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- PDB-4ahi: K40I - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ahi
タイトルK40I - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis
要素ANGIOGENIN
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / AMYOTROPHIC / LATERAL SCLEROSIS (筋萎縮性側索硬化症) / NEOVASCULARISATION
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / oocyte maturation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / homeostatic process ...activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / oocyte maturation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / homeostatic process / rRNA transcription / activation of phospholipase C activity / 基底膜 / RNA nuclease activity / ovarian follicle development / positive regulation of phosphorylation / RNA endonuclease activity / actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell proliferation / activation of protein kinase B activity / response to hormone / placenta development / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / peptide binding / 遊走 / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / マイクロフィラメント / heparin binding / 染色体 / actin binding / antibacterial humoral response / 成長円錐 / cytoplasmic vesicle / 血管新生 / endonuclease activity / negative regulation of translation / response to hypoxia / rRNA binding / defense response to Gram-positive bacterium / copper ion binding / signaling receptor binding / 自然免疫系 / neuronal cell body / 核小体 / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular region / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Thiyagarajan, N. / Ferguson, R. / Saha, S. / Pham, T. / Subramanian, V. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2012
タイトル: Structural and Molecular Insights Into the Mechanism of Action of Human Angiogenin-Als Variants in Neurons.
著者: Thiyagarajan, N. / Ferguson, R. / Subramanian, V. / Acharya, K.R.
履歴
登録2012年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANGIOGENIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1531
ポリマ－14,1531
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.204, 118.666, 37.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2003-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ANGIOGENIN / / RIBONUCLEASE 5 / RNASE 5


分子量: 14153.014 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET22B(PLUS) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS - RIPL
参照: UniProt: P03950, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 64 TO ILE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20 % PEG 4K, 0.05 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.045
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 4870 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 42.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 39.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ANG

1ang


解像度: 2.798→27.88 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 28.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2783 193 4.9 %
Rwork0.2131 --
obs0.2163 3915 80.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.596 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.1786 Å20 Å20 Å2
2--19.4849 Å20 Å2
3----9.3062 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.798→27.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数948 0 0 10 958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009974
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2791310
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.842369
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006174
LS精密化 シェル解像度: 2.7983→27.8817 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2783 193 -
Rwork0.2131 3722 -
obs--80 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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