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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4b3e | ||||||
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タイトル | Structure of copper-zinc superoxide dismutase complexed with bicarbonate. | ||||||
要素 | SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / anterograde axonal transport / retrograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / anterograde axonal transport / retrograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / superoxide anion generation / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / superoxide metabolic process / heart contraction / positive regulation of catalytic activity / スーパーオキシドディスムターゼ / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / neuronal action potential / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / glutathione metabolic process / positive regulation of phagocytosis / ovarian follicle development / axon cytoplasm / 着床 / reactive oxygen species metabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of mitochondrial membrane potential / thymus development / locomotory behavior / placenta development / response to organic substance / determination of adult lifespan / positive regulation of cytokine production / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / ミトコンドリア / small GTPase binding / 血圧 / negative regulation of inflammatory response / ペルオキシソーム / Platelet degranulation / 遺伝子発現 / response to heat / protein-folding chaperone binding / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Strange, R.W. / Hough, M.A. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2012 タイトル: Structural Evidence for a Copper-Bound Carbonate Intermediate in the Peroxidase and Dismutase Activities of Superoxide Dismutase. 著者: Strange, R.W. / Hough, M.A. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4b3e.cif.gz | 584.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4b3e.ent.gz | 486.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4b3e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/4b3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/4b3e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 15958.757 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 参照: UniProt: P00441, スーパーオキシドディスムターゼ |
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-非ポリマー , 5種, 1622分子
#2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-CO3 / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 1 M AMMONIUM SULPHATE, 50 MM TRIS PH 8.0 AND 50 MM NACL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月21日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 124983 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SOS 解像度: 2.15→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.871 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.335 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→20 Å
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拘束条件 |
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