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万見
- PDB-4jzo: Three dimensional structure of broadly neutralizing human anti - ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jzo
タイトルThree dimensional structure of broadly neutralizing human anti - Hepatitis C virus (HCV) glycoprotein E2 Fab fragment HC84-27
要素
  • Anti-HCV E2 Fab HC84-27 heavy chain
  • Anti-HCV E2 Fab HC84-27 light chain
  • Envelope glycoprotein E2
キーワードimmune system/viral protein (免疫系) / Fab fragment / Immunglobulin fold / Antibody (抗体) / immune system-viral protein complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet ...positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / positive regulation of cytokinesis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / negative regulation of protein secretion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / SH3 domain binding / kinase binding / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral nucleocapsid / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b ...Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / 抗体 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Krey, T. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of HCV neutralization by human monoclonal antibodies resistant to viral neutralization escape.
著者: Krey, T. / Meola, A. / Keck, Z.Y. / Damier-Piolle, L. / Foung, S.K. / Rey, F.A.
履歴
登録2013年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 heavy chain
B: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 light chain
C: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 heavy chain
D: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 heavy chain
E: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 light chain
F: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 light chain
G: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 heavy chain
H: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 light chain
I: Envelope glycoprotein E2
J: Envelope glycoprotein E2
K: Envelope glycoprotein E2
L: Envelope glycoprotein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,72412
ポリマ－209,72412
非ポリマー00
水5,423301
1
A: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 heavy chain
B: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 light chain
J: Envelope glycoprotein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4313
ポリマ－52,4313
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
2
C: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 heavy chain
F: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 light chain
K: Envelope glycoprotein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4313
ポリマ－52,4313
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
3
D: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 heavy chain
E: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 light chain
I: Envelope glycoprotein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4313
ポリマ－52,4313
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
4
G: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 heavy chain
H: Anti-HCV E2 Fab HC84-27 light chain
L: Envelope glycoprotein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4313
ポリマ－52,4313
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.940, 77.330, 85.820
Angle α, β, γ (deg.)92.10, 107.62, 90.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The asymetric unit contains four Fab molecules each representing a heterodimer of heavy and light chain. Each Fab molecule binds one synthetic peptide.

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要素

#1: 抗体
Anti-HCV E2 Fab HC84-27 heavy chain


分子量: 27553.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMT Fab
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#2: 抗体
Anti-HCV E2 Fab HC84-27 light chain


分子量: 23340.764 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMT Fab
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: タンパク質・ペプチド
Envelope glycoprotein E2 / NS1 / gp68 / gp70 / Genome polyprotein


分子量: 1536.732 Da / 分子数: 4 / Fragment: Residues 434-446 of HCV strain H77 polyprotein / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Hepatitis C virus (isolate H) (C型肝炎ウイルス)
参照: UniProt: P27958, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, ...参照: UniProt: P27958, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, ヘリカーゼ, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 23% PEG 3350 250mM Sodium Thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月28日
放射モノクロメーター: LN2 cooled Fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→41.35 Å / Num. all: 91860 / Num. obs: 78908 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 41.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.22→2.34 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XZA and 3QOT

2xza

3qot
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.22→41.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9248 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9059 / SU R Cruickshank DPI: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2362 3996 5.07 %RANDOM
Rwork0.1955 ---
obs0.1976 78809 85.79 %-
all-91745 --
原子変位パラメータBiso mean: 40.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.9646 Å2-0.9709 Å2-0.7298 Å2
2--5.193 Å2-0.7857 Å2
3----12.1577 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.283 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→41.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13189 0 0 301 13490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113594HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1818551HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4461SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes282HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2006HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13594HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.19
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1804SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies7HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance7HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle14HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14455SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 220 4.75 %
Rwork0.2238 4414 -
all0.2261 4634 -
obs--85.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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