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万見
- PDB-2ckk: High resolution crystal structure of the human kin17 C-terminal d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ckk
タイトルHigh resolution crystal structure of the human kin17 C-terminal domain containing a kow motif
要素KIN17
キーワードNUCLEAR PROTEIN / BETA BARREL / RIBOSOMAL PROTEIN / RIBONUCLEOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein methylation / nuclear matrix / mRNA processing / double-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex / DNA binding ...Protein methylation / nuclear matrix / mRNA processing / double-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA-binding protein Kin17, WH-like domain / KIN17-like protein / DNA/RNA-binding protein KIN17, WH-like domain superfamily / KN17, SH3-like C-terminal domain / Kin17, KOW domain / KIN17 WH-like domain / KN17 SH3-like domain / Domain of Kin17 curved DNA-binding protein / SH3 type barrels. - #30 / SH3 type barrels. - #140 ...DNA/RNA-binding protein Kin17, WH-like domain / KIN17-like protein / DNA/RNA-binding protein KIN17, WH-like domain superfamily / KN17, SH3-like C-terminal domain / Kin17, KOW domain / KIN17 WH-like domain / KN17 SH3-like domain / Domain of Kin17 curved DNA-binding protein / SH3 type barrels. - #30 / SH3 type barrels. - #140 / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SH3 type barrels. / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IODIDE ION / DNA/RNA-binding protein KIN17
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者le Maire, A. / Schiltz, M. / Pinon-Lataillade, G. / Stura, E. / Couprie, J. / Gondry, M. / Angulo-Mora, J. / Zinn-Justin, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: A Tandem of SH3-Like Domains Participates in RNA Binding in Kin17, a Human Protein Activated in Response to Genotoxics.
著者: Le Maire, A. / Schiltz, M. / Stura, E.A. / Pinon-Lataillade, G. / Couprie, J. / Moutiez, M. / Gondry, M. / Angulo, J.F. / Zinn-Justin, S.
履歴
登録2006年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.22019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KIN17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,93114
ポリマ－14,3491
非ポリマー1,58213
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)45.752, 46.309, 60.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 KIN17 / HSKIN17 PROTEIN / KIN / ANTIGENIC DETERMINANT OF RECA PROTEIN HOMOLOG


分子量: 14348.669 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 268-393 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O60870
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP 10% ETHYLENE GLYCOL, 27% PEG 6000, 500 MM LICL, 100 MM SODIUM ACETATE PH 6.3 290 K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.13
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.13 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→99 Å / Num. obs: 21818 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.45→32.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.035 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 1204 5.1 %RANDOM
Rwork0.137 ---
obs0.139 22249 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→32.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数949 0 16 211 1176
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022970
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.9981304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.96732199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7045119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.74724.86537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.08215200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.011155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021031
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.2999
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2641
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.070.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2460.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2351.5597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8942971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9093396
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5294.5333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.358 62
Rwork0.225 1391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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