PDB-4dmf: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the H177...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dmf

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the H177A mutation

要素

Putative hydrolase

加水分解酵素

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Alpha Beta Hydrolase /

Epoxide Hydrolase /

secreted (分泌)

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Bahl, C.D. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Inhibiting an Epoxide Hydrolase Virulence Factor from Pseudomonas aeruginosa Protects CFTR.
著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Bomberger, J.M. / Stanton, B.A. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2012年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dmf.cif.gz	464.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dmf.ent.gz	383 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dmf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dlnC 4dm7C 4dmhC 4dmkC 4yx9C 3kd2S 3kda 3pi6 4dmc 4dmo 4dnf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hka-1 4dmc-2 5tnh-2 4dm7-1 4dm7-2 4dnf-1 5swn-d 5tni-2 4dln-2 5tnq-1 3kda-2 3p8p-d 5tnl-2 4dmh-1 5tnf-2 3r3z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

136 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	167.766, 83.784, 89.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative hydrolase / 加水分解酵素分子量: 34097.633 Da / 分子数: 4 / 断片: Cif (UNP Residues 25-319) / 変異: H177A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative hydrolase /

加水分解酵素

分子量: 34097.633 Da / 分子数: 4 / 断片: Cif (UNP Residues 25-319) / 変異: H177A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月11日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→45.981 Å / Num. obs: 68803 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 30057 / R_sym value: 0.382 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CHAIN A OF PDB ENTRY 3KD2

3kd2

解像度: 2.12→45.981 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.82 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2058	3454	5.02 %	thin shells
R_work	0.1664	-	-	-
obs	0.1683	68795	99.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.287 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.1482 Å²	-0 Å²	-0.1439 Å²
2-	-	-1.9211 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.0693 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→45.981 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9332	0	0	555	9887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9625
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.994	13061
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.87	3495
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1718

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.149	0.2351	173	0.1699	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.149-2.1797	0.2322	173	0.1769	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1797-2.2123	10000000	0	0.1796	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2123-2.2468	0.2475	173	0.1697	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2468-2.2837	0.242	172	0.1804	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2837-2.3231	0.2277	173	0.1607	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3231-2.3653	0.2299	173	0.1662	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3653-2.4108	10000000	0	0.1704	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4108-2.46	0.2264	173	0.1729	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.5135	0.2293	173	0.1676	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5135-2.5719	0.2357	173	0.1705	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5719-2.6363	0.2172	173	0.1702	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6363-2.7075	10000000	0	0.1664	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7075-2.7872	0.218	173	0.1654	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7872-2.8771	0.2052	173	0.1699	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8771-2.98	0.2268	173	0.18	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.0992	0.2157	173	0.1841	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0992-3.2403	10000000	0	0.1649	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2403-3.411	0.1847	173	0.1524	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.411-3.6247	0.2049	173	0.1532	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6247-3.9044	0.1705	172	0.1474	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9044-4.2971	0.1491	171	0.1336	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2971-4.9182	10000000	0	0.1191	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9182-6.1941	0.1424	172	0.1427	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1941-45.9922	0.1544	172	0.156	2652	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2499	0.0709	0.1188	0.4204	0.1218	0.468	0.0073	-0.0357	-0.0381	0.0459	-0.0299	0.0427	0.0722	-0.0337	-0	0.0588	0.0069	0.0142	0.0622	0.01	0.0442	-22.0821	-78.3691	27.068
2	0.4677	-0.3076	-0.0765	0.5194	-0.1996	0.2233	-0.0169	0.0114	0.1122	-0.0201	0.0201	0.0026	-0.0411	-0.0126	0	0.0522	0.0187	-0.0204	0.0532	-0.0015	0.0979	-30.7774	-39.1639	15.5054
3	0.0938	0.0697	0.0926	0.6148	-0.0259	0.3579	-0.012	0.0105	0.058	0.0333	-0.0352	-0.0646	-0.0579	0.0155	0	0.0498	0.0114	0.0026	0.0545	-0.0064	0.0705	5.9211	-45.7608	26.9155
4	0.4113	-0.2627	-0.0111	0.5298	0.2167	0.1332	0.0063	0.0338	0.0086	-0.0018	0.0136	-0.0741	0.0033	0.0046	0	0.0514	0.0239	0.0065	0.056	-0.0003	0.0241	14.5792	-85.031	15.6716

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:317)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:317)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:317)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:317)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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