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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jtm | ||||||
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タイトル | Structure of the N0 domain of the type II secretin from enterotoxigenic Escherichia coli | ||||||
要素 | Type II secretion system protein DType II secretion system | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / general secretory pathway / secretin (セクレチン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å | ||||||
データ登録者 | Korotkov, K.V. / Delarosa, J.R. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013 タイトル: A dodecameric ring-like structure of the N0 domain of the type II secretin from enterotoxigenic Escherichia coli. 著者: Korotkov, K.V. / Delarosa, J.R. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jtm.cif.gz | 81.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jtm.ent.gz | 64.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jtm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/4jtm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/4jtm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | BIOLOGICAL UNIT OF FULL-LENGTH GSPD IS A DODECAMER, THE HIGH-RESOLUTION DETAILS OF THIS ASSEMBLY ARE CURRENTLY UNAVAILABLE |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8949.354 Da / 分子数: 2 / 断片: N0 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: H10407 / ETEC / 遺伝子: ETEC_3237, GSPD / プラスミド: pRSF-NT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E3PJ86 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M TRIS-HCL, 30% PEG2000-MME, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.43→49.18 Å / Num. obs: 59059 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.311 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 19.09 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.43→49.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.2269 / WRfactor Rwork: 0.1934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8652 / SU B: 2.296 / SU ML: 0.046 / SU R Cruickshank DPI: 0.0684 / SU Rfree: 0.0726 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.69 Å2 / Biso mean: 22.4763 Å2 / Biso min: 9.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.43→49.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.43→1.467 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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