1810.94952.52170.99052.8409-0.20750.3355-0.1519-0.23560.17390.3820.2805-0.17580.00090.7835-0.066-0.14240.34440.07070.417-17.570642.08490.7513
50.07-0.1384-0.19580.64880.16930.67420.21150.2933-0.0346-0.7277-0.26060.04590.24980.1816-0.26411.12730.44550.07190.5471-0.02330.22528.853117.11879.8956
62.0992-0.52280.23494.32670.00662.03550.09590.54860.2419-0.12370.0013-0.38940.3190.1953-0.09850.80510.0448-0.09120.4650.0990.365-3.927345.6784-7.1408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN G AND (RESID 44:252 OR RESID 474:492 ) )
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN G AND RESID 253:473 )
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN H AND RESID 1:118 )
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN H AND RESID 119:215 )
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN L AND RESID 1:108 )
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN L AND RESID 109:212 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る