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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4b36 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Angiogenin with an Engineered Loop Exhibits Conformational Flexibility at the Functional Regions of the Molecule | ||||||
要素 | ANGIOGENIN, EOSINOPHIL CATIONIC-RELATED PROTEIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / EDN / ANG / ANTIVIRAL (抗ウイルス薬) / ANGIOGENESIS (血管新生) / TUMOR / AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS / PARKINSONS DISEASE (パーキンソン病) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / oocyte maturation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / homeostatic process ...activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / oocyte maturation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / homeostatic process / rRNA transcription / activation of phospholipase C activity / 基底膜 / RNA nuclease activity / ovarian follicle development / positive regulation of phosphorylation / RNA endonuclease activity / actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell proliferation / activation of protein kinase B activity / response to hormone / placenta development / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / peptide binding / 遊走 / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / マイクロフィラメント / heparin binding / 染色体 / actin binding / antibacterial humoral response / 成長円錐 / cytoplasmic vesicle / 血管新生 / endonuclease activity / negative regulation of translation / nucleic acid binding / response to hypoxia / rRNA binding / defense response to Gram-positive bacterium / copper ion binding / signaling receptor binding / 自然免疫系 / neuronal cell body / 核小体 / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular region / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Thiyagarajan, N. / Acharya, K.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Open Bio. / 年: 2012 タイトル: Crystal Structure of Human Angiogenin with an Engineered Loop Exhibits Conformational Flexibility at the Functional Regions of the Molecule 著者: Thiyagarajan, N. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4b36.cif.gz | 60.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4b36.ent.gz | 44.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4b36.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/4b36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/4b36 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1angS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14523.436 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 25-107,111-120,116-147 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: IN THIS STUDY WE HAVE SUBSTITUTED 84- HGGSPWPP-91 OF ANG WITH 86-TTPSPQNISN-95 OF EOSINOPHIL- DERIVED NEUROTOXIN AND CONSTRUCTED AN ANG-EDN HYBRID 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET22B PLUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS RIPL 参照: UniProt: P03950, UniProt: Q12762, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | IN THIS STUDY WE HAVE SUBSTITUTED 84-HGGSPWPP-91 OF ANG WITH 86-TTPSPQNISN-95 OF EOSINOPHIL-DERIVED ...IN THIS STUDY WE HAVE SUBSTITUTE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.2 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 1.75-2.5 M NACL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.283 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月4日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.283 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 20481 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 27.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 65.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ANG 解像度: 1.76→20.151 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 28.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.578 Å2 / ksol: 0.427 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→20.151 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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