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- PDB-5v8t: Crystal structure of SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v8t
タイトルCrystal structure of SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Burkholderia pseudomallei complexed with SF354
要素Ubiquitin-like protein SMT3,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / Burkholderia / Peptidyl / Proline
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein tag activity / protein folding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues ...Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8ZV / FORMIC ACID / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Ubiquitin-like protein SMT3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lorimer, D.D. / Dranow, D.M. / Seufert, F. / Abendroth, J. / Holzgrabe, U.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Burkholderia pseudomallei complexed with SF354
著者: Lorimer, D.D. / Dranow, D.M. / Seufert, F. / Abendroth, J. / Holzgrabe, U.
履歴
登録2017年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like protein SMT3,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Ubiquitin-like protein SMT3,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9696
ポリマ－45,7412
非ポリマー1,2284
水4,810267
1
A: Ubiquitin-like protein SMT3,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4953
ポリマ－22,8711
非ポリマー6252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ubiquitin-like protein SMT3,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4743
ポリマ－22,8711
非ポリマー6032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.640, 32.500, 99.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -76 through -65 or (resid -64...
21(chain B and (resid -76 through -40 or (resid -39...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRSERSER(chain A and (resid -76 through -65 or (resid -64...AA-76 - -6519 - 30
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid -76 through -65 or (resid -64...AA-6431
13GLUGLUVALVAL(chain A and (resid -76 through -65 or (resid -64...AA-77 - 11318 - 208
14GLUGLUVALVAL(chain A and (resid -76 through -65 or (resid -64...AA-77 - 11318 - 208
15GLUGLUVALVAL(chain A and (resid -76 through -65 or (resid -64...AA-77 - 11318 - 208
16GLUGLUVALVAL(chain A and (resid -76 through -65 or (resid -64...AA-77 - 11318 - 208
21THRTHRLYSLYS(chain B and (resid -76 through -40 or (resid -39...BB-76 - -4019 - 55
22GLUGLUASPASP(chain B and (resid -76 through -40 or (resid -39...BB-39 - -3756 - 58
23GLUGLUVALVAL(chain B and (resid -76 through -40 or (resid -39...BB-77 - 11318 - 208
24GLUGLUVALVAL(chain B and (resid -76 through -40 or (resid -39...BB-77 - 11318 - 208
25GLUGLUVALVAL(chain B and (resid -76 through -40 or (resid -39...BB-77 - 11318 - 208
26GLUGLUVALVAL(chain B and (resid -76 through -40 or (resid -39...BB-77 - 11318 - 208

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like protein SMT3,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 22870.633 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 13-97; unp residues 2-113 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: ATCC 204508 / S288c
遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15, fbp_2, DP46_4351, DP49_3058, ERS012314_03208, SY87_03945
プラスミド: pET28-HisSMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q12306, UniProt: A0A069BB90, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-8ZV / 2-{[3,5-bis(2-methoxyethoxy)benzene-1-carbonyl]amino}ethyl (2S)-1-(benzylsulfonyl)piperidine-2-carboxylate


分子量: 578.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H38N2O9S
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: BupsA.00130.a.D21 (CID4597, SMT tag on, Batch 776103) at 10.37mg/ml (in 25mM Tris, pH8.0, 200mM NaCl, 1% glycerol, 1mM TCEP buffer) was incubated with 2mM SF354 (BSI5672). Crystals were ...詳細: BupsA.00130.a.D21 (CID4597, SMT tag on, Batch 776103) at 10.37mg/ml (in 25mM Tris, pH8.0, 200mM NaCl, 1% glycerol, 1mM TCEP buffer) was incubated with 2mM SF354 (BSI5672). Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume combination of the protein/ligand complex and a solution containing 24.55% (w/v) PEG-3350, 50 mM ammonium formate (JCSG_A8 opt screen d7) and cryoprotected with 15% ethylene glycol. Crystal Tracking ID 274545d7, uxe3-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.915 Å / Num. obs: 23040 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.099 % / Biso Wilson estimate: 20.77 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 11.51 / Num. measured all: 94438 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.153.7680.5083.186424172117050.7530.59499.1
2.15-2.214.1920.443.816782162016180.8370.50799.9
2.21-2.284.1580.4173.976624159715930.870.4899.7
2.28-2.354.1540.3594.646447155515520.8980.41499.8
2.35-2.424.1930.3264.896248149114900.9070.37599.9
2.42-2.514.1390.2865.626146148514850.9180.33100
2.51-2.64.1960.2446.395833139113900.9450.28199.9
2.6-2.714.1480.2077.555666136513660.9640.239100
2.71-2.834.1840.1868.165380128812860.9660.21499.8
2.83-2.974.1460.14310.345265127012700.980.165100
2.97-3.134.1490.1112.564846117211680.9880.12799.7
3.13-3.324.1320.08415.94661113111280.9920.09799.7
3.32-3.554.1080.06718.824404107110720.9960.077100
3.55-3.834.10.05622.2340759979940.9970.06599.7
3.83-4.24.080.04525.3836929059050.9970.052100
4.2-4.74.0440.03829.1134218508460.9980.04399.5
4.7-5.424.0390.0427.2229817387380.9980.046100
5.42-6.643.9830.04623.3825336376360.9970.05499.8
6.64-9.393.8890.03627.5119334974970.9990.042100
9.39-48.9153.5780.02634.8210773063010.9990.0398.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UF8

3uf8


解像度: 2.1→48.915 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 1962 8.52 %
Rwork0.184 21070 -
obs0.1872 23032 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.73 Å2 / Biso mean: 26.6088 Å2 / Biso min: 7.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→48.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2849 0 84 269 3202
Biso mean--31.73 29.11 -
残基数----382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6034032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1611751
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1650X-RAY DIFFRACTION8.5TORSIONAL
12B1650X-RAY DIFFRACTION8.5TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.15250.28811350.21741498163399
2.1525-2.21070.28711590.209314641623100
2.2107-2.27570.23581430.215214581601100
2.2757-2.34920.23341330.209514971630100
2.3492-2.43310.22281470.210614921639100
2.4331-2.53060.22971370.202314941631100
2.5306-2.64570.24281040.204515211625100
2.6457-2.78520.2361400.212514981638100
2.7852-2.95970.24761400.200115011641100
2.9597-3.18810.25511530.193114931646100
3.1881-3.50890.20961340.174214981632100
3.5089-4.01640.18661690.161515071676100
4.0164-5.05950.18341400.141715241664100
5.0595-48.92840.19831280.172316251753100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.038-0.362-0.54863.68150.17191.89310.03970.11130.098-0.3097-0.0307-0.34780.03450.0912-0.00930.1870.01660.03590.1871-0.00960.1451-121.0258-13.0319125.1036
21.3971-0.00960.06341.3392-0.04150.8772-0.0196-0.0121-0.0513-0.00180.0221-0.0450.01580.00850.00540.0911-0.00380.01530.07090.00770.1035-123.5168-29.5868145.471
34.85680.783-0.15033.91710.40545.68060.1257-0.21850.18430.5739-0.304-0.2191-0.2539-0.24110.10790.32110.0049-0.01120.2275-0.01470.1709-122.9053-39.0476190.8004
42.3890.157-0.3151.88830.072.0870.0524-0.1503-0.06660.04080.0196-0.01890.0385-0.0119-0.0710.11290.0027-0.00280.09380.01480.1036-123.6998-19.4539170.1206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -77 through 2 )A-77 - 2
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 3 through 113 )A3 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid -77 through -5 )B-77 - -5
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -4 through 113 )B-4 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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