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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ahd | ||||||
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タイトル | Q12L - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis | ||||||
要素 | ANGIOGENIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ANG / ALS (筋萎縮性側索硬化症) / NEOVASCULARISATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / oocyte maturation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / homeostatic process ...activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / oocyte maturation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / homeostatic process / rRNA transcription / activation of phospholipase C activity / 基底膜 / RNA nuclease activity / ovarian follicle development / positive regulation of phosphorylation / RNA endonuclease activity / actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell proliferation / activation of protein kinase B activity / response to hormone / placenta development / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / peptide binding / 遊走 / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / マイクロフィラメント / heparin binding / 染色体 / actin binding / antibacterial humoral response / 成長円錐 / cytoplasmic vesicle / 血管新生 / endonuclease activity / negative regulation of translation / response to hypoxia / rRNA binding / defense response to Gram-positive bacterium / copper ion binding / signaling receptor binding / 自然免疫系 / neuronal cell body / 核小体 / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular region / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å | ||||||
データ登録者 | Thiyagarajan, N. / Ferguson, R. / Saha, S. / Pham, T. / Subramanian, V. / Acharya, K.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2012 タイトル: Structural and Molecular Insights Into the Mechanism of Action of Human Angiogenin-Als Variants in Neurons. 著者: Thiyagarajan, N. / Ferguson, R. / Subramanian, V. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ahd.cif.gz | 60.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ahd.ent.gz | 44.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ahd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/4ahd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/4ahd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4aheC 4ahfC 4ahgC 4ahhC 4ahiC 4ahjC 4ahkC 4ahlC 4ahmC 4ahnC 4aohC 1angS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14154.064 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS - RIPL 参照: UniProt: P03950, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 20 % PEG 4K, 0.05 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 8834 / % possible obs: 82.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 64.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ANG 解像度: 2.47→33.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 89771.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.0376 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.47→33.39 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.47→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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