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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k55 | ||||||
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タイトル | Structure of the extracellular domain of butyrophilin BTN3A1 in complex with (E)-4-hydroxy-3-methyl-but-2-enyl pyrophosphate (HMBPP) | ||||||
要素 | Butyrophilin subfamily 3 member A1 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / immunoglobulin superfamily (免疫グロブリンスーパーファミリー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Butyrophilin (BTN) family interactions / activated T cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of cytokine production / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / 獲得免疫系 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å | ||||||
データ登録者 | Kumar, A. / Mori, L. / De Libero, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2013 タイトル: Butyrophilin 3A1 binds phosphorylated antigens and stimulates human gamma delta T cells. 著者: Vavassori, S. / Kumar, A. / Wan, G.S. / Ramanjaneyulu, G.S. / Cavallari, M. / El Daker, S. / Beddoe, T. / Theodossis, A. / Williams, N.K. / Gostick, E. / Price, D.A. / Soudamini, D.U. / Voon, ...著者: Vavassori, S. / Kumar, A. / Wan, G.S. / Ramanjaneyulu, G.S. / Cavallari, M. / El Daker, S. / Beddoe, T. / Theodossis, A. / Williams, N.K. / Gostick, E. / Price, D.A. / Soudamini, D.U. / Voon, K.K. / Olivo, M. / Rossjohn, J. / Mori, L. / De Libero, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k55.cif.gz | 35 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4k55.ent.gz | 26.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k55.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k55 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | One molecule in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13772.517 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 28-143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: BT3.2, BTF3, BTF4, BTF5, BTN3A1, BTN3A2, Butyrophilin subfamily 3 member A1 プラスミド: pET22b(+)-His6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00481 |
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#2: 化合物 | ChemComp-H6P / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.12 M ethylene glycols, 0.1 M buffer system 1, 30% PEG 550 MME and PEG 20,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→21.52 Å / Num. all: 18761 / Num. obs: 10398 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 30 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.98 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 19 / Num. unique all: 971 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→21.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 3.083 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.064 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→21.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.912→1.961 Å / Total num. of bins used: 20
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